问题 TCGA转录组数据有3中类型，下载哪一种比较好？

GDC上的TCGA的转录组数据，目前支持3中类型下载，分别是Count, FPKM和FPKM-UQ， 下载哪一种比较好呢？

问题 求助：用Rstudio下载数据，出现remaining后不动了，是不能下载了吗？

用tcga_gene_exp_download.r下载数据显示remaining，是下载完成了还是不能下载了？

问题 如果interproscan数据库只指定小部分，对注释结果影响大吗？

请教老师，-appl CDD,COILS,Gene3D,Pfam,SMART（运行ok，约4小时），是否还需要增加哪些必须的数据库？谢谢

文章 教你在线绘制circos图-简单！

...物种在不同分组或者样品中的分布关系。 绘制circos图 1.数据准备 首先我们要做的就是准备画图所用到的数据，所用数据为物种在各样品中的相对丰度，这里只选用丰度大于0.01的物种用于绘图，数据如下（列名A、B、C为样品，...

问题 老师，我想问一下直接从某植物对应的基因组数据库里下载的FPKM文件可以直接用吗？比如说里面有各个基因在各个组织器官上的表达量，我可以直接用里面的数据做热图吗？

问题 尊敬的老师，在按照咱们课程进行选择消除分析 fst pi ROD时，可以正常输出pi.wild，为什么画图的时候图为空的，是不是数据有问题，我的数据是真菌的，fai文件只有1kb，

文章 微生物组间差异分析之LEfSe

...LDA score），最终获得biomarker。 第三步：基于第二大步的数据，绘制各种图片。 前两步的Kruskal-Wallis秩和检验、Wilcoxon秩和检验 比较简单，类似T检验或者方差检验等，只不过T检验和方差分析为参数检验（要求数据符合方差齐性...

问题 利用Linux制作circos配置文件时，result文件无数据

789x316 789x316 老师您好！ 我在利用Linux制作circos配置文件时，输出的result文件夹有，但是都没有数据。 输入的三个文件里的基因名称都是一样的。请问这是哪里出了问题

文章 空间转录组数据挖掘流程记录-甲状腺癌(GSE250521)

数据介绍： 来自谷歌翻译： 总结：甲状腺癌在全球癌症发病率中位列第九。此外，在过去几十年里，全球甲状腺癌的发病率一直在上升。空间转录组学技术通过结合高通量 RNA 测序和成像技术，系统地描绘了组织空间内的基因...

问题 三代HIFI数据的格式

我在公司做的三代测序，PACBIO HIFI ，计划做基因组组装。公司提供的是原始的BAM文件和bam.pbi文件，我需要将BAM文件转换成fastq文件才可以组装。请问要怎样才可以转换格式？

问题 怎么在表达矩阵数据里一直保留探针ID？

在最终差异表达的数据里我不㤇Gene ID和GeneSymbol ID,我要的是探针ID,但是探针ID在这一步“"exptemp2 = aggregate(exptemp[,c(1:(ncol(exptemp)-2))], by = list(exptemp$GeneID),mean)”就去掉了，请问这一步怎么设置来保留探针ID，因为这里的探针ID实际上...

问题 GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')下载TCGA数据时出现In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素 错误，数据下载不下来

问题 泛基因家族分析-数据准备

我们的研究物种，目前没有泛基因组，我想自己组一个进行接下来的泛基因组基因家族分析，但是目前的疑问是？需要下载10个同属染色体水平基因组，但是，需要重新组装注释么？还是说只要重新注释？

问题 在RStudio上用setwd()命令未能修改数据资料路径

今天的《转录组代谢组结果解读及个性化数据分析》课，安老师在课程最后面说到：在RStudio上用setwd()命令可以修改数据资料路径，我在D盘建立了新的空的文件夹20251124_data和20251124data，用setwd("D:/20251124_data")和setwd("D:/20251124data")...

文章 生存分析的一些基本概念

...下。 生存分析(Survival analysis)是指根据试验或调查得到的数据对生物或人的生存时间进行分析和推断，研究生存时间和结局与众多影响因素间关系及其程度大小的方法，也称生存率分析或存活率分析。起始事件(initial event)：反应...