问题 老师 这是你们给的测试数据，我在注释的第一步就遇到下面的问题，需要怎么处理， 还有一个问题就是我自己组装我的数据的时候 遇到的问题就是你问我用的是什么测序仪，我也回复啦一个星期啦，我的问题是不能解决啦吗，就是这一个问题，已经一个多月啦还是老样子，

还有就是你们给的测试数据按照你们给的代码 什么都是一模一样的  代码搞到服务器上去 跑着就有问题  这是怎么回事  

问题 老师，我想请问一下下面的这个文件里面的数据可以直接用吗？这是下载自对应植物基因组数据库的，就是一些基因在胁迫处理和各个组织器官中的表达量。其次我想问一下有什么方法可以知道这个文件来自那篇文献，这样我觉得有助于理解。

DM_RH_RNA-Seq_FPKM_expression_matrix_for_DM_v4.03_13dec2013_desc.txt.zip

文章 使用DNA序列做主成分分析（PCA）——R语言adegenet包

...到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如何用DNA序列做主成分分析呢？ 思路是先比对，之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据，用到的函数是fasta2genlight()，再进行PCA分析及绘图...

问题 猪单细胞数据差异基因KEGG富集分析

根据老师提供的单细胞转录组课程、有参转录组课程和代码，对KEGG富集分析的代码进修修改，执行此代码Rscript $scripts/enrichKEGG_pip.r --gene.list FindMarkers.deg.Enterocyte.AvsB.tsv -o KEGG -n deg.Enterocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --orga...

文章 SOM(Self-organising maps，自组织）简单介绍

...完成的。SOM 用于生成训练样本的低维空间，可以将高维数据间复杂的非线性统计关系转化为简单的几何关系，且以低维的方式展现，因此通常在降维问题中会使用它。SOM 与其它人工神经网络不同，因为它们使用的是竞争性学习...

问题 老师，我的counts值的mRNA表达数据，用limma包之前，需要将表达矩征标准化嘛？

...表达矩阵里基因表达量多是有小数位的，我的那个counts值数据都是整数，如果我只想用limma包的话，老师我需要怎么处理一下呢？是log（）一下，然后用scale（） 吗？麻烦老师了！

问题 基因组重测序数据分析实战课程中的index.sh运行报错，显示没有对应的pl

各位老师好，我在学习基因组重测序数据分析实战，运行index.sh时，显示没有找到retrieve_seq_from_fasta.pl 这个代码，我去scripts里面找，确实也没有这个retrieve_seq_from_fasta.pl ，怎么办啊?

问题 转录组测序数据fastq统计结果怎么看？ 双端测序怎么计算reads数量？

学生最近获得了一种寄生植物的转录组数据，宿主是银杏，测序材料是三片寄生植物叶子（三个重复）。现结果如下： 请问老师: ①因为是双末端测序，比如说我要算重复1的总reads大小，是应该把YX-001-1和YX-001-2的reads相加，还...

问题 你好关于转录组数据上传我有个问题想咨询下，我用ascp命令出现这个问题

问题 你好，之前看您想用转录组比对基因组数据，不知道是否有结果和方法

问题 请问使用iTOL网站进行进化树绘制使用的是什么数据，测序对象是高通量测序？

问题 老师，二代测序数据可以GWAS分析嘛？植物上做GWAS的话测序深度5X可以嘛？

问题 老师请问，怎么把这些文件像您一样做成一个文件在数据库里确认结构域

文章 bed文件 排序

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 TCGA数据下载的时侯要有biotype_classs.txt

您好，看了您的视频，获益非浅，但如何创立biotype_classs.txt 这个文件啊？是由这个文件TCGA_CHOL_All_HTSeq_Counts转变而来的么？