文章 ncbi基因组数据格式转换

...################################################################ if($line[2] eq "region"){if($line[8] =~/chromosome/){$line[8] =~ /chromosome=([^;]*)/;my $chromosome = $1;$chr{$line[0]} = $chromosome;}else{$chr{$line[0]} = $line[0];} } ##############################################################...

文章 nomogram_multi_cox.r 多因素cox分析构建模型并绘制列线图nomogram

...dict.time [predict.time ...]                        Time point to draw the ROC curve [default 365 1095                        1825]  -c cut.score, --cut.score cut.score                        set cut score value to divide high and low risk groups           ...

问题 代码不适用

...--recode-INFO-all --stdout     --maf 0.05  --max-missing 0.8  --minDP 2  --maxDP 1000      \ >     --minQ 30 --minGQ 0 --min-alleles 2  --max-alleles 2 --remove-indels |gzip - > clean.vcf.gz 在用这个代码过滤vcf文件时，一秒就出结果，说代码不适用，我的...

问题 1、biolinux虚拟机一直黑屏 2、看社区问答里说要把操作系统对应64位，但是我这里没有64的，一直按教程里的安装的，磁盘空间也还足够

问题 您好 我使用GEO芯片数据课程的 download R文件下载 GSE80751和GPL17692时出现这个提示，运行后面的代码就会报错如图2，请问问题在哪里，怎么解决，谢谢！

问题 三代纠错软件lordec安装问题

...usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples": No such file or directory make[2]: *** [install] Error 1 make[2]: Leaving directory `/home/LTT/install/lordec-src_0.9/gatb-core-1.4.1/gatb-core/build' make[1]: *** [gatb_v1.4.1/include/gatb/gatb_core.hpp] Error 2 make[1]: Leaving directory `/home/LTT/in...

文章 TCGA挖掘高分文章

... 文章标题:Clinical significance and immunogenomic landscape analyses of the immune cell signature based prognostic model for patients with breast cancer 文章标题:   Immune cell infiltration-based signature for prognosis and immunogenomic analysis in breast cancer 文章标题:  m ...

文章 数据框分割数据

...parate可以直接将一列数据按需要分成几列 library(tidyr) df_2<- separate(df_1, 'colname', c("new_colname_1","new_colname_2"), ",") #例为将df_1表的colname列分成new_colname_1，new_colname_2两列，里面的数据以逗号为分隔符分割 如果数据允许，分成...

问题 我想问一下，对于MADS-box这种辅助域的Pfam号和DNA-binding的Pfam号不同的基因家族，做成员鉴定的时候，需要下2个种子序列不？

问题 新建物种特异hmm模型，再次搜索，产生的文件round2_hmmerOut.txt中的一个基因序列（下图所示），通过了三大数据库确认。但是序列很短，这个序列不要？

文章 R数据集合并

...，经常会合并两个数据集，这里说一下合并数据集常用的2个函数： 合并列：cbind 合并行：rbind 1.cbind cbind使用非常直观简单。当我们需要直接合并2个矩阵或数据框，不需要指定任何公共索引时，可以采用cbind函数下图是cbind的...

问题 老师好，做比较基因组学时候发现我的基因ID和转录本ID不是单纯的加了点1点2那么简单，如何做我才能只提取一个序列进行后续分析呢？

问题 在进行WGCNA时，为什么会有如下报错，要怎么解决呢?：Error in hclust(dist(datExpr0), method = "average") : N must be at least 2.

问题 mcscanx计算kaks问题

...错如下： manager@bl8vbox[downstream_analyses] sudo perl add_ka_and_ks_to_collinearity.pl -i /home/manager/Desktop/share/mcscanx_kaks_shili/at.collinearity -d /home/manager/Desktop/share/mcscanx_kaks_shili/at.cds -o at.collinearity.kaks [sudo] password for manager:  rm: cannot remove ‘temp7...

问题 蛋白质全长多序列比对

...错ERROR: The sequences in the input alignment should be aligned in order to us，第二次将结构域中阶所有横杠去掉了没有报错，但是WRKYGQK结构域只显示R且前移了位置，如图，请问如何修改才能将这条序列的结构域比对得上其他序列的结构域位置...