问题 有系谱记录的群体做GWAS分析需要怎么处理表型数据呢？

大多数GWAS分析采用自然群体，表型数据为编号后跟性状即可。那么有系谱记录的群体是否需要对表型做啥处理呢？还是把亲缘关系矩阵算进去就可以了？

问题 基因家族分析--结构域在线数据库中确认

老师， 在基因家族分析--结构域在线数据库中确认的时候， 首先使用的是利用pfam的结构域使用hmmsearch的方法找到的候选基因， 在后续的NCBI-CDD的确认 和 smart 网站确认的过程中， 发现在这两个网站分别有几个基因不含有目标结...

文章 Linux下载数据

...st oss://xxxx    #list用户oss://xxxx目录下所以文件 4. 下载数据 $/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd cp oss://xxxx/目录/文件 .   本地目录    #下载文件到本地目录$/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd cp -d oss://xxxx/目录/目录 .   本地目录  ...

问题 GEO数据标准化问题

自己找了很多序列但是没有一个能像视频课讲解的案例的方式标准化处理，请问老师这些该如何标准化并分析？序列.docx

文章 芯片RNA降解情况

芯片RNA降解图 RNA的降解是影响芯片数据质量的一个很重要因素，一般，RNA从5端开始降解，所以理论上探针5端的荧光强度应该低于3端。 RNA降解曲线的斜率表示了这种变化趋势，斜率越小，说明降解越少， 如果斜率太小，甚至...

问题 泛基因家族分析数据准备

老师您好，我下载的泛基因组数据都是gff文件，而我看直播课都是gff3文件，请问我是不是将ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./中的gff3改成gff即可啊。包括agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff3  改为 agat_sp_keep_l...

文章 ggplot2几何设置——geom

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 WGCNA可以将来自不同组织的表达量数据放在一起计算吗

各位老师： 请问WGCNA可以将来自不同组织的表达量数据放在一起计算吗？ 我有四个不同组织的表达量，每个组织三个重复，可以当作12个样本将表达量进行WGCNA分析吗

问题 老师您好，我现在有一组扩增子数据，但是这一组数据是由不同引物扩增出来的，我想放在一起分析，但是咱们课程里的代码在剪切引物那一步只能剪切一种，我应该怎样修改一下代码呢？

这是咱们课程里的代码

文章 ggplot2位置调整position

... stack   https://www.omicsclass.com/article/369 这里就基于相同的数据简单演示一下fill 类型的位置调整 > dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156 ...

问题 如何分析从数据库下载的转录组信息

问题 转录组数据里的count值是指什么？

问题 您好，请问转录组测序数据分析能做吗？

问题 求解TCGA生存分析 数据分集createDataPartition错误

文章 教你轻松搞定各种柱状图

...形类型，如下图所示： 2.创建之后会弹出一个表格，将数据输入表格即可，例如我的数据如下： 数据填入表格： 3.最后只需要点击下图红框中Data 1，就会显示出我们想要的柱状图了，软件会自动计算平均值和标准差，是...