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问题 重测序BWA比对率低

...ad2 17205178 + 0 properly paired (44.94% : N/A) 18888798 + 0 with itself and mate mapped 1437966 + 0 singletons (3.76% : N/A) 1344176 + 0 with mate mapped to a different chr 923040 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5) 36840465 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)3...

文章 Vennerable包venn返回结果绘图

...ibrary(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 查看w显示其为Venn object: > wA Venn object on 2 sets namedOCT4,SOX2  00  10  01  11   0 219 875 404  绘图plot的调用实际上是两个独立函数的方便包装，这...

文章 如何使用NCBI进行blast比对

...网址如下：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=BlastHelp#expect 总的来说，技巧虽小，但操作不易，每一步都有各种参数需要调整。在实际分析中要学会因地制宜、因时制宜，根据不同的情况选择不...

问题 用string网站预测蛋白质互作网络，为什么相隔两个月预测的两次结果不一致？

...白质互作网络，六月底进行了一次，hide disconnected nodes in the network后有40个节点，隐藏了20个节点；八月低在string进行了同样的操作，hide disconnected nodes in the network后有63个节点，节点数没有减少；这两次使用的是同一个蛋白序列fa...

文章 甲基化数据中探针位置的分类

从TCGA下载下来的甲基化数据中，最后一列Feature type ，是对甲基化位点的位置分类。主要包括5类： N_Shelf：CpG岛上游2-4 kbp N_Shore：CpG岛上游0-2 kb CGI： CpG岛 S_Shore：CpG岛下游0-2 kb S_Shelf：CpG岛下游2-4 kbp 其示意图如下： 如...

文章 gtfToGenePred报错

...ad，使用以下命令进行转换的时候，可以保留transcript这个type。 gffread -T Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gff3 -o Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf 接下来再使用gtfToGenePred就没有出现问题

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...raits_cor.pdf",w=10,h=10,family="GB1")corrplot(occor.r, method = "square", type = "lower", order="AOE",         col = palette_2, tl.pos = "tp", tl.col = "blue", cl.pos = "r",         title = "Traits corr", mar = c(2,4,4,1))corrplot(occor.r, method = "number", type = "upper",order="AOE",  ...

问题 有参转录组数据分析，样品和基因组比对效率只有零点几，这是为什么？

... 400ppm_rep1.sam 2> 400ppm_rep1.summary #比对结果 24819002 reads; of these:   24819002 (100.00%) were unpaired; of these:     24775361 (99.82%) aligned 0 times     39911 (0.16%) aligned exactly 1 time     3730 (0.02%) aligned >1 times 0.18% overall alignment rate

文章 一个好的“产品经理”该如何诞生？

...://img-blog.csdnimg.cn/20200325141104264.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3FxXzQxMTM3NDkz,size_16,color_FFFFFF,t_70) 那么我们就从头说起   一、建立开发流程 开发流程无论是敏捷，还是瀑布，要...

文章 win10 安装最新的基于WSL2的docker

...开命令提示符或 PowerShell，并输入：systeminfo | find "System Type"。 警告： 在非英语 Windows 版本中，你可能需要修改搜索文本，例如在德语中为 systeminfo | find "Systemtyp"。运行上一步中下载的更新包。 （双击以运行 - 系统将提示你提...

文章 Science乌龙论文：不好意思，作者把狗狗左右脑弄反了.....

...己去联系修改发声明。 还有一种声明是：关注(Expression of concern) 这是用来提醒读者文章可能不可信，这有可能是撤稿的前奏了...... 最最严重的就是——撤稿 (Retraction) 当研究因为不端行为、造假或是诚实的错误导致结果不可...

文章 RDA CCA 分析

...多 0 值的群落物种数据时，推荐使用） Y_trans <- decostand(原始Y矩阵, method = 'hellinger')   #使用全部的环境数据 rda_tb <- rda(Y_trans ~., X矩阵的名称, scale = FALSE)   #参考下文中对 RDA 结果解读的说明，可分别使用 plot(rda_result) 和...

问题 RNAseq有参转录组数据自主分析课程，在建立基因组索引的时候出现如下问题

...务器上运行，最后获取gene length时候出错： get gene length and gene.bed from gtf: RUN CMD: python /home/zpp/work/my_rnaseq/scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g Homo_sapiens.GRCh38.99.chromosome.22.gtf -p gene_length Traceback (most recent call last):   File "/home/zpp/work/my_rn...

文章 immune_compare_stat.r 免疫细胞表达差异比较

...                                 [-n prefix]t.test annova and wilcox.test: https://www.omicsclass.com/article/1496optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i filepath, --input filepath                        input alpha diversit...

文章 Python 操作 读取 写出 Excel 文件 提高工作效率

... date, 4 boolean, 5 error， 6 blank（空白表格） table.row(rowx)[0].ctype # 获取rowx行第一个单元格的值 table.row(rowx)[0].value # 返回由rowx行中所有的单元格对象组成的列表 table.row_slice(self, rowx, start_colx=0, end_colx=None) # 返回由rowx行中所有单元...