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文章 R语言基础入门—数据结构（1）

...常用的编程语言之一，经常被用于进行生物数据统计分析和绘图。之前小编给大家介绍了R语言下载安装和一些基础概念，今天继续介绍R语言的数据结构。 R语言数据结构包括向量，矩阵和数据框，数组， 列表，因子等，主要是...

文章 如何计算基因组中的连锁不平衡

...时遗传的频率明显高于预期的随机频率现象，一般用D，D'和r²来表示LD的程度。D（连锁不平衡系数）是最基础的，D衡量的是实际观察到的单倍型频率与期望频率的差异。比如说，两个位点A和B，各自的等位基因频率分别是P(A)、P(...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)

...转录组：原发肿瘤、门静脉肿瘤血栓 (PVTT)、转移淋巴结和非肿瘤肝脏。我们发现了一组富含 HCC 瘤内三级淋巴结构 (TLS) 的抗肿瘤中央记忆 T 细胞。我们发现慢性 HBV/HCV 感染会增加肿瘤中 CD8+ T 细胞的浸润，但会加剧肿瘤浸润淋巴...

问题 juicer 报错： Failure during chimera handling of

...om.sizes -y /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/hap0_MboI.txt 老师好，在运行juicer时报错： awk: calling undefined function and input record number 1116, file /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/work/splits/JF2.fastq.gz.sam source line number 298***! Failure during chimera handling of ...

文章 TCGA 数据进行lncRNA, Gene 的WGCNA 联合分析

...NA。 WGCNA能将基因和相关的lncRNA 进行共表达聚类，聚类在一起的基因和lncRNA, 就有可能存在功能上的相关性。         WGCNA分析需要大量的样本，而TCGA上癌症样本正好比较多，符合WGCNA 分析对样本数量的要求。 又因为蛋白编码...

文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...进展，尤其是免疫检查点抑制剂 (ICI) 2.lncRNA 与 DNA、RNA 和蛋白质相互作用并表现出增强或抑制作用。正常发育和肿瘤发生（如 HCC）都涉及 lncRNA 的调节 3.专注于肿瘤免疫浸润的特征在癌症的诊断、评估和治疗中显示出有希望的...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合

...定效应 BLUP，BLUE分别是两个线性方程组，将他们叠放在一起，组成一个全新的方程组。 由于又有固定效应，又有随机效应，所以就是“混合”了， 因为都是线性方程组，都来自同一个线性模型，于是就叫“线性混合模型...

问题 stringtie分析后没有基因名字

...现，同样没有基因名字，这是为什么呢？我的参考基因组和注释文件都是从ENSEMBLE网站上下载的。并且我发现我的FC值都比较大，但P值符合<0.05的要求，这样是不是不正常的？

文章 免疫疫微环境（TIME）

...疫细胞、成纤维细胞、骨髓源性炎性细胞、各种信号分子和细胞外基质。肿瘤和周围环境密切相关，不断进行交互作用，肿瘤可以通过释放细胞信号分子影响其微环境，促进肿瘤的血管生成和诱导免疫耐受，而微环境中的免疫细...

问题 mapman秩和检验表格解读

老师：您好！ 1、怎么理解这个秩和检验的P值？类似我们的p-value值吗，越低显著性越高，是吗？2、Elements这项数据，有的和图中的方块数是相同的，有的值又比方块数少？{方块是20个，Elements是13}，这是为啥？望指教，谢谢！...

文章 从原始测序数据开始分析单细胞数据

#umi_tools whitelist --stdin data/12-22-3_L2_1.fq.gz \ #                    --bc-pattern="(?P<discard_1>CTCTTTCCCT)(?P<cell_1>.{10})(?P<discard_2>ACGACGCTCTTCGAGTGATTGCTTGTGACGCCTT)(?P<cell_2>.{8})(?P<umi_1>.{12})T{4}.*" \ #                    --se...

问题 mcmctree和cafe不显示分化时间

请问各位，我的mcmctree和cafe一起的图只显示家族的信息，不显示分化时间是怎么回事啊？

问题 WGCNA 表达量低的基因筛选

...二，这个合理么？是不是低丰度的基因多，所以都关联到一起了？需要修改阈值吗？      2、我看到文献里，大部分中文文献表达阈值都是选5，个别外文文献阈值0.05，这个阈值怎么确定呀？我的阈值是不是设置的有点低，应...

文章 考研“网红”们：直播考研复习，是真学习？还是博眼球？

...习效率之外， 还有一部分原因应该是为了和众多考研er一起报团取暖， 同理，之所以还有人看这种学习的直播， 可能也是寻求这种一起努力的“陪伴感”； 考研是一条孤独之路，但是看到这条路上有这么多同行的人，是不...

文章 实用技术——Eclipse 常用快捷键

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接： htt...