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问题 GATK 建立压缩的VCF文件索引报错 IndexFeatureFile

/share/work/biosoft/GATK/gatk-4.1.4.1/gatk IndexFeatureFile -I raw.vcf.gz  Error was: htsjdk.tribble.TribbleException.MalformedFeatureFile: Input file is not in valid block compressed format.,

文章 RunUMAP函数报错,

brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30)执行降维分析的函数,umpa的时候报错 报错信息如下: Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) :   function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix' 如何解决?,主要是因为Matrix和irlba...

问题 chip-deg5 载入fData

...fData。 在chip-deg5的载入数据步骤显示如下问题： Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :    'row.names'里不能有重复的名字 请老师帮忙看下会是什么问题。

文章 linux shell并行运行任务

seqkit split -p 20 ../../test_data/protein.chr4.s.fasta --out-dir protein.splitfor i in {01..20};doecho "exonerate --model protein2genome --percent 50 -t ../genome.hardmasked \   -q  protein.split/*part_0${i}.fasta --showtargetgff yes --showalignment no \   --score 100 --minintron 20 --maxint...

文章 在凤蝶属基因组中的基因进化分析和水平基因转运(HGT)模式

...024年11月《Genomics》杂志发表了一篇题为“ Genomic evolution and patterns of horizontal gene transfer in Papilio”的比较基因组文章。文章研究了11个凤蝶物种间的进化关系，分析物种中的HGT事件，揭示不同种之间存在的显著差异。” 01 — ...

问题 docker虚拟机安装失败

...成功解决，请问一下是什么情况？ 解决方法：新建containers.cmd，编辑内容如下，以管理员身份运行，执行完后按照提示重启电脑 pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*containers*.mum >containers.txtfor /f %%i in ('findstr /i . ...

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

1Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 Standard protein BLAST is designed for protein searches. Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。 2，PSI-BLAST : 敏感...

文章 做基因定位？大家可能忽略了这个最熟悉的技术

...表型的关联群体 + 转录组测序 Huang Z, Peng G, Liu X, et al. Fine Mapping of a Clubroot Resistance Gene in Chinese Cabbage Using SNP Markers Identified from Bulked Segregant RNA Sequencing. Frontiers in Plant Science. 2017;8:1448. doi:10.3389/fpls.2017.01448.

问题 structure_plot.r 停止调用

...＜Anonymous＞->parse_args_output->.stop 执行已停止 2.Error in `[.data.frame`(groupfile, , opt$group, drop = FALSE) :undefined columns selected Calls: [ -> [.data.frame Execution halted  执行已停止 structure 运行显示版本停止运行，怎么修改?

文章 blastn使用教程及结果详解

...p.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz## 解压tar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 二、blastn使用 1.建库 makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ./index -in：构建数据库所用的序列文件。 -dbtype：...

问题 LDdecay

/PopLDdecay/bin/PopLDdecay -InVCF ../00.filter/all.varFilter.vcf.gz -SubPop popid.txt -MaxDist 500 -OutStat ld.stat 老师，用上面这个命令，但是跑出来是0，用的是自己的数据，前一步都还正常，不知道popid.txt如何设置，这里是按照示例文件，放了所有...

问题 请问老师R脚本运行后没有图片输出怎么处理？

Fst和pi一起做选择清除分析，报错：z Fst quantile:  0.7538857 1.410428 1.95557 2.640438  log2 Pi ratio(popa/popb) quantile:  0.4297574 0.8249645 1.297266 4.702742  Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device) Execution halted

问题 rJava 安装包错

Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:  .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:   call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)   error: unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/rJava/libs/rJava.so':   libjvm.so: cannot ope...

问题 你好，能否向您请教一下单因素cox分析的问题

VarNames <- gene_names > Univar <- lapply(VarNames, Unicox)有的这个代码，但报错了Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) :    <text>:1:9: unexpected input 1: mysurv~1_             ^不知道什么原因

问题 老师您好，我在用MEGA11建系统发育树时出现了错误的提示

MEGA failed to parse the input file:Invalid base found:1(in line 4）