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问题 老师您好,这两天在ensembl上下大豆整个的注释文件之后,打开发现转录本ID不是基因名而是KRH.....这种的名字,这样的话课上给的那些文本处理脚本很多用不了请问该咋办呀。

问题 各位老师,想请问一下注释文件Gb格式如何转化成Gff格式呢?

在网上试了博主的代码,还是没有转成功,恳请老师们解答

问题 请问如何将fasta格式的DNA全部翻译成fasta格式的protein呢

文章 一个好的“产品经理”该如何诞生?

...发项目经理每周提供《项目研发周报》;测试阶段,测试工程师每周提供《项目测试周报》。   二、项目启动准备   (1)成立项目组团队,包括产品经理、研发项目经理、研发工程师、测试团队等,并明确各团队负责人。 ...

文章 全面解读第四代基因测序技术

...测序速度快,测序数据实时监控,机器方便携带等。这篇综述重点总结了MinION测序仪的技术特点和应用领域。 一、 MinION测序技术简介 MinION纳米孔测序仪的核心是一个有2,048个纳米孔,分成512组,由专用集成电路控制的flow cell...

问题 老师,请问分析fasta格式的文件需要全部转成gff格式再分析吗?

请问老师,还需要提取最长转录本、cds序列和pep序列吗?

文章 从老板到项目成员,如何从燃尽图中洞悉团队工作?

... 燃尽图就是用来反映此类项目数据的工具,常用于敏捷软件开发中,如Scrum。它可以呈现剩余工作量和可用剩余时间,并通过可视化的图示表述繁复文字无法表述的意思。 一、燃尽图是什么? 燃尽图可以呈现团队处理用户故...

问题 基因组共线性图不会分析

...,但是我以前没有接触过基因组,很多结果看不懂不知道怎么解释,其中基因组共线性图已经有结果了,但是完全不会看,不知道怎么分析,页面上用的软件是mummer,比对方式是nucmer,希望有老师能帮忙解释一下,或者有相关课...

问题 GSDS网站本地部署使用一次后,再提交就显示空白页

我已经通过贵公司提供的方法用Docker部署了本地的GSDS网站,能正常打开,但是使用一次后,再Submit就显示空白页,之后就没反应了。这样该怎么处理

问题 请问老师,我已经成功在docker挂载我自己的基因组文件了,和01dataprepare前几个步骤一模一样,但是最后链接到01dataprepare的文件还是红色的无法打开

检查了其他都没问题,是我挂载数据的地方不对么 docker run -it --name pangenefamily --group-add keep-groups -v /home/us367/pan-gene-family:/work omicsclass/pan-gene-family:v2.0  这是我挂载用的代码

问题 QTL-seq分析问题

...题想请教下:(1)给出结果中95%和99%的置信区间具体是怎么计算的?(2)候选基因是在超出阈值线的区域吗?如果都没有超出,该如何解决,能否适当降低阈值,比如设90%置信区间,该怎么计算。(3)能否给出上面这个图的代...

文章 Bedtools的简单使用—文件格式转换

...开发的基因组算法工具集,可以对基因组广泛使用的数据格式如BAM、BED、GFF、VCF等进行交集、并集、计数及格式转变等操作。想更详细的了解Bedtools可参考官方教程:bedtools: a powerful toolset for genome arithmetic — bedtools 2.30.0 documentati...

文章 把正在运行的任务提交后台

...任务依然会停掉,所以 3.使用disown命令将任务从终端的管理中解除: disown %1#%1是指解除第一个任务的管理,想要直接释放所有任务需要加参数 “-a” 这时候就可以关闭终端了,任务会在后台运行。

文章 如何使用NCBI进行blast比对

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. NCBI数据上传

文章 Monocle2|单细胞测序的拟时序分析

什么是拟时序分析?拟时序(pseudotime)分析,又称细胞轨迹(cell trajectory)分析。通过拟时序分析可以推断出发育过程中细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。我们可以理解为在一堆细胞中包含各种各样不同的发育状态的细...