问题 iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

使用run_pipeline.pl将vcf.gz文件转换为.phy文件后运行该命令，出现报错，报错内容如下图： 请问这是什么原因呢？是测序公司返给我的vcf.gz文件有问题还是我的命令有问题？

问题 老师，您能讲一下qPCR相对定量里的数据计算吗？他里面的p值是什么？

问题 RNAseq有参转录组数据自主分析课程，在建立基因组索引的时候出现如下问题

...析课程》第4课时，建立基因组索引，运行的命令，sh $scriptdir/index.sh Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.22.fa Homo_sapiens.GRCh38.99.chromosome.22.gff3，在服务器上运行，最后获取gene length时候出错： get gene length and gene.bed from gtf: RUN CMD: python /home...

问题 WGCNA 模块特征热图意义

各位老师，我用WGCNA分析的芯片是有9个细胞系每个细胞系加两种处理因素，但是没有重复这种。当然也没有可关联的临床特征。如图，我这个绿色模块，根据模块向量特征热图，H处理之后，它的模块向量特征在每一个细胞系都...

问题 基因家族分析有没有推荐的审稿人？

老师好，大家好！ 我那个投稿的期刊需要5个指定的审稿人，植物方向；基因家族分析方面有没有好的编委，友好点的，容易点的，谢谢~！

文章 ANNOVAR琳琅满目的人类变异信息注释数据库

...based，region-based 和filter-based。这三种注释分别针对于每一个variant的不同方面： 基于基因的注释（gene-based annotation）揭示variant与已知基因直接的关系以及对其产生的功能性影响。基于区域的注释（region-based annotation）揭示variant ...

文章 为什么做生物信息分析需要学会linux

...费的时间是值得的。举例来说，你在windows上整理统计一个表格可能会花费你一天的时间，数据一但调整，需要重新分析的时候，又要花费你一天的时间，是不是很痛苦？而在linux上你可能只需要几条命令或者一个简短的脚本分分...

文章 敏捷开发——互联网时代的软件开发方式

...目过程中，团队可随时根据需要进行调整工作，从而找到更好的路径去开发合适的产品。这将使得组织更具竞争力，但当存在无穷尽的功能更新和其他修复任务时，我们也很难界定某些任务是否可以标记为已经完成。(图为CORNERST...

文章 qiime2 分类器建立 SILVA数据库

利用工具建立数据库  rescript qiime rescript get-silva-data \ --p-version '138' \     --p-target 'SSURef_NR99' \     --p-include-species-labels \     --o-silva-sequences silva-138-ssu-nr99-seqs.qza \     --o-silva-taxonomy silva-138-ssu-nr99-tax.qza 这个代码...

问题 基因家族表达量热图的时候没有找到合适的FPKM文件

...文件。我做的物种是草莓A种的HSP70基因家族，数据库上有B种草莓的转录组数据，这两种草莓的基因注释的ID不一致，这个时候我可以利用blast本地建库来匹配A种草莓与B种草莓的基因吗？也就是X基因在A草莓有一个ID，B草莓有一个...

问题 SCI引用文章数据CC BY 4.0问题

想使用别人发表的OA-SCI文章数据，最后有个注释，是不是表示文章数据可以使用，只要正确引用就好。

文章 readxl包读取excel的多个函数简介

..._xlsx()读xlsxsheet1=read_xlsx("Cici.xlsx",sheet = 1)&gt; sheet1# A tibble: 1 x 3      A     B     C  <dbl&gt; <dbl&gt; <dbl&gt;1    1.    2.    3.第二个sheet2sheet2=read_xlsx("Cici.xlsx",sheet = 2)&gt; sheet2# A tibble: 1 x 3      a...

文章 《叶绿体基因组分析实操》课程更新

...释结果更加准确。 实用案例： 提供实际案例和操作，更好应用所学知识。

文章 numpy从文件直接读入得到数组对象

...； 测试数据：https://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/iris/ import numpy as npimport osos.chdir("D://python_script//")a = np.loadtxt("iris.data", dtype = float64, delimiter=',', usecols = [0, 1, 2, 3])print(a)b = np.loadtxt("iris.data", dtype = "S", delimiter=',', usec...

问题 如何添加内参物种构建进化树

...您好，我购买了咱们的重测序的课程，实际操作中遇到一个棘手问题。我这边有个重测序的项目，需要构建进化树，但是老师要我把几个参考基因组的物种添加进去作为内参构建树，但是我们没有重测序这些需要添加的内参物种...