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问题 提取基因序列

....fa 出现了这样的提示:Can‘t call method "subseq" on an underfined value at script/tiquxulie.pl line32,<IN> line 1. A01%,输出的结果为空。 基因位置的结果是对的

问题 差异基因表达分析

...信息 ### Failed to create bus connection: No such file or directory Warning message: ###Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ###Please use `linewidth` instead.   是否是正确的  以及输出文件仅有4个 与课程视频中的预期不同  所得到的...

文章 教你轻松搞定各种柱状图

...置,或者选择"All" ,对所有柱子批量进行设置。 2.Bars and boxes 可以对柱子的填充色,网格,网格颜色,边框粗细,边框颜色进行设置。 3.Error bars 可以对误差线颜色,形状,粗细,显示等进行设置。 4.修改图注,图中的标...

文章 三代纠错软件LoRDEC安装

...提高GCC版本为 6.4: export PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH 解压并编译: tar -xjvf lordec-src_0.9.tar.bz2cd lordec-src_0.9make clean all -j8 报错1: 提示/usr/bin/cc 下的gcc...

文章 R语言基础入门—循环

... repeat { v <- c("Google","Runoob")cnt <- 2repeat {   print(v)   cnt <- cnt+1   if(cnt > 5) {      break   }} 执行以上代码,输入结果为: [1] "Google" "Runoob"[1] "Google" "Runoob"[1] "Google" "Runoob"[1] "Google" "Runoob" while 只...

文章 根据fastq ID列表,输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

...,我用了python脚本 import gzipimport argparsedef extract_gene_names(input_fastq_gz, output_file):    with gzip.open(input_fastq_gz, 'rt') as fastq_gz, open(output_file, 'w') as out_file:        line_count = 0        for line in fastq_gz:            line_count += 1        ...

问题 使用tcga_gene_exp_download.r下载TCGA数据始终无法产生gene expression相关的文件 killed

...==============================================| 100% To get the following information please change the clinical.info argument => new_tumor_events: new_tumor_event  => drugs: drug  => follow_ups: follow_up  => radiations: radiation Parsing follow up version: follow_up_v1.0   |...

文章 Mfuzz做时间聚类分析

... local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)}) # 依赖包列表:自动加载并安装 package_list <- c("ggplot2","Mfuzz","dplyr","devtools") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in package_l...

问题 你好,刚才那个问题写的乱了,Univar

Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) :    <text>:1:9: unexpected input 1: mysurv~1_             ^  这是怎么回事,怎么纠正

文章 癌细胞的十大特征

...管生成(Sustained Angiogenesis) 6.组织浸润和转移(Tissue Invasion and Metastasis) 7.避免免疫摧毁(Avoiding Immune Destruction) 8.促进肿瘤的炎症(Tumor Promotion Inflammation) 9.细胞能量异常(Deregulating Cellular Energetics) 10.基因组不稳定和突变(Genom...

文章 seurat subset之后再聚类报错:

Error in validObject(object = object) : invalid class “Assay5” object: Layers must be two-dimensional objects 原因是batch分组中有些样本细胞数量太少 为1 造成: seurat subset之后再聚类报错:

文章 最全进化树构建知识点大盘点

...型对数据的拟合优度的一种统计检验方法;AIC值(Akaike Information criterion, AIC)是指Kullback-Leibler (K-L) 距离的估计值,K-L距离定义为一个模型被另一个模型替代后信息的丧失。因此,AIC值较小的模型更好;BIC(Bayesian Information Criteri...

问题 MCSCANX共线性图代码报错

报错如下信息,一般是怎么解决呢? Exception in thread "main" java.lang.NullPointerExceptionat family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197)at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)

文章 Unicycler二代、三代混合组装

...ction2 二代组装:spades assemblies3 混合组装:assembling contigs and long reads with miniasm4 比对:aligning reads5 搭桥:building long read bridges6 抛光:polishing assembly with pilon 组装结果 参考:https://www.jianshu.com/p/6ac7762a8f3a

问题 biolinux报错,不能打开一个新任务

The virtual machine 'Bio-Linux-8.0.7' has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1). More details may be available in 'D:\VirtualBox VMs\Bio-Linux-8.0.7\Logs\VBoxHardening.log'.