问题 老师您好，不同引物产生的扩增子数据的长度应该是不一样的，如果放在一起分析的话会不会对结果产生影响呢？

问题 在进行进化树分析时，运行出clean.sorted.vcf.gz文件后，后续文件跑不出来了，报错原因如图所示

问题 老师好，请问在做McscanX分析时，从gff提取的geneID与pep.fa文件的ID不一样，无法提取出蛋白序列，那怎么办？

跟cds文件的id也不一样，cds里的id是mRNA的id

问题 请问我按照TCGA 生存分析教程做的森林图，发现与COX多因素的结果不一致。比如说mic-320b-1，在多因素中p0.05，HR值跨过了1。怎么理解森林图的结果与COX不一致？谢谢

文章 eQTL结果使用coloc共定位分析

共定位分析（Colocalization Analysis）之前有提到过,它是一种统计方法，旨在确定GWAS识别的与复杂性状或疾病相关的遗传变异位点是否与xQTL共享相同的因果变异。这种分析帮助揭示GWAS信号的潜在分子机制，特别是当GWAS位点位于非...

文章 WGCNA、生存分析、ROC共同筛选biomarker

...胞瘤，利用WGCNA筛选关键模块中的hub基因，同时结合生存分析、ROC曲线利用其他数据库数据进行验证并筛选最终Biomarker的过程。 背景简介 多形性胶质母细胞瘤是一种非常严重的脑瘤，占所有类型的15%左右，生存时间一般少于15...

文章 TCGA数据库相关分析工具网站

...能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。 热图的方式可以...

文章 如何鉴定测序文库是不是链特异性

...到90% 可以认为文库是合格的。 如果您对转录组的数据分析感兴趣，可以学习我的两门课程： 《RNAseq有参转录组数据分析》 《转录组数据挖掘》

问题 你好，我在MCScanX共线性分析过程中用get_gene_position.pl提取基因位置信息的过程中，提取的信息不太对

你好，我在MCScanX共线性分析过程中用get_gene_position.pl提取基因位置信息的过程中，提取到了如下结果，我的物种的基因组gff文件开始部分的格式如图所示，这个要怎么处理呢？谢谢

问题 老师，tbtools更新到最新版本（1.098761），下载安装包以后，安装进度条到一半的时候就关闭了，没有任何提示，这该怎么解决呢

文章 linux中进程状态

...眠中, 受阻, 在等待某个条件的形成或接受到信号)  3. 不可中断(收到信号不唤醒和不可运行, 进程必须等待直到有中断发生)   4. 僵死(进程已终止, 但进程描述符存在, 直到父进程调用wait4()系统调用后释放)   5. 停止(进程收到S...

文章 获取关系矩阵（WGCNA)

在进行WGCNA分析的过程（学习WGCNA）中需要基于表达矩阵转换关系矩阵，结合power值构建邻接矩阵，并由此构建TOM矩阵最终构建网络。在代码实现的过程中往往： 1、计算power值 2、基于power直接利用adjacency()由表达矩阵--邻接矩...

文章 大数据分析 Hbase Shell命令

第一部分：Hbase基础查看 1. Hbase版本查看 hbase(main):008:0> version 2.2.3, r6a830d87542b766bd3dc4cfdee28655f62de3974, 2020年 01月 10日 星期五 18:27:51 CST Took 0.0002 seconds 2. Hbase状态查看命令shell hbase(main):009:0> status 1 active master, 0 backup masters, 1 s...

文章 从老板到项目成员,如何从燃尽图中洞悉团队工作?

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问题 老师你好，blast分析串联重复基因结果文件duplication_gene.out与MCScanX 结果文件 tandem的串联重复基因不一致怎么解释？