找到约 15 条结果

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时,即聚类生成OTU-denovo时老是报错,查看类似问题后,升级了运行内存为70g,同时将教程内的30多个样本减成2个样本,FASTQ格式还有qimme格式检查都正确,依旧报错,报错内容如下:Segmentation fault

...ckages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.   warnings.warn('Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.') Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qii...

文章 封装型分面facet_wrap()

...~ 4        20    28 p    # ... with 224 more rows, and 1 more variable: class <chr>> P <-  ggplot(mpg,aes(x = cty, y = hwy)) + geom_point()+ facet_wrap( ~ cyl + drv, nrow = 2 )> print(P) 基于cly 和drv 两列变量进行分面 生...

文章 qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"

...ite-packages/qiime2/sdk/action.py", line 245, in bound_callable output_types, provenance) File "/share/work/biosoft/conda/Miniconda3.8/envs/qiime2-2020.8/lib/python3.6/site-packages/qiime2/sdk/action.py", line 452, in _callable_executor_ ret_val = self._callable(output_dir=temp_dir, **view...

文章 多基因间共线性及局部基因水平的共线性

... Tcacao_233_cds.fa.gz cacao.cds $ python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Tcacao_233_gene.gff3.gz -o cacao.bed 2.共线性搜索 $ python -m jcvi.compara.catalog ortholog peach cacao --cscore=.99$ python -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple p...

文章 SCP 安装成功的单细胞转录组 docker镜像使用 single-cell-v5

...ration_method = "Seurat")CellDimPlot(  srt = panc8_sub, group.by = c("celltype", "tech"), reduction = "SeuratUMAP2D",  title = "Seurat", theme_use = "theme_blank")panc8_rename <- RenameFeatures(  srt = panc8_sub,  newnames = make.unique(capitalize(rownames(panc8_sub[["RNA"]]), force_tolower =...

文章 如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

...YMBOL"), keytype="ENSEMBL")'select()' returned 1:many mapping between keys and columns> dim(list)[1] 29140 3> head(list,5) ENSEMBL ENTREZID SYMBOL1 ENSG00000121410 1 A1BG2 ENSG00000175899 2 A2M3 ENSG00000256069 3 A2MP14 ENSG00000171428 9 NAT15 E...

文章 投稿时-SCI期刊文章中图片大小如何设置

... 原文地址:https://www.elsevier.com/authors/author-schemas/artwork-and-media-instructions/artwork-sizing TARGET SIZEImage widthPixels at 300 dpiPixels at 500 dpiPixels at 1000 dpiMinimal size30 mm (85 pt)3545911181Single column90 mm (255 pt)1063177235431.5 column140 mm (397 pt)16542756551...

文章 indel vcf文件转化为SNPT输入文件

...                     ) or &USAGE;&USAGE unless ($infile and $out);sub USAGE {#        my $usage=<<"USAGE";Program: $0Version: $version==================================================================================================Discription:        This script is u...

文章 NCBI上传高通量测序数据到SRA数据库 aspera 支持续传

...x-linux-xx-release.sh 安装到自己的home目录下面: Aspera CLI in the ~/.aspera/cli directory. 2. 添加环境变量 $ export PATH=~/.aspera/cli/bin:$PATH 3. 添加说明文档,然后就可以使用了: $ export MANPATH=~/.aspera/cli/share/man:$MANPATH 下面是使用说明...

文章 perl语言标量SCALAR

...符 取消字符含义:   取消$的变量标识       print "the \$var is $var \n";   取消双引号"             print "A quote \" in a string \n";   取消反斜杠\            print "A quote \\ in a string \n"; \nnn (n表示数字)   八进制表示的 ACSII...

文章 生成OTU方法如何选择,OTU/ASV?

...Sequence Patterns 2.UNOISE2: improved error-correction for Illumina 16S and ITS amplicon sequencing 3.DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1.docker 生物信息工具安装...

文章 IF=4.2 | 杏黄李关键耐寒代谢途径的转录组代谢组联合分析

...tia Horticulturae 杂志发表了一篇题为“Integrative transcriptome and metabolome analysis reveals mechanisms underlying cold tolerance in Prunus salicina × armeniaca”的转录组-代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 杏黄李(Prunus salicina × armeniaca)是李...

文章 怎样提高论文投稿命中率?这些“潜规则“你一定要知道!

...: 这篇论文是2016年4月发表在Physica A: Statistical Mechanics and its Applications上。 (学霸姐姐内心os:看到没,又是4月,请叫我神算子。。。) 感兴趣的朋友可以自己去看一下,这篇文章有详细的数据分析,还算是一个比较严谨的一...

文章 subset_column.r 根据ID列表,取对应列的数据:

...IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input                        input matrix data [required]  -m idlist, --idlist idlist                        input column ID list ,default first column [required]  -c col...

文章 HKT 基因家族分析-家族成员只有个位数10个以内该如何发文

...家族成员,完成基因家族分析:     杂志:Ecotoxicology and Environmental SafetyIF: 3.9 HKT基因家族成员在9个物种中的鉴定流程 进化树分析-分类 通过MEGA进行多序列比对,HKT家族成员根据序列相似性分为5大类 基因结构-Motif分析 ...