找到约 15 条结果

问题 老师您好，请教一下代码报错问题：我在GEO下载的卵巢癌组织数据集，里面有正常组对照组2组，里面的表达值很多是负数（考虑是数据处理后），在R语言中完成了探针转化后，准备进行差异分析，代码提示报错

文章 网站 SSL证书到期更新

...SL：选择手动DNS验证 ：https://yundun.console.aliyun.com/?spm=5176.12818093.top-nav.3.4cae16d0k120w3&p=cas#/certExtend （2）按要求到易名中国验证   （3）证书配置：视频点播服务=》配置管理=》分发加速配置=》域名管理  class.omicsclass.com 2.网...

问题 群体研究合辑work.sh脚本运行问题

在服务器上加载镜像reseq-v2.0运行work.sh脚本，前几个命令运行正常，# 数据质控：对原始序列进行去接头，删除低质量的reads等等，质控数据统计汇总：python $scriptdir/qc_stat.py -d $workdir/2.data_qc/ -o $workdir/2.data_qc/ -p all_sample_qc 运行报...

问题 群体结构分析时，执行代码报错

...f 137pop_group.txt -g Group，报错：WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index pophelper v2.3.1 ready. Er...

问题 老师！求解答！在TCGA数据基因ID转换中出错！!

> Ensembl_ID_TO_Genename <- get_map("../gencode.v34.annotation.gff3")  Treat input as file |--------------------------------------------------| |==================================================| Warning message: In data.table::fread(input, header = FALSE) :   Stopped early on line 26...

问题 edger差异分析，如何查询分组差异的结果

...CPM表达量对基因进行过滤 #keep <- rowSums(cpm(y)>1) >= 2 ##CPM 为 1 代表在最小的样本中，count 为 6——7 ####每组至少有两个样本，所以要求至少在 2 个库中表达（>=2） #y <- y[keep, , keep.lib.sizes=FALSE]##归一...

问题 基因家族启动子顺势作用元件预测网站plantcare对昆虫适用嘛？

...一下根据mitof分析结果可以看到在一个基因位置基因id:9852 发生了2个拷贝，这种情况需要把这个基因拆成2个吗？9852在基因组注释结果里是1个基因，中间没有终止密码子。 或者在命名的时候命名为9852_1, 9852_2?

文章 有参转录组数据分析镜像升级v2.0

有参转录组数分析据镜像已经更新2.0： 1.主要是一些软件升级到最新如：fastp，samtools，htseq，一些R包等 2.增加一些软件，eggnog-mapper等 3.非模式物种go kegg富集分析：更新绘图结果，富集分析限制物种类型等 4.差异基因分析脚...

问题 运行eggnog_stat.r报错

...oups` argument. Error in (function (classes, fdef, mtable)  :   unable to find an inherited method for function ‘select’ for signature ‘"tbl_df"’ Calls: %>% -> select -> <Anonymous> 停止执行 向老师们求助

问题 老师您好，我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析，获得了候选基因，我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗？需要怎样判断哪些基因受到正选择，哪些基因受到负选择？谢谢老师！

问题 老师您好，我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析，获得了候选基因，我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗？需要怎样判断哪些基因受到正选择，哪些基因受到负选择？谢谢老师！

文章 linux下Circos安装

...ircos-0.67-pre4/bin 检查所需模块： ./circos -modulesok       1.26 Carpok       0.40 Cloneok       2.63 Config::Generalok       3.40 Cwdok      2.145 Data::Dumperok       2.55 Digest::MD5ok       2.84 File::Basenameok       3.40 File::Spec::Functionsok     0.2301 Fi...

问题 老师您好，群体遗传进化分析的课程中根据视频进行PCA分析和LD 可是plink一直无法运行，试过重启电脑也检查了文件名并且下载了V1.2的镜像都不行。其他不需要plink的都可正常运行是怎么回事呢？有什么办法解决吗？谢谢老师

问题 老师，我在构建泛基因列表时，做cat pangene_filter.*lifted.anchors | grep -v "^#" | awk '{print $1"\t"$2}'> ../03.jcvi-pan-vs-genome/syn.txt这一步，找不到pangene_filter.*lifted.anchors 是怎么回事

问题 老师麻烦您看看这是我在GEO数据库里找到的芯片数据，没有看懂样本后缀KE1,KE2,B1,B2代表的是什么意思，按道理来说后缀应该都是rep1,rep2,rep3这样子的重复才对啊，这里的没看懂是什么重复

GSM265218 Wounding_6h_vs_0h_KE1 GSM265219 Wounding_12h_vs_0h_KE1 GSM265220 Wounding_24h_vs_0h_KE1 GSM265221 Wounding_48h_vs_0h_KE1 GSM265222 Wounding_6h_vs_0h_KE2 GSM265223 Wounding_12h_vs_0h_KE2 GSM265224 Wounding_24h_vs_0h_KE2 GSM265225 Wounding_48h_vs_0h_KE2 GSM265226 Wounding_6h_vs_0h_B1...