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问题 老师,您好,我正在泛基因家族分析,想问课程中用到的结构变异的vcf文件all_merge.vcf是泛基因组全基因组范围的变异吗,

...我这边是要foxtail_millet.GRASgene.list  文件呢,其中中有5502(在02.gene_family中最后一步得到的额cat *.GRASgene.list > foxtail_millet.GRASgene.list),还是Fam_gene.list,其中有996GRAS成员(03.PAV中得到的基因家族编号对应的基因编号的从属...

文章 机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9

...方法来解析发病土壤微生物群落的普遍性特征,有望能为更好地防控土传枯萎病提供解决方案。 数据收集 作者收集了世界上公开发表的大部分有关镰刀菌枯萎病相关的土壤微生物测序研究(1500多土壤样本,包括真菌,细菌...

问题 重测序

水稻样品,重测序3样本,深度分别为13×和60×和34×,然后得到了all.clean.vcf里面只有一万多的snp。但是我们老师call到的snp太少了,老师说就是即便是同一品种测了两次,也不会只有一万多的snp,至少几十上百万。我参数用的...

问题 群体遗传分析数据过滤

请问老师,公司给返回的SNP 结果里SNP 和indel是2文件,merge.SNP.gz, merge.indel.gz,处理merged.SNP.gz的时候还需要运行过滤indel附近的snp这一步吗?我试了一下merge.SNP.gz过滤前39G, 过滤完了还剩22G了,不知道这结果对不对

问题 请问在比较基因组学中,怎么区分由祖先染色体加倍还是物种分化后独自加倍而形成的同源基因?比如下面的玉米A和B基因组

问题 跪求解答,关于基因组文件大小

您好,我在Ensembl下载了海葵基因组序列,怎么这么小,这是不全还是就是小尼,另外基因家族分析时家族成员只有7可以吗?家族成员数量和文章档次相关吗

问题 metastat的结果文件为什么p值都很大,包括示例文件的

文章 生物信息分析用笔记本推荐-2020年618前夕

...然光看性能方面和下面的惠普笔记本差不多,但是提供了更好看的外观,2.5k分辨率的高色域屏幕,窄边框,更小更轻等特性。 ②   性价比之选:惠普 战66,京东价格:3599 CPU AMD R5-4500U,内存8G,固态硬盘512G。京东链接:http...

问题 Java环境变量配置的问题

老师,您好 我在配置Java环境变量时,cmd后报错'Java' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件。如下图,右边是我配置的环境变量,左边是报错。另外,您看我的Path,点了编辑之后,有以下几内容。

文章 deepseek绘图之--FPKM小提琴图

...果,首先确认自己的路径和绘图需要的文件,我们只需要一基因表达量文件即可,格式如下: 文件准备完成后,即可询问AI如何编写代码,写完了的提示词如下,大家可以参考一下格式 ------------------------------------------ 读取1...

文章 论文被拒稿11次,还有必要再投吗?

...道理。可以选一些交叉专业的杂志,可能比那些专业杂志更好投; ●我有一篇文章被拒了四次 终于第五杂志接收了。我觉得如果有新意,还是要继续改改投别的杂志; 事实上,被拒11次是很可怕,但是更可怕的是被拒11次之...

文章 Seqtk | 一快速处理FASTA和TASTQ文件的工具

...name.lst文件内容提取对应序列,name.lst文件格式为每行一序列名; seqtk subseq in.fq name.lst > out.fq 08. 根据输入的reg.bed文件内容提取对应固定区域(region)序列; seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa 09. 根据reg.bed文件中的区域将对...

问题 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -T 2 -mem 8G -m MFP+ASC -redo -B 1000 -bnni --prefix iqtree 出现报错

问题 差异基因表达分析

...e `linewidth` instead.   是否是正确的  以及输出文件仅有4 与课程视频中的预期不同  所得到的文件没有样本名称  请问老师 这是哪里的问题吶

问题 我想咨询一下wgcna问题

老师,您好,我想向你咨询一下wgcna的问题,我通过ncbi里面寻找了18样本,并且将其他对应的样本进行了RNa-seq的差异分析,通过将各组的rna-seq提取差异基因取交集,最后拿这些交集差异基因做wgcna可行吗