问题 如果interproscan数据库只指定小部分，对注释结果影响大吗？

请教老师，-appl CDD,COILS,Gene3D,Pfam,SMART（运行ok，约4小时），是否还需要增加哪些必须的数据库？谢谢

问题 老师您好，我现在有一组扩增子数据，但是这一组数据是由不同引物扩增出来的，我想放在一起分析，但是咱们课程里的代码在剪切引物那一步只能剪切一种，我应该怎样修改一下代码呢？

这是咱们课程里的代码

文章 ggplot2位置调整position

... stack   https://www.omicsclass.com/article/369 这里就基于相同的数据简单演示一下fill 类型的位置调整 > dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156 ...

问题 利用Linux制作circos配置文件时，result文件无数据

789x316 789x316 老师您好！ 我在利用Linux制作circos配置文件时，输出的result文件夹有，但是都没有数据。 输入的三个文件里的基因名称都是一样的。请问这是哪里出了问题

问题 老师，我想问一下直接从某植物对应的基因组数据库里下载的FPKM文件可以直接用吗？比如说里面有各个基因在各个组织器官上的表达量，我可以直接用里面的数据做热图吗？

问题 尊敬的老师，在按照咱们课程进行选择消除分析 fst pi ROD时，可以正常输出pi.wild，为什么画图的时候图为空的，是不是数据有问题，我的数据是真菌的，fai文件只有1kb，

文章 微生物组间差异分析之LEfSe

...LDA score），最终获得biomarker。 第三步：基于第二大步的数据，绘制各种图片。 前两步的Kruskal-Wallis秩和检验、Wilcoxon秩和检验 比较简单，类似T检验或者方差检验等，只不过T检验和方差分析为参数检验（要求数据符合方差齐性...

问题 怎么在表达矩阵数据里一直保留探针ID？

在最终差异表达的数据里我不㤇Gene ID和GeneSymbol ID,我要的是探针ID,但是探针ID在这一步“"exptemp2 = aggregate(exptemp[,c(1:(ncol(exptemp)-2))], by = list(exptemp$GeneID),mean)”就去掉了，请问这一步怎么设置来保留探针ID，因为这里的探针ID实际上...

问题 泛基因家族分析-数据准备

我们的研究物种，目前没有泛基因组，我想自己组一个进行接下来的泛基因组基因家族分析，但是目前的疑问是？需要下载10个同属染色体水平基因组，但是，需要重新组装注释么？还是说只要重新注释？

文章 空间转录组数据挖掘流程记录-甲状腺癌(GSE250521)

数据介绍： 来自谷歌翻译： 总结：甲状腺癌在全球癌症发病率中位列第九。此外，在过去几十年里，全球甲状腺癌的发病率一直在上升。空间转录组学技术通过结合高通量 RNA 测序和成像技术，系统地描绘了组织空间内的基因...

问题 GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')下载TCGA数据时出现In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素 错误，数据下载不下来

文章 教你在线绘制circos图-简单！

...物种在不同分组或者样品中的分布关系。 绘制circos图 1.数据准备 首先我们要做的就是准备画图所用到的数据，所用数据为物种在各样品中的相对丰度，这里只选用丰度大于0.01的物种用于绘图，数据如下（列名A、B、C为样品，...

文章 win10装docker desktop提示Installation failed: Containers Windows Feature is not available

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 教你轻松搞定各种柱状图

...形类型，如下图所示： 2.创建之后会弹出一个表格，将数据输入表格即可，例如我的数据如下： 数据填入表格： 3.最后只需要点击下图红框中Data 1，就会显示出我们想要的柱状图了，软件会自动计算平均值和标准差，是...

问题 R语言获取GSE数据集warning

最初提取时没有此警示信息，如今矩阵列名全部丢失，请问老师，这是为什么呢？