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问题 老师我做存在缺失分析部分，Fam_gene.list中泛基因编号为什么不是连续的呢

老师我做存在缺失分析部分，awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=27;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list这一步，得到的泛基因编号为什么不是连续的呢？...

文章 R语言数据整理——tidyr包

...;- mean(data$num, na.rm = TRUE)> type_mode <- as.character(data$type[which.max(table(data$type))])> data <- replace_na(data = data, replace = list(num = num_mean, + type = type_mode))> data# A tibble: 8 × 2   type      num  <chr>    <dbl>1     a 75.000002   ...

问题 基因组注释 ，seqclean软件报错

...Error log file:    err_seqcl_all_transcripts.fasta.log  Using 10 CPUs for cleaning -= Rebuilding all_transcripts.fasta cdb index =-  Launching actual cleaning process:  psx -p 10  -n 10000  -i all_transcripts.fasta -d cleaning -C '/work/zhushi/04.PASA_assembly/all_transcripts.fasta:ANLMS1...

文章 Perl方法对文档全文进行字符串对应替换

...ef; $gff=<IN>; close(IN); } #####################get idlist for changing############### open(IN,"$opts{idlist}")|| die "open ID file failed\n"; while(<IN>){ chomp; my($newID,$gene)=split(/\s+/,$_); if($gff=~/$gene/){ $gff=~ s/$gene/$newID/g; } } close(IN)...

问题 R下载GEO数据没有显示GSM1625995 = col_double()

...ed with column specification:cols(  .default = col_double())See spec(...) for full column specifications.File stored at: D:/GEO/Download/GPL1901.annot.gz GSE的矩阵文件可以正常下载，而且我的这个GSE没有对应的GDS。请问这样会不会影响后续的分析...

文章 关于CodeML分析中Branch-Site模型假设

... model 下的四种模型： （1）Model A (Model=2, NSites=2, ncatG=ignored) （2）Model B (Model=2, NSites=3, ncatG=ignored) （3）Model C (Model=3, NSites=2, ncatG=ignored) （4）Model D (Model=3, NSites=3, ncatG=2 or 3) 2.选择model A模型，系统发育树被预先分为前景...

问题 根据log文件判断进化树最佳模型

...师 结果如下：  1 IQ-TREE multicore version 2.2.2.2 COVID-edition for Linux 64-bit built Nov 16 2022       2 Developed by Bui Quang Minh, James Barbetti, Nguyen Lam Tung,       3 Olga Chernomor, Heiko Schmidt, Dominik Schrempf, Michael Woodhams, Ly Trong Nhan.       4       5...

文章 SRA Toolkit 工具首次使用提示“This sra toolkit installation has not been configured”

SRA Toolkit 是一套由 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 开发的软件工具，用于从 SRA (Sequence Read Archive) 数据库下载和处理生物序列数据。 在首次使用该工具包中的fasterq-dump将srr转换成fastq格式的文件时，出现了如下提示信息...

问题 泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错 core dumped

for i in `cat stepmap_ID.txt`;do   # JCVI做共线性分析,--cpus 5 限制计算资源使用，如果不加默认--cpus 56   python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog \    pangene ${i} --cpus 5  --no_strip_names --cscore 0.8;   # 以提升后的anchors作为基因对的结果，把比对...

问题 我的Conda 根本安装不成功软件，比如UMI tools ，怎么办

File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/bin/umi_tools", line 5, in <module>     from pkg_resources import load_entry_point   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3260, in <module>     def _initialize_master_wor...

文章 FGF21突变让你吃多甜食也不发胖？

...N, Jones S E, et al. A Common Allele in FGF21 Associated with Sugar Intake Is Associated with Body Shape, Lower Total Body-Fat Percentage, and Higher Blood Pressure[J]. Cell Reports, 2018, 23(2): 327-336.

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...。分析时显示 Use of uninitialized value $pid in concatenation (.) or string at mRNAid_to_geneid.pl line 38, <IN> line 3.等错误信息。生成的文件将gene ID或mRNA ID显示在一行内。 于是我尝试将gtf文件中的内容进行了替换，手动改成gff格式，主要...

文章 IF=11.8| 钟花樱的端粒到端粒基因组揭示了樱花亚属的基因组进化

...2. 基因组注释 （1）重复序列注释 方法： LTR_Finder和 LTR_retriever  识别非冗余的长末端重复序列； RepeatModeler 全局预测。以上软件的结果作为数据库，和Repbase合并，利用RepeatMasker 使用该库来预测整个基因组中的重复序列。此外...

文章 BaiduPCS-Go 使用小技巧

...天来分享一些好用的小功能。 使用教程见：百度网盘 for Linux ——BaiduPCS-Go用法 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com) 1. 分享文件 # 仅分享三十天BaiduPCS-Go share s --period 30 文件路径 2. 生成树形图 #指定目录：从根目录开...

问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错-只有pfd文件没有PNG文件，且PDF打不开

..._vs_J10.DEG.final.tsv -p S10_vs_J10.deg_gene_heatmap -o ./ --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in hclust(d, method = method) :   NA/NaN/Inf...