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文章 进化树构建的方法及原理详解

...的设置推荐使用缺省的参数。 参考：Hall BG. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 15590907....

问题 有参转录组数据分析，样品和基因组比对效率只有零点几，这是为什么？

... 400ppm_rep1.sam 2> 400ppm_rep1.summary #比对结果 24819002 reads; of these:   24819002 (100.00%) were unpaired; of these:     24775361 (99.82%) aligned 0 times     39911 (0.16%) aligned exactly 1 time     3730 (0.02%) aligned >1 times 0.18% overall alignment rate

文章 Science乌龙论文：不好意思，作者把狗狗左右脑弄反了.....

...己去联系修改发声明。 还有一种声明是：关注(Expression of concern) 这是用来提醒读者文章可能不可信，这有可能是撤稿的前奏了...... 最最严重的就是——撤稿 (Retraction) 当研究因为不端行为、造假或是诚实的错误导致结果不可...

文章 blastall 搜索比对输出结果 m8或者m9格式说明（blast+ m6格式）

...T1G54050.2 GAV61403.1 49.24 132 53 2 6 137 1 118 2.00E-45 140 AT1G54050.1 GAV61403.1 49.24 132 53 2 6 137 1 118 2.00E-45 140 AT1G50960.1 ACE96633.1 38 100 56 2 210 307 16 111 1.00E-17 70.9 AT3G55970.1 ACE96633.1 44.72 123 6...

文章 perl数学函数

...s{ local($degrees)=@_; local($radians);11: $radians=atan2(1,1)*$degrees/45; } Perl数学函数名 sqrt 调用语法retval=sqrt(value); 解说平方根函数。value为非负数。 Perl数学函数名 exp 调用语法retval=exp(value); 解说返回e的value次方。 Perl数学函数名 lo...

文章 单细胞分析绘制marker基因展示图时如何设置细胞排布顺序

...ement_blank(),     axis.text.x=element_text(hjust = 1,vjust=1,angle = 45))+  labs(x=NULL,y=NULL)+guides(size=guide_legend(order=3))+  scale_color_gradientn(values = seq(0,1,0.2),colours = rev( brewer.pal(11,"RdYlBu"))) #改变一下颜色

文章 外源插入流程报错运行不了

...128: BiopythonWarning: You may be importing Biopython from inside the source tree. This is bad practice and might lead to downstream issues. In particular, you might encounter ImportErrors due to missing compiled C extensions. We recommend that you try running...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

...cat GSE146771_CRC.Leukocyte.Smart-seq2.Metadata.txt.gz |awk -F '\t' 'BEGIN{OFS="\t"}{print $2,$0}' |gzip - >metadata.tsv.gz 单细胞分析： #读入数据并质控 Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r --count Smart-seq2.tpm.tsv.gz \ --project GSE146771 \ --nUMI.min 500 \ --nUMI.max 5...

文章 BaiduPCS-Go 报错 | 上传文件失败, 分片上传—合并分片文件: 遇到错误, 远端服务器返回错误, 代码: 31352, 消息: commit superfile2 failed

..., 上传单个文件: 遇到错误, 远端服务器返回错误, 代码: 114514, 消息: 目标位置存在同名文件 上传结束, 时间: 45.164s, 总大小: 0B 以下文件上传失败： 上传文件时失败，会在当前网盘目录下生成0B的空文件。 解决： 回到家目录下...

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

...otocol 发表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown”  其中StringTie 在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升。 StringTie 使用说明:   stringtie <i...

文章 lm()多元回归分析结果解读

... 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1Residual standard error: 0.5099 on 34 degrees of freedomMultiple R-squared:  0.9383,    Adjusted R-squared:  0.9328 F-statistic: 172.3 on 3 and 34 DF,  p-value: < 2.2e-16 mySummary = summary(myModel) mySummary[1]或mySummary$call：模型公式 mySummary[3]...

问题 单细胞高级分析代码的报错求助

...ent_blank(), + axis.text.x=element_text(hjust = 1,vjust=1,angle = 45))+ + labs(x=NULL,y=NULL)+ + guides(size=guide_legend(order=3))+ + scale_color_gradientn(values = seq(0,1,0.2),colours = rev( brewer.pal(11,"RdYlBu"))) #改变一下颜色 >Error in CellsByIdentities(object = obj...

文章 做微生物研究必懂的OTU table相关知识

...考文献：[1] T. Magoc and S. Salzberg. FLASH: Fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies. Bioinformatics 27:21 (2011), 2957-63.[2] Patrick D. Schloss,et al. Introducing mothur: Open-Source, Platform-Independent, Community-Supported Software for Describing and Comparing...

问题 检查数据是否正确

...multiExpr) Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when calling this function. 读入数据后，我的基因只有5000个，上面 > memory.limit(size = 20000) [1] 32457 这里怎么...

问题 ggtern 运行报错

geom_point requires the following missing aesthetics: x and y