文章 WGCNA分析要求

WGCNA的分析要求，其实在WGCNA官网的FAQ中有介绍。我整理一些大家常问的问题，供大家参考： 1. 需要多少个样本？     1.1 至少需要15个样本，推荐20个以上的样本。     1.2 样本越少，网络的噪音就越大，样本越多，网络就...

问题 基因家族分析,提取一个物种信息后，再次取提取另一物种cds 用基因的ID，作为序列的ID，总是无法运行，显示脚本不存在，但是LL查看脚本是存在的。

Can't open per1 script ''/work/gene_family/scripts//get_gene_longest_fa.p1'':No such file or directory

文章 多基因组基因水平共线性分析

...间共线性及局部基因水平的共线性  和  基因组间共线性分析  里讲了MCscan如何做基因组共线性分析，这里再说说多基因组基因水平的共线性分析。 方法是两两基因组做共线性分析。还是以桃子，葡萄和可可为例，方法如下: ...

问题 基因组共线性图不会分析

各位老师好，本人在公司做了比较基因组分析，但是我以前没有接触过基因组，很多结果看不懂不知道怎么解释，其中基因组共线性图已经有结果了，但是完全不会看，不知道怎么分析，页面上用的软件是mummer，比对方式是nucmer...

问题 老师，您好，我有一个问题不知道怎么解决，想要问您一下 我在学习基因家族分析的课程中，按照课程对WRKY家族分析，最后将WRKY_pep_need_to_confirm.fa文件输入CDD检测时和老师得到的结果不一样，一个domain都没有搜到，用smart搜索结果是和老师做的一样，为什么用CDD搜不到呢？图片中是我搜到的结果，右边框框中都是零，我换了老师做出来的这个文件搜索也是这个结果，这是为什么呢？

问题 您好，我在做生存分析读取文件时，一直提示row.names不能有重复的名字，我把重复的名字以及癌旁组织的样本都剔除了，还是这样一直报错，不知道是什么原因引起 的？

问题 GEO下载到的数据，只有 fpkm，可以用limma包进行差异分析么，试了一下连续两个数据集的所有FDR都是1，用t检验也是一样，不知道哪里出问题了

文章 基因组重复序列分类

...进化等具有重要作用。散在重复序列鉴定可以使用REPuter在线软件分析；串联重复序列鉴定可以使用TendemRepeatFinder (TRF)软件分析。 参考：https://www.jianshu.com/p/6cc92fd7a845 https://www.jianshu.com/p/f94ba9df9c3e

文章 MYSQL数据库常用语句命令

...er();    # 当前用户-root@localhostSELECT version();   # 当前mysql版本SELECT found_rows();    # 返回上次查询的检索行数 10.数据库用户管理 # 增加用户CREATE USER 'test'@'localhost' IDENTIFIED BY 'test';INSERT INTO mysql.user(Host, User, Password) VALUES ('localhos...

文章 MA plot 绘图计算公式

...DNA芯片数据，现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下： M一般做Y轴，A一般做X轴。 M常对应差异表达分析获得的差异对比组之间基因表达变化log2FC A可以利用差异对比组的FPKM进行计算...

问题 老师您好，请求帮助！MENA分子生态网络分析时，上传200个OTU节点，但是最后显示nodes为383 （其中一部分不包括上传的节点），请问这样的结果合理吗？为什么会出现这样的情况呢

问题 老师，您好！我在进行基因家族的分析时，在利用.aln文件获得新的hmm文件后，利用新的hmm进行hmmsearch，得到的新的domain.txt中我的目的基因的E-value的值已经达到2.2，是不是可以说明我的目的基因不属于我现在分析的这个家族？

问题 请问老师，对基因组数据进行处理，保留最长转录本为何会出现一个基因有两个5端UTR？如截图所示。

...基因有多个转录本，出现多个utr是正常的，那应该XM也是不一样的，而这个基因XM一致，说明是同一个转录本，但是有两个UTR。

文章 单细胞转录组-inferCNV拷贝数变异分析介绍

...相关基因的表达促进肿瘤发生。在肿瘤单细胞转录组数据分析过程中，肿瘤细胞类型的注释可通过tumor related marker gene的表达情况(是否高表达)做出判断。而inferCNV可以从拷贝数变异的角度进一步验证肿瘤细胞类型的注释，或者对...

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...,file="05.表型与基因型环境年度互作效应.csv") 第二版版本，注意PCA分析升级，输入数据行为样本，列为表型；local({r <- getOption("repos")  r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"   options(repos=r)}) options(BioC_mirror="https://...