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问题 WGCNA安装以及运行问题？

...代码“gsg = goodSamplesGenes(datExpr0, verbose = 3)”，显示“Error in gsg = goodSamplesGenes(datExpr0, verbose = 3) :could not find function "goodSamplesGenes” 运行代码“gsg$allOK”,显示“Error : object 'gsg' not found”.

文章 python特殊属性和方法的详解与运用

...结尾的（__foo__）代表python里特殊方法专用的标识，如 __init__（）代表类的构造函数。 现在我们来总结下所有的系统定义属性和方法， 先来看下保留属性： >>> Class1.__doc__ # 类型帮助信息 'Class1 Doc.' >>> Class1.__name__...

问题 老师您好，我在做mcscanx共线性分析基因家族加倍实操课程时，安装mcscanx报错

...，只需要给MCScanX 目录下的 msa.h, dissect_multiple_alignment.h, and detect_collinear_tandem_arrays.h 这三个文件内容 最前面添加#include <unistd.h>。 但是又出现了另一种报错，能麻烦老师看一下嘛 在终端输入java后

文章 三代全长转录组鉴定红花黄酮类次代物合成相关相关基因-附原文献下载！

...7月发表在BMC Genomics上题为：Full-length transcriptome sequences and the identification of putative genes for flavonoid biosynthesis in safflower 的红花三代全长转录组文章。 背景： 红花（拉丁学名：Carthamus tinctorius L.），别名：红蓝花 、刺红花，菊科...

文章 Perl脚本报错解析：annovar的exonic_variant_function文件格式错误排查指南

...常出现但是没有特别清晰的原因解读。报错如下： Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error) 1.ANNOVAR使用 通常来说我们都是基于自己的基因组fa和gff3文件来做vcf文件的注释。因此通用的使用教程如下： 1.1....

问题 GeMoMa报错

...cted cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CDS part.Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Did not finish as intended. java.lang.IllegalArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CDS part.   应该如何解决呢

问题 计算KaKs

...e_deplication] /home/manager/share3/KaKs_Calculator2.0/KaKs_Calculator2.0/bin/Linux/KaKs_Calculator -i id1.axt. -o id1_kaks.txt Error in opening file...

文章 awk统计某列中文本次数

统计下面文本中，第一列文本出现的次数（第2列没什么意义） gene    1cds    2gene    3gene    4rna    5cds    6 awk命令如下： awk  '{sum[$1]++}END{for(i in sum) print i "\t" sum[i]}' example.txt 结果如下： cds     2rna     1gene    3

文章 错误：perl: warning: Please check that your locale settings: LANGUAGE = (unset), LC_ALL = (unset), LC_CTYPE = "UTF-8", LANG = "en_US.UTF-8"

... ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 文件加上下面的参数， # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion export LC_CTYPE=en_US.UTF-8 export LC_ALL=en_US.UTF-8 如果是使用zsh的mac，则是修改~/.zshrc文件 # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion LC_CTYPE=en_US...

问题 电脑内存不能升级，运行Rstudio内存一直上升，请问还有其他方法解决这个问题吗。

...AD" > data_category <- "DNA Methylation" > platform <- "Illumina Human Methylation 450" > sample_type <- "Primary solid Tumor"    > legacy <- FALSE > # 工作目录如果不存在，则创建目录 > if( !file.exists(work_dir) ){ +   if( !dir.create(work_dir,...

文章 SCTransform ,Error: useNames = NA is defunct

...ransform on layer: countsvst.flavor='v2' set. Using model with fixed slope and excluding poisson genes.Variance stabilizing transformation of count matrix of size 20445 by 2713Model formula is y ~ log_umiGet Negative Binomial regression parameters per geneUsing 2000 genes, 2713 cellsError: useNames ...

问题 在做叶绿体组装时，出现了如下错误，该如何解决呢

...germ/GetOrganelle/issue      69   please provide the get_org.log.txt and the assembly_graph.fastg.*.fast Waiting for data... (interrupt to abort)

问题 MCSCANX共线性图代码报错

您好！我也遇到了 Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197) at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)  这样的问题，想向您请教一下您当时是怎么解决的呢？

问题 MCSCANX共线性图代码报错

老师，在使用MCSCANX做共线性图时，代码报错，请求老师帮助解决，谢谢（linux 64位操作系统） 报错信息： Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at circle_plotter.paint(circle_plotter.java:142) at circle_plotter.main(circle_plotter.java:262)

问题 老师，您好！我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时，得出来的文件比原始文件小很多。

...Pos:40436InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_11_40436Variants:G/AMAF:NaNRef:G and PositionChr:HIC_SCAFFOLD_9Pos:117578893InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_9_117578893Variants:G/AMAF:NaNRef:G out of order.