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文章 R语言基础入门—数据结构(1)

...常用的编程语言之一,经常被用于进行生物数据统计分析绘图。之前小编给大家介绍了R语言下载安装一些基础概念,今天继续介绍R语言的数据结构。 R语言数据结构包括向量,矩阵数据框,数组, 列表,因子等,主要是...

文章 如何计算基因组中的连锁不平衡

...时遗传的频率明显高于预期的随机频率现象,一般用D,D'r²来表示LD的程度。D(连锁不平衡系数)是最基础的,D衡量的是实际观察到的单倍型频率与期望频率的差异。比如说,两个位点AB,各自的等位基因频率分别是P(A)、P(...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌(HCC)(GSE149614)

...转录组:原发肿瘤、门静脉肿瘤血栓 (PVTT)、转移淋巴结非肿瘤肝脏。我们发现了一组富含 HCC 瘤内三级淋巴结构 (TLS) 的抗肿瘤中央记忆 T 细胞。我们发现慢性 HBV/HCV 感染会增加肿瘤中 CD8+ T 细胞的浸润,但会加剧肿瘤浸润淋巴...

问题 juicer 报错: Failure during chimera handling of

...om.sizes -y /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/hap0_MboI.txt 老师好,运行juicer时报错: awk: calling undefined function and input record number 1116, file /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/work/splits/JF2.fastq.gz.sam source line number 298***! Failure during chimera handling of ...

文章 TCGA 数据进行lncRNA, Gene 的WGCNA 联合分析

...NA。 WGCNA能将基因相关的lncRNA 进行共表达聚类,聚类一起的基因lncRNA, 就有可能存功能上的相关性。         WGCNA分析需要大量的样本,而TCGA上癌症样本正好比较多,符合WGCNA 分析对样本数量的要求。 又因为蛋白编码...

文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...进展,尤其是免疫检查点抑制剂 (ICI) 2.lncRNA 与 DNA、RNA 蛋白质相互作用并表现出增强或抑制作用。正常发育肿瘤发生(如 HCC)都涉及 lncRNA 的调节 3.专注于肿瘤免疫浸润的特征癌症的诊断、评估治疗中显示出有希望的...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合

...定效应 BLUP,BLUE分别是两个线性方程组,将他们叠放一起,组成一个全新的方程组。 由于又有固定效应,又有随机效应,所以就是“混合”了, 因为都是线性方程组,都来自同一个线性模型,于是就叫“线性混合模型...

问题 stringtie分析后没有基因名字

...现,同样没有基因名字,这是为什么呢?我的参考基因组注释文件都是从ENSEMBLE网站上下载的。并且我发现我的FC值都比较大,但P值符合<0.05的要求,这样是不是不正常的?

文章 免疫疫微环境(TIME)

...疫细胞、成纤维细胞、骨髓源性炎性细胞、各种信号分子细胞外基质。肿瘤周围环境密切相关,不断进行交互作用,肿瘤可以通过释放细胞信号分子影响其微环境,促进肿瘤的血管生成诱导免疫耐受,而微环境中的免疫细...

问题 mapman秩检验表格解读

老师:您好! 1、怎么理解这个秩检验的P值?类似我们的p-value值吗,越低显著性越高,是吗?2、Elements这项数据,有的图中的方块数是相同的,有的值又比方块数少?{方块是20个,Elements是13},这是为啥?望指教,谢谢!...

文章 从原始测序数据开始分析单细胞数据

#umi_tools whitelist --stdin data/12-22-3_L2_1.fq.gz \ #                    --bc-pattern="(?P<discard_1>CTCTTTCCCT)(?P<cell_1>.{10})(?P<discard_2>ACGACGCTCTTCGAGTGATTGCTTGTGACGCCTT)(?P<cell_2>.{8})(?P<umi_1>.{12})T{4}.*" \ #                    --se...

问题 mcmctreecafe不显示分化时间

请问各位,我的mcmctreecafe一起的图只显示家族的信息,不显示分化时间是怎么回事啊?

问题 WGCNA 表达量低的基因筛选

...二,这个合理么?是不是低丰度的基因多,所以都关联到一起了?需要修改阈值吗?      2、我看到文献里,大部分中文文献表达阈值都是选5,个别外文文献阈值0.05,这个阈值怎么确定呀?我的阈值是不是设置的有点低,应...

文章 考研“网红”们:直播考研复习,是真学习?还是博眼球?

...习效率之外, 还有一部分原因应该是为了众多考研er一起报团取暖, 同理,之所以还有人看这种学习的直播, 可能也是寻求这种一起努力的“陪伴感”; 考研是一条孤独之路,但是看到这条路上有这么多同行的人,是不...

文章 实用技术——Eclipse 常用快捷键

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接: htt...