文章 群体进化和GWAS文章没那么难发！

...。 03 为了进行准确的性状关联，作者统计了两季的性状数据（包括8个农艺性状），使用SUPER GWAS的方法进行性状关联，检测并统计分析MTAs（marker–trait associations）。 同时，作者对两季性状数据的关联结果进行了比较分析，并...

文章 下载TCGA临床信息

...床信息就非常的方便。 那么我们以下载胃癌病人的临床数据的为例，看看如何下载数据。 # 加载需要的包 library(SummarizedExperiment) library(TCGAbiolinks) ########################################################### # GDC: https://portal.gdc.cancer.gov/ ######...

问题 R正在运行的时候崩了，数据可以找回吗？

R运行中断，怎样找回数据

文章 Excel图表保存成高清图片

...上每一个科研狗都用它画过图。在Excel内，作为矢量图的数据图表可以随意放大缩小，但但是是……作为Excel数据图表没有办法直接保存，更不必说保存成高清大图方便科研论文投稿。今天就来教大家如何将Excel图表导出成高清大...

文章 R语言数据整理——tidyr包

tidyr主要提供了一个类似Excel中数据透视表(pivot table)的功能 tidyr包主要涉及： 1)长宽数据转换 　　 gather-把宽度较大的数据转换成一个更长的形式，它类比于从reshape2包中融合函数的功能 　　spread-把长的数据转换成一个更...

问题 HGMD数据库hg19版本

我们实验室最近在做全外基因注释，需要用到hgmd数据库，由于小实验室经费有限，找了好久没有找到，老师能付给发一份，非常感谢！

问题 重测序cnv变异需要至少多少乘数据？

老师我看到您再重测序课程中说CNV变异至少需要30乘数据，请问这个有文献说明吗？能不能分享一下

文章 空间转录组数据预处理

...一个spots,通过不同spots 的差异体现出空间的差异 10x visium数据预处理 ST包含多种方法,分别是ISH原位杂交,ISS原位测序,以及ISC原位捕获,前两者其实精度已经达到了亚细胞级别,但是他们成本较高,所以一般使用的都是ISC,其代表,10x vi...

文章 一条命令能解决多少数据处理问题？

...本期课程我们讲的是Linux命令的使用及怎么用来处理生物数据。想学习生信的同学不要错过哦 在生信里，很多数据处理只需要一条命令就可以搞定，但往往我们会舍近求远，手动来完成，费好大的劲才能完成相同的工作，而且...

问题 R怎样读取下载好了的TCGA数据

TCGA数据是用R包下载的，但是整理的时候出错，显示不能找到全部文件

问题 做转录组数据分析的时候不出图

老师，您好，我在根据RNAseq转录组数据自主分析课程，绘图的时候，在下面这一步始终不出图，这是因为什么原因呢？

问题 老师，想请教一下TCGA基因表达数据的问题，我从xena.ucsc网页上下载了基因表达数据TCGA-CESC.htseq_counts.tsv；然后发现该数据中只有Ensembl格式的基因ID ，没有SYMBOL格式的。所以接下来进行基因ID格式转换，却发现同一个SYMBOL ID对应的多个Ensembl格式的ID，想问下老师，这种情况该怎么处理？同一个SYMBOL ID所对应的多个Ensembl格式ID的基因表达数据应该留下哪一个？

问题 利用360浏览器，访问Pfam数据库，搜某基因家族保守区域的隐马尔科夫模型数据文件，输入基因家族的PF号后，浏览器一直没反应，下图。然后Pfam数据库首页有红色框，提示启用javascript，我在360浏览器启用了，也换了其他电脑和其它浏览器结果还是一样，能告诉是什么原因吗？

问题 请问wgcna怎么获得模块hub基因与该性状数据的相关性

就如上图这样，是提取什么数据来构建这个散点图的。 不知道怎么提取出这些数据，麻烦老师抽空说下。

文章 甲基化数据中探针位置的分类

从TCGA下载下来的甲基化数据中，最后一列Feature type ，是对甲基化位点的位置分类。主要包括5类： N_Shelf：CpG岛上游2-4 kbp N_Shore：CpG岛上游0-2 kb CGI： CpG岛 S_Shore：CpG岛下游0-2 kb S_Shelf：CpG岛下游2-4 kbp 其示意图如下： 如...