文章 使用DNA序列做主成分分析（PCA）——R语言adegenet包

...到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如何用DNA序列做主成分分析呢？ 思路是先比对，之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据，用到的函数是fasta2genlight()，再进行PCA分析及绘图...

文章 SOM(Self-organising maps，自组织）简单介绍

...完成的。SOM 用于生成训练样本的低维空间，可以将高维数据间复杂的非线性统计关系转化为简单的几何关系，且以低维的方式展现，因此通常在降维问题中会使用它。SOM 与其它人工神经网络不同，因为它们使用的是竞争性学习...

问题 老师，我的counts值的mRNA表达数据，用limma包之前，需要将表达矩征标准化嘛？

...表达矩阵里基因表达量多是有小数位的，我的那个counts值数据都是整数，如果我只想用limma包的话，老师我需要怎么处理一下呢？是log（）一下，然后用scale（） 吗？麻烦老师了！

问题 基因组重测序数据分析实战课程中的index.sh运行报错，显示没有对应的pl

各位老师好，我在学习基因组重测序数据分析实战，运行index.sh时，显示没有找到retrieve_seq_from_fasta.pl 这个代码，我去scripts里面找，确实也没有这个retrieve_seq_from_fasta.pl ，怎么办啊?

问题 转录组测序数据fastq统计结果怎么看？ 双端测序怎么计算reads数量？

学生最近获得了一种寄生植物的转录组数据，宿主是银杏，测序材料是三片寄生植物叶子（三个重复）。现结果如下： 请问老师: ①因为是双末端测序，比如说我要算重复1的总reads大小，是应该把YX-001-1和YX-001-2的reads相加，还...

问题 你好关于转录组数据上传我有个问题想咨询下，我用ascp命令出现这个问题

问题 你好，之前看您想用转录组比对基因组数据，不知道是否有结果和方法

问题 请问使用iTOL网站进行进化树绘制使用的是什么数据，测序对象是高通量测序？

问题 老师，二代测序数据可以GWAS分析嘛？植物上做GWAS的话测序深度5X可以嘛？

问题 老师请问，怎么把这些文件像您一样做成一个文件在数据库里确认结构域

文章 bed文件 排序

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 TCGA数据下载的时侯要有biotype_classs.txt

您好，看了您的视频，获益非浅，但如何创立biotype_classs.txt 这个文件啊？是由这个文件TCGA_CHOL_All_HTSeq_Counts转变而来的么？

问题 执行### 物种注释 16S/18S #全长作为分类数据库 ### 反复跳出docker

本地win11部署，调整了很多次参数都不行，反复跳出docker，后台进程依然进行，请老师救救

问题 基因家族数据准备#提取cds序列#提取pep序列

我做的是大麦Hordeum_vulgare品种的数据准备，但是当我输入 #提取cds序列 /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome  --seqType CDS >$species.cds.fa #提取pep序列 /share/work/biosoft/Tra...

文章 WGCNA 中Relationship between module eigengenes图片绘制--plotMEpairs函数

...gt; sizeGrWindow(9, 8)NULL> plotMEpairs(MEs) 图片中左下具体数据表示各模块特征特征向量间相关性大小情况，数值愈大，字体也越大。外围数字为坐标。 此外可以设置一个性状数据，统计每个样品的性状情况，形成一个数组向...