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文章 进化树中如何添加分组圆环

...的格式： DATASET_COLORSTRIP#lines starting with a hash are comments and ignored during parsingSEPARATOR TABDATASET_LABEL color_strip2STRIP_WIDTH 25MARGIN 0BORDER_WIDTH 1BORDER_COLOR #000SHOW_INTERNAL 0DATA160232    #efff2213773    #efff2256636    #efff22111955    #efff222...

问题 使用xpclr_smooth_line_plot.r绘制时，没有报错，但没有图片生成

...n all.chr.xpclr.smoothline --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Loading required package: ggplot2 chr_name =  1 chr_name =  8 chr_name =  15 chr_name...

文章 使用R语言安装包编译时gcc标准报错——“error: for loop initial declarations are only allowed in C99 mode”

...。 参考内容：https://stackoverflow.com/questions/35198301/how-use-the-option-std-c99-for-installing-r-packages

文章 WGCNA 根据KME值筛选hub基因

...)值来筛选hub基因：Hub genes are those that show most connections in the network as indicated by their high KME (eigengene connectivity) value 代码部分很简单，输出所有的基因与模块的KME矩阵，然后筛选每个模块中kme最大的前几个基因就是hub基因： #merg...

问题 老师您好！我在使用ParaAT是报错，提示Generating homologous group files for alignments: 0，请问这个如何解决？

...ultiple sequence aligner = muscle Output format = axt Genetic code = 1-The Standard Code  KaKs_Calculator used = FALSE Remove gap = FALSE Remove mismatched codons = FALSE Verbose output = FALSE Reading homologous groups from homo_pairs.txt1: 100 groups Reading nucleotide sequences f...

文章 GATK ERROR MESSAGE

... ERROR MESSAGE: Bad input:We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided reference: '10'， 检查了输入文件也没有发现问题在哪，一直没有找到原因。后来在网上查了一下了问题可能是参考基因组序列文件编码格式有问题。然后我试着改...

问题 转录组上游分析之定量比对Hisat2出现内部异常错误

...; file cannot also be specified.  Please run HISAT2 separately for mates and singles. Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1) Command: /home/vip6/miniconda3/envs/rna/bin/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 3 -S /home/vip6/project/human-64-Asthma-Trans/Mapping/Hisat//SRR1039508.Hisat_al...

文章 GFF3格式说明

...+       .       ID=FBtr0300690;Parent=FBgn0031208;Name=CG11023-RC;biotype=protein_coding;transcript_id=FBtr03006902L      FlyBase five_prime_UTR  7529    7679    .       +       .       Parent=FBtr03006902L      FlyBase exon    7529    8116    .       +       . ...

问题 R语言绘制数据地图中使用tmap程序包绘制的时候，想对图例的字体格式进行修改，不知该用什么参数，求大神指教！

...d = 1) +   tm_scale_bar(position=c("left", "bottom")) +    tm_compass(type = "4star", position=c("left", "top")) +        tm_layout(inner.margins=c(0.12,0.03,0.08,0.03))

问题 基因组注释Braker里面的报错

...t;/work/work/genome_annotation/03.Braker/braker/errors/GeneMark-ET.stderr The most common problem is an expired or not present file ~/.gm_key!” 更新了gm_key文件还是同样的报错

问题 GATK 将VCF文件导入db出现问题

...------------------------------------14:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.4.0.014:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/14:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - Executing as root@ed01a5f7c...

文章 如何预测CpG岛

...gff-version 3##sequence-region Gbar_A01 1 115039178#!Date 2024-05-17#!Type DNA#!Source-version EMBOSS 6.5.7.0Gbar_A01        cpgplot sequence_feature        25906   26237   .       +       .       ID=Gbar_A01.1Gbar_A01        cpgplot seque...

文章 病毒衍生的small RNAs： 宿主与病毒互作的分子“证据”

...体可以被宿主的不同抗病毒途径RNA decay、RNA interference、 and RNase L pathways识别并降解，从而产生大量的病毒衍生小RNA（Virus-derived small RNAs）。这些小RNA具有反映其来源的分子特征。首先，可以使用小RNA来组装病毒序列并识别它们...

文章 2022年基因家族第1篇—大型动物基因家族分析怎么写？！

...Bos Indicus (19), Bos grunniens (19), Bos mutus (19), Bubalus bubalis (19) and Bison bison bison (18)，不同牛基因组中Wnt家族数量稍有差异。下图为s Bos taurus中Wnt家族基因详细信息。 2. Wnt蛋白家族基因进化及结构分析 作者用19个牛Wnt家族基因保守...

文章 FGF21突变让你吃多甜食也不发胖？

...gar Intake Is Associated with Body Shape, Lower Total Body-Fat Percentage, and Higher Blood Pressure[J]. Cell Reports, 2018, 23(2): 327-336.