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问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...没法完成基因与mRNA的对应关系分析。分析时显示 Use of uninitialized value $pid in concatenation (.) or string at mRNAid_to_geneid.pl line 38, <IN> line 3.等错误信息。生成的文件将gene ID或mRNA ID显示在一行内。 于是我尝试将gtf文件中的内容进...

文章 玉米遭受亚洲玉米螟为害时所诱导产生的直接和间接的防御反应及其生理生化和分子机制

...米叶片基因表达产生了显著影响。 为害后2-h, 4-h,12-h and 24-h差异基因数分别为 7643 (4547 up；3096 down)，9037 (5120 up ；3917 down)，10190 (5706 up ； 4484 down) 和10033 (5638 up ；4395 down)，明显看到每个时间点产生上调的基因要多于下调。同...

文章 如何鉴定长距离运输的mRNA?

...题为“Identification of Long-Distance Transmissible mRNA between Scion and Rootstock in Cucurbit Seedling Heterografts”的研究论文，该文章也是通过重测序矫正基因组与转录组reads比对方式相结合去除假阳性来鉴定黄瓜-南瓜嫁接体中mRNA 的长距离运输。...

问题 注释完绘图出现报错信息

...解答：实验室组内服务器，没有用docker镜像。出现 Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’ Execution halted 检查R里已经安装了getopt，调用这个R包也是正常的，但是perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp...

文章 读 10X的空间转录组数据报错

Error in .local(obj, ...) : cannot derive coordinates from non-numeric matrix #9240 coordinates <- Seurat::Read10X_Coordinates("tissue_positions_list.csv", filter.matrix = TRUE) is.numeric(coordinates) head(coordinates) tissue_positions_list.csv 这个文件不应该有表头的； ...

文章 dcaps标记设计软件——SNP_Primer_Pipeline

...       6.81    4.00    R2Sites that can differ all for SNPCAPS cut information for snp SNPEnzyme  Enzyme_seq      Change_pos      Other_cut_posCac8I,710       gcnngc  295BseYI,660       cccagc  298     427HhaI,HinP1I,29  gcgc    297     412PsiI,560        ttataa  3...

问题 getorganelle组装线粒体出现问题

...，在组装线粒体基因组时出现了 For Ge1tOrganelle1_out/1-illumina_1.fq.gz.fastq, only top 31563574 reads are used in downstream analysis.这个问题，组装结果中只有一条8000bp左右的序列，请问怎么设置参数才能不 only top reads进行后续分析，而能够使用...

文章 R报错：incompatible dimensions

报错： 用R进行相关性分析的时候出现报错： Error in cor(x, y, use = use, method = method) : incompatible dimensionsCalls: corr.test -> cor 到脚本里看发现报错出现在这个函数里： cor.result <- corr.test(A,B,method = method,adjust = adjust) 原因调查： ...

问题 gatk4 HaplotypeCaller报错

...st.bam -O test.g.vcf.gz -ERC GVCF 报错：A USER ERROR has occurred: Bad input: We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided input sequence: '13' 请问这个怎么解决呢？

问题 GCVF合并

...-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 20 \   --reader-threads 60 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 20 \   --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map

文章 GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路

...富集结果显示：hsa04510（Focal adhesion）和hsa04610（Complement and coagulation cascades）显著富集， 这两个pathway极有可能是胶质瘤的生物标记。 文章以现有数据（GEO）为基础，进行WGCNA模块分析过程，并对模块基因进行富集分析，重点挖...

问题 blastp提示ensemble中提取的序列文件不对

...lid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options 已去除序列中的终止子符号。 e.g： >ENST00000620518 ENSG00000081692  JMJD4 1:227732392-227735273(-) MDRETRALADSHFRGLGVDVPGVGQAPGRVAFVSEPGAFSYADFVRGFLLPNLPCVFSSA FTQGWGSRRRWVTPAGR...

文章 合并不同sample的vcf文件，通过bcftools

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的，但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的，这里就需要我们将不同samples的文件进行合并，可以通过vcftools的perl模块进行，但是这种方式对perl的...

文章 绘制简单圈图—RCircos包

#加载RCicos包，如果第一次使用，需要先安装 install.packages("RCircos") library(RCircos) #绘制染色体图形 #导入RCicos包内置的人类染色体数据 data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram) 数据展示： 第一列是染色体编号，第二列是染色体片段起始位...

文章 HTML 转 PDF

...ing pages (1/6) Counting pages (2/6) Resolving links (4/6) Loading headers and footers (5/6) Printing pages (6/6) Done 当你看到类似上面的内容时，说转换已经完成了，去打开转换好的pdf文档慢慢研究吧。 把一个 url 指向的网页转换成PDF 命令格式 ： wkhtml...