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文章 肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

...功能是保持体内平衡,包括酸碱平衡,水平衡,血压调节葡萄糖稳态内的功能需要肾脏进行精确的协调调节。全球大约9%的人口正遭受慢性肾脏疾病。近年来,研究表明肠道菌群慢性肾病(CKD)相关,已有研究表明...

问题 使用plotQ绘制structuretu图的问题

带有GROUP信息的structure图当中,每一个K值柱状图下面的样品顺序都是相同的,能不能直接最下面或者最上面显示样品名而不是每个图下面显示,代码因该如何修改 这个是绘图的代码 p<-plotQ(qlist,imgoutput="join",#showlegend=T,r...

文章 cellphoneDB|单细胞分析之细胞间通讯分析

... 相同类型细胞合并聚类。根据一种细胞类型的受体表达另一种细胞类型的配体表达得到这两种细胞类型之间的受体-配体相互作用关系。对于同种类型细胞内的每个基因,计算表达该基因的细胞百分比表达均值。统计分...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-头颈癌(HNSCC)(GSE181919)

... HNSCC 进展过程中的相互作用,我们对正常、白斑、HNSCC 转移性 HNSCC 组织进行了单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 分析。我们鉴定了表达 LGALS7B 的恶性细胞表达 CXCL8 的成纤维细胞的新克隆,肿瘤组织中这些细胞的丰度与较差的预后结...

问题 相同材料不同处理之间,可相同材料不同处理之间,可以放一起做WGCNA分析吗?比如重金属盐碱处理。

更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数...

文章 R语言中实现方差分析及其可视化

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

问题 进化树构建

MEGA中生成的进化树没有问题,但是用figtree打开nwk文件后两条序列并一起?请问怎么解决? 作基因结构+进化树的图也是会合并一起

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

...法潜机制方面的应用很少。我们对结直肠癌患者的免疫基质群体进行了 scRNA-seq 分析,确定了特定的巨噬细胞传统树突状细胞 (cDC) 亚群作为肿瘤微环境中细胞串扰的关键介质。定义小鼠肿瘤中可比较的骨髓细胞群,能够表...

文章 热门方向:AnnexinV/PI联合检测细胞凋亡

  细胞死亡的方式主要有两种,包括细胞坏死(necrosis)细胞凋亡(apoptosis)。细胞坏死是早已被认识到的细胞死亡方式,而细胞凋亡是近年来逐渐被认识且越来越受到重视的细胞死亡方式。两种死亡方式最重要的区别是细胞坏死...

文章 TCGA癌症正常组织中的基因表达差异图

...获得差异表达的基因之后,可以将差异表达的基因癌症癌旁中的数据拿出来进行比较一下,看看两者差别是否显著。 # 绘制差异表达基因比对样本中的表达情况 # 将表达量进行log2 转换 normData1 <- log2(normData) # 对表达数...

问题 想问下用ADMIXTURE进行群体结构分析后,用课程提供代码可视化的时候,一直出现如下图的报错是怎么回事儿?输入文件的P,Q,nosex文件都检查了,没发现哪里的问题,之前其实也做过同样的分析,没有出现问题。这次只是数据量个体数不同。应该怎么办?谢谢大家。

文章 deepseek绘图之--多组学相关性热图

...o运行一下,结果如下: 可以看到它把蛋白与微生物合并一起计算相关性了,我们让他修改一下不合并。 让AI帮助我修改可视化效果 修改后的绘图结果如下所示: 这里使用颜色表示相关性的强度,我们可以让他改成使用圆圈...

问题 KEGG通路中(植物激素信号转导),我只关注这个通路下的几个基因(赤霉素有关),那么他的gene.ratiop_value也要变化吗,以及如何计算

文章 人免疫细胞marker基因

...一些基本的免疫细胞类型,而不是详尽的分类。细胞类型Marker Gene 可能会因研究背景分析流程而有所不同。 免疫细胞亚型Marker Gene 示例CD4+ T Helper 细胞CD4、IL2RA、FOXP3(调节性T细胞,Treg)CD8+ 细胞毒性 T细胞CD8A、CD8B、GZMB(G...

文章 如何正确选择差异统计检验

...义上的差异,这时候面对那么多统计学检验方法,我们该怎么选择最适合我们数据的检验方法至关重要了,因为选错了检验方法很可能导致错误的结论!这里我以微生物多样性研究中所涉及到的统计学检验方法给大家总结一下;...