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文章 某网络小说作者：我要去发篇Nature了，小说停更。。。。

...2-4分之间挑选了3个，希望对大家有帮助。 1，Biochemical and Biophysical Research Communications，简称 BBRC IF: 2.559 (连续5年基本都在2.5左右) 中国来源稿件：42.56%(友好但没泛滥) 生物化学与分子生物学(4区) 版面费：可以选择不OA就不用付...

文章 可变剪切在癌症中的研究

...思路！ 此篇文章是2018年11月发表在医学2区期刊Frontiers in Oncology（IF=4.416）上，作者共下载了330个结肠癌转录组数据，深入分析了与结肠癌预后相关的关键可变剪切事件！ 研究思路 从TCGA数据库下载转录组数据，采用SpliceSeq进...

文章 绘制Upset 图

...local({r <- getOption("repos")r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"options(repos=r)})# 依赖包列表：自动加载并安装package_list <- c("ggplot2","UpSetR","devtools")# 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载for(p in package_list){if(!suppr...

文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

... 275.8 180 3.07 3.730 17.60  0  0    3    3 sample_n() and sample_frac()按行随机选取数据子集 sample_n() and sample_frac() 分别是按固定多少行随机选取，一个是按行数的比例选取； > sample_n(mtcars,10)    mpg cyl  disp  hp drat    ...

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

...#############################################package_list <- c("TCGAbiolinks","tidyverse","maftools")for(p in package_list){  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){    if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TR...

文章 MUSCLE软件介绍

1、软件介绍 MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件，在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.eb...

文章 OTU互作网络分析用MENA

...，在几个小时候后再继续后续分析。 从主页Search datasets and networks，查看分析的结果，计算完成后，会显示状态为"Done"，单击对应的结果，进行网络构建。 RMT计算结果，选择合适的相关性阈值构建网络（如下图）。网站会自...

文章 OthroFinder-物种同源基因分析工作原理

Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图：     1.1 （a）将所有物种的全部蛋白序列通过序列比对和调用MCL聚类实...

文章 基因组Hic挂载AGP文件格式说明

...分别是：1. 大片段的序列名(object) 2. 大片段起始(object_begin) 3. 大片段结束(object_end) 4. 该段序列在大片段上的编号(part_number)     一般一个大片段由多个小片段和gap组成。此处则为这些小片段和gap在大片段上的编号。 5. 该段序列...

文章 BLINK（C版本） 进行 GWAS分析的教程

...箱中的最新的模型，具有统计效力高，速度快的特点。BLINK 作为FarmCPU 的 C 语言升级版，对关联位点具有更灵敏的探测能力，而且具备分析超大型数据集的能力，可以使用 CPU 和 GPU 进行异构运算。 GAPIT目前整合了多种算法...

文章 RDA CCA 分析

...。如果遇到p值相等的情况，拥有最小AIC信息准则（Akaike information criterion，AIC）的变量应该入选。最好的变量也就是最显著的变量。 （3）寻找模型中第二个、第三个、第四个……解释变量。上一步选取了只含有一个最好变量的...

文章 SNP分析中由于基因组序列过长导致报错解决方法

...列长度过长，会导致GATK软件报错。如下所以： Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMException: Exception when processing alignment for BAM index A00253:355:H75GLDSX2:2:1334:20989:8625 1/2 150b aligned read.        at htsjdk.samtools.BAMFileWriter.writeAlignment(BAMFile...

文章 使用官方gdc-client软件下载TCGA数据

...ion：在页面右边勾选自己想要的数据，然后点击 view Files in Repository，跳转到Repository页面进一步筛选. 2）Repository：在页面选项卡选择自己需要的数据，然后点击Manifest下载： 2、gdc-client软件安装和配置 1）下载软件地址：ht...

文章 利用biopython将cds序列翻译成蛋白序列

...> messenger_rna.translate() Seq('MAIVMGR*KGAR*', HasStopCodon(IUPACProtein(), '*')) 2. cds序列翻译成蛋白序列 >>> from Bio.Seq import Seq >>> from Bio.Alphabet import IUPAC >>> coding_dna = Seq("ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG", IUPAC.unambiguous_dna)...

问题 perl脚本去除fa文件中ID重复的序列

... $GZ2 , -format => 'fastq');my %id;while ( my $obj1=$fq1->next_seq() and my $obj2=$fq2->next_seq() ) {my ($id1,$id2)=($obj1->id,$obj2->id);if(exists $id{$id1}){next;}else{$id{$id1} = 1;}$out1->write_seq($obj1);$out2->write_seq($obj2);}}} ...