问题 基因家族分析--结构域在线数据库中确认

老师， 在基因家族分析--结构域在线数据库中确认的时候， 首先使用的是利用pfam的结构域使用hmmsearch的方法找到的候选基因， 在后续的NCBI-CDD的确认 和 smart 网站确认的过程中， 发现在这两个网站分别有几个基因不含有目标结...

文章 Linux下载数据

...st oss://xxxx    #list用户oss://xxxx目录下所以文件 4. 下载数据 $/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd cp oss://xxxx/目录/文件 .   本地目录    #下载文件到本地目录$/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd cp -d oss://xxxx/目录/目录 .   本地目录  ...

问题 泛基因家族分析数据准备

老师您好，我下载的泛基因组数据都是gff文件，而我看直播课都是gff3文件，请问我是不是将ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./中的gff3改成gff即可啊。包括agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff3  改为 agat_sp_keep_l...

文章 芯片RNA降解情况

芯片RNA降解图 RNA的降解是影响芯片数据质量的一个很重要因素，一般，RNA从5端开始降解，所以理论上探针5端的荧光强度应该低于3端。 RNA降解曲线的斜率表示了这种变化趋势，斜率越小，说明降解越少， 如果斜率太小，甚至...

问题 WGCNA可以将来自不同组织的表达量数据放在一起计算吗

各位老师： 请问WGCNA可以将来自不同组织的表达量数据放在一起计算吗？ 我有四个不同组织的表达量，每个组织三个重复，可以当作12个样本将表达量进行WGCNA分析吗

文章 ggplot2几何设置——geom

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 老师您好，我现在有一组扩增子数据，但是这一组数据是由不同引物扩增出来的，我想放在一起分析，但是咱们课程里的代码在剪切引物那一步只能剪切一种，我应该怎样修改一下代码呢？

这是咱们课程里的代码

问题 如何分析从数据库下载的转录组信息

问题 转录组数据里的count值是指什么？

问题 您好，请问转录组测序数据分析能做吗？

问题 求解TCGA生存分析 数据分集createDataPartition错误

文章 ggplot2位置调整position

... stack   https://www.omicsclass.com/article/369 这里就基于相同的数据简单演示一下fill 类型的位置调整 > dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156 ...

问题 TCGA转录组数据有3中类型，下载哪一种比较好？

GDC上的TCGA的转录组数据，目前支持3中类型下载，分别是Count, FPKM和FPKM-UQ， 下载哪一种比较好呢？

问题 求助：用Rstudio下载数据，出现remaining后不动了，是不能下载了吗？

用tcga_gene_exp_download.r下载数据显示remaining，是下载完成了还是不能下载了？

问题 如果interproscan数据库只指定小部分，对注释结果影响大吗？

请教老师，-appl CDD,COILS,Gene3D,Pfam,SMART（运行ok，约4小时），是否还需要增加哪些必须的数据库？谢谢