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文章 测序数据文件中MD5是个啥 ?不要无视我的存在!

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接: htt...

文章 U盘安装 CentOS 注意问题

...aseOS-x86_64”长达22个字符;但是如果制作U盘时的文件系统格式为FAT32,则卷标最长为11个字符,就会截断变为“CentOS-8-Ba”。但是U盘启动并试图安装CentOS时是按照卷标去寻找对应的驱动器,于是就找不到! 解决办法可以如博主所...

问题 如何实现把InDel标记变为SNP格式

文章 TCGA-构建ceRNA网络的软件GDCRNATools

...程序进行分析的,后来无意间看到了GDCRNATools这个R包,该软件包,功能比较强大,能够完成ceRNA网络分析的所有分析内容。 该软件的主要功能可以概括如下:    1. 数据下载         1.1   支持转录组数据和miRNA数据的下载...

文章 gbff 格式注释文件转换成gff3注释文件格式

在NCBI下载参考基因组,没有找到gff格式的基因组注释文件,只找到了gbff 。应该会有现成的工具来实现常用的基因组注释文件不同格式之间的相互转换。就简单的进行了gb→gff 之间的相互转换。 方法有很多,我只测试了2种: ...

问题 GFF文件格式不标准

求助求助!从头组装的基因组,给回来的gff文件中只有mRNA和CDS,想在转录组中进行定量分析,有没有什么办法可以把gene和exon补上呢?

问题 我买了转录组分析的课程,在运行fpkm_and_plot.R脚本时提示Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’ Execution halted, 我打开R语言安装getopt后仍然显示报错,请教各位大神和组学讲堂的老师

文章 eclipse下搭建shell脚本编辑器--安装开发shell的eclipse插件shelled

...hell文件上点右键->open with->选择shell script Editor,发现打开的SHELL的文件已经语法高亮: 有的eclipse默认是用eclipse自带的text editor打开shell文件的,安装了shelled之后,可以修改使用shelled默认打开*.sh文件,如果没有*.sh这个选项...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件PRAPI

介绍一款Pacbio 三代数据分析的软件 PRAPI, 该软件相关的文章为《PRAPI: post-transcriptional regulation analysis pipeline for Iso-Seq》,我们来看一下该软件的功能。 功能比较强大, 能分析的内容多,而且能结合二代和三代的数据一起分析...

问题 虚拟机软件使用问题

 为什么按Hi+TAB不出现hisat软件的选项

问题 docker第三方镜像如何查看已安装的软件

我们下载第三方镜像,尤其是整套分析流程的镜像之后,如何查看其安装的软件软件版本?

文章 TBtools绘制火山图

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接: htt...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 数据纠错软件-proovread

...oovread 是在2014年发表在Bioinformatics 上的一款Pacbio序列纠错软件,其基本的原理是利用高准确度的二代短序列,不停的迭代比对,对pacbio的序列进行纠正。 目前该软件已经在github 上公开,并不断的更新。 1. 软件的安装 安装方法...

文章 定量蛋白质组分析的R软件包proteus

...后,还需要进行蛋白的差异表达分析。目前大部分的分析软件都是在windows 上进行分析,不方便自动化。 为了方便进行自动化的分析,可以采用一个R包proteus来完成。该软件包的下载地址:https://github.com/bartongroup/Proteus 1. 软件...

问题 老师,我有141个样品,现在IndexFeatureFile,tabix,bcftools都无法成功构建gvcf的索引,只有CSI格式能成功索引,这个格式在后续也用不了,这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛,还是说我只能重新生成vcf文件了