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文章 《Science》：中国人诚信全球倒数第一？这个实验设计科学吗？

...， 后脚《Science》就刊发了一篇题目为《Civic honesty around the globe》的论文， 借助了统计学手段，研究全球公民的诚信情况。 按道理《Science》这么牛，那刊发的这个论文一定是经过层层审核，内容和实验设计一定是非常科学...

文章 Docker Volume - 目录挂载以及文件共享

... volume specification: '/hostTest:conainterTest': invalid mount config for type "bind": invalid mount path: 'conainterTest' mount path must be absolute.See 'docker run --help'.直接报错，提示 conainterTest 不是一个绝对路径，所谓的绝对路径，必须以下斜线“/”开头。宿...

文章 相关系数小结

...要线性相关这个条件。 Kendall Tau is a statistic used to measure the ordinal association between two measured quantities.直接看公式比较容易理解： /2}) 即有序对儿(nc)的数量减去无序对儿(nd)的数量...

文章 linux目录结构详细讲解

...明或欢迎信息内容由系统管理员确定。/etc/motd Message Of The Day，成功登录后自动输出内容由系统管理员确定，经常用于通告信息，如计划关机时间的警告。/etc/mtab 当前安装的文件系统列表.由scripts初始化，并由mount 命令自动更新...

文章 批量修改进化树中的名称及添加分组名称

...   Aeropyrum pernix3702    Arabidopsis thaliana33169    Eremothecium gossypii222523    Bacillus cereus ATCC 109871423    Bacillus subtilis216816    Bifidobacterium longum 格式说明： 注释文件中以"#"开头的行是注释行，只起说明作用，iTOL不会...

文章 蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

...里一共有“Group0”、“Group1”、“Group2”三个组； 5. “type”—对数据类型进行设置，默认选择"Standard"，label-free和MS1-labeled样本选择Standard；TMT标记定量选择Reporter MS2，同位素标记的MS3质谱选择Reporter MS3； “Digestion”—默认选...

问题 perl脚本去除fa文件中ID重复的序列

... $GZ2 , -format => 'fastq');my %id;while ( my $obj1=$fq1->next_seq() and my $obj2=$fq2->next_seq() ) {my ($id1,$id2)=($obj1->id,$obj2->id);if(exists $id{$id1}){next;}else{$id{$id1} = 1;}$out1->write_seq($obj1);$out2->write_seq($obj2);}}} ...

文章 OrthoFinder 输出结果文件说明

...节点；Support 表示复制后两个基因副本未被丢失的比例；Type 中 Terminal 表示重复发生在物种树的末端分支上，Non-Terminal 表示重复发生在物种树的内部分支上，被多个物种共享；Genes 1、Genes 2 为基因列表，其中 Genes 1 表示来自复制...

文章 基因家族分析文章思路解析

...了一篇毛竹bHLH基因家族分析文章（发表在《Plant Physiology and Biochemistry》（IF=2.718）上），这篇文章于2018年7月9日投稿，8月28日就返修并接收了，可见该类型文章仍然在不停的产出。 此类论文写作模式类似，且近年发表数量依...

文章 linux命令详解之ls

...引节点号（inode）。一个索引节点代表一个文件； --file-type：与“-F”选项的功能相同，但是不显示“*”； -k：以KB（千字节）为单位显示文件大小； -l：以长格式显示目录下的内容列表。输出的信息从左到右依次包括文件名，...

文章 Linux安装细胞器组装软件--GetOrganelle

... #配置高等植物线粒体基因组库get_organelle_config.py --add other_pt            #配置其他植物质体基因组库get_organelle_config.py --add fungus_mt           #配置真菌线粒体基因组库get_organelle_config.py --add animal_mt          #配置动物线粒...

文章 WGCNA、生存分析、ROC共同筛选biomarker

...疾病的诊断和治疗。 参考文献: Yang Q, Wang R, Wei B, et al. Candidate Biomarkers and Molecular Mechanism Investigation for Glioblastoma Multiforme Utilizing WGCNA[J]. BioMed research international, 2018. 相关课程： TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 G...

文章 MYSQL数据库常用语句命令

...    # 返回集合中最小的值1SELECT mod(5,3);    # 余数2SELECT rand();    # 返回０到１内的随机值，每次不一样SELECT rand(5);   # 提供一个参数(种子)使RAND()随机数生成器生成一个指定的值。SELECT round(1415.1415);   # 四舍五入1415SELECT round(1...

文章 GSEA法基因功能富集分析原理详解！

...果。但如果样品数目少，而且选择了gene_set作为Permumation type则需要使用更为严格的标准，比如FDR<0.05。 GSEA的优势 与常规基于超几何检验的基因功能富集分析方法相比，GSEA分析有如下的优点： 1. 不需要对基因进行差异显...

文章 蛋白信号肽预测—SignalP使用详解

...utoffvalues一般默认即可；结果图片格式可以选择第三个PNG and EPS（矢量格式）；输出格式一般选择Standard 和Long；Method选项是区分蛋白序列中是否存在跨膜区域（TM regions），假如明确知道无跨膜区域，就选择不包括跨膜区域预测会...