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文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER#也就是GeneMakr, GenomeThreader, ProHint,我们还需要手动安装这些软件。但其中只有GeneMark是必须的,因为我们更多是利用RNA-seq数据进行模型训练,而GenomeThreader, ProHint是利用同源蛋白进行注释才用到,其中G...

文章 BSA分析算法中的ED算法和SNP-index有什么区别?

...适,今天小编就给大家简述下两种主流算法—ED算法和SNP-index算法的原理和区别。 ED算法 ED是Euclidean distance(欧式距离)的缩写,需要注意的是计算ED只是该分析方法中的一个环节,但由于是比较有区分性的一环,所以国内公司...

文章 gff文件格式不标准的修改脚本

...本,使用方式为 python gff.py >new.gff 需要提前将with open('input.gff', 'r') as f: 中的inpu.gff 改成自己的该文件名字 import re# 读入文件with open('input.gff', 'r') as f:    lines = f.readlines()# 初始化基因IDgene_id = ''# 遍历每一行for ...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌(NSCLC)(GSE127465)

...一列 zcat GSE127465_human_cell_metadata_54773x25.tsv.gz |awk -F '\t' 'BEGIN{OFS="\t"}{print $4$5,$0}' |gzip - >metadata.tsv.gz #解压包 tar xvf GSE127465_RAW.tar # 由于不同样本之间barcode ID可能重复,这里需要添加样本ID到barcode中 for id in `zcat metadata.tsv.gz |awk '...

文章 docker在windows系统和mac系统中安装

...载地址: https://www.docker.com/get-docker 点击 Download Desktop and Take a Tutorial,并下载 Windows 的版本: 根据不同的平台下载对应的版本: 下载stable版本: 3、运行安装文件 双击下载的 Docker for Windows Installer 安装文件,一路 Next...

文章 小麦MADS-box基因家族文章 new phytologist(7分)

...:MADS和K结构域所对应的pfam数据库中的号分别为:PF00319 and PF01486,作者利用pfam号在小麦基因组中查找MADS-box家族基因,一共鉴定出201个 M-I-K-C 家族成员。家族成员根据进化树分成15个亚类,同时也添加了水稻和拟南芥当中的MADS-b...

文章 去除fasta或fastq文件中ID重复的序列

..., -format => 'fastq'); my %id; while ( my $obj1=$fq1->next_seq() and my $obj2=$fq2->next_seq() ) {my ($id1,$id2)=($obj1->id,$obj2->id);if(exists $id{$id1}){next;}else{$id{$id1} = 1;} $out1->write_seq($obj1);$out2->write_seq($obj2);} }} 更多perl语言知识可学...

文章 Samtools截取基因组序列(Docker篇)

...      0omicsclass/sratoolkit          SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872     0 下载镜像。 $ docker pull omicsclass/samtoolsUsing default tag: latestlatest: Pulling from omicsclass/samtoolsab5ef0e58194: Already exists417469905807: Already existsed...

文章 微生物组间差异分析之LEfSe

...的丰度信息的表格转化成LEfSe识别的格式。这一步会生成.in结尾的文件 第二步:这一步也是最关键的一步,统计显著差异的biomarker、统计子组组间差异、统计effect sizes(LDA score),会生成.res格式的文件。如下图所示 Step1:两组...

文章 研究miRNA必备的分析网站汇总!

...守的8mer和7mer位点来预测靶基因。 http://www.targetscan.org/miRandamiRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛,不受物种限制,同时提供了 windows,linux,和macintosh多平台版本,可以下载到本地运行。 ht...

文章 最新研究:爱笑的人,论文质量一般不会太差......

...人。 这里就涉及到了一种研究方法——薄切片研究法(thin-slicing research methodology), 薄切片研究法的大致意思就是:利用某个人行为的一个非常薄的切片(例如选择一张简介照片)去评估这个人的情绪, 比如:一个在简介照片上...

文章 一大波三代文章正在来袭!有没有你滴?

...明这些基因也可能参与丹参酮的合成。 isoform detection and prediction (IDP)分析共得到16241条isoform,其中包括10 323 multi-exon基因, 在这10323个multi-exon基因中有4165 (40%)发生了可变剪接,其中多于15%的发生了多于2种的可变剪接方式。...

文章 R语言中实现方差分析及其可视化

...内置数据PlantGrowth集为例。不同地块( ‘ctrl’, ‘trt1’, and ‘trt2’)种植的植物的产量(weight)数据;解决的问题如下1.不同地块产量是否存在差异2.trt1与trt2是哪块差异更大 ##正态性检验my_data <- PlantGrowthshapiro.test(my_data$wei...

文章 Mapchart绘制基因染色体位置图

最近,MapGene2Chrom web v2(http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/)偶有“歇菜”,让我们想简单的画画基因的染色体位置图都不方便。在这里,小编给 大家介绍一个比较早的软件Mapchart,来帮助我们解决这一烦恼。 Mapchart是Windows系统下,进行...

文章 基因/蛋白序列结构图绘制-IBS的使用

...主菜单栏download,IBS已经更新了4个版本,根据需求选择Windows或者Mac等版本,如果不是JAVA的运行环境,需要先安装运行JAVA( https://www.java.com/ )。 使用在线版则点击download右侧WEB SERVER即可。 IBS绘图 想要绘制基因或蛋白的序...