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问题 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

...: unexpected EOF[us078@omicsclass  01:28:19 ~/metagenomics]$2024-03-06T00:45:52.727092Z [rsession-us078] ERROR system error 2 (No such file or directory) [description: Error changing directory: '/proc/2606060/cwd']; OCCURRED AT rstudio::core::Error rstudio::core::system::ChildProcess::run() src/cpp...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

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文章 这种机器学习算法已经在微生物分析中成功应用

...贡献度权重高低进行排序。 varImpPlot(random,main = "Dotchart of variable importmant") 用MDSPlot(）函数可以绘制MDS二维图，不同颜色或形状的点代表不同环境或条件下的样本组，横、纵坐标轴的刻度是相对距离，无实际意义。Dim1、Dim2 分...

文章 TCGA数据进行多因素生存分析

...-1.74 0.082 Likelihood ratio test=116.3 on 24 df, p=4e-14 n= 304, number of events= 60 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我们的TCGA相关课程： 《TCGA-生存分析》 《TCGA-基因差异表达分析》 《WGCNA加权基因共表达网络分析》 《GEO芯片数据...

文章 docker clash 配置

...xy https_proxy docker配置： Create a systemd drop-in directory for the docker service:$ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d Create a file named /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf that adds the HTTP_PROXY environment variable: [Service] Environment="HTT...

文章 scanpy 中 ScTransform分析：

...= adata.layers[layer] else: mat = adata.X # Set names for the input matrix cell_names = adata.obs_names gene_names = adata.var_names r.assign('mat', mat.T) r.assign('cell_names', cell_names) r.assign('gene_names', gene_names) r('colnames(mat) <- cell_names...

文章 HTML 转 PDF

...QFont::setPixelSize: Pixel size <= 0 (0)=====================] Object 1 of 1 Resolving links (4/6) Loading headers and footers (5/6) Printing pages (6/6) Done 当你看到如上信息时代表转换成功，是不是很酷。 把html文件 和 url指向的网页 转换成图片 命令格式 ： ...

文章 GEO 数据介绍及在线下载

...息归纳整合为一个GDS(Datasets)，整理后的数据还会有GEO profile数据，也就是基因在这次实验中的表达数据。GDS里面的数据往往对应相同的平台具有可比性，另外，不是所有的GSE数据都能被整理，所以，有的GSE数据里面没有GDS数据也...

文章 SNP检测Massarray法怎么样？中高通量大样本适用吗？

...飞行时间质谱技术(Matrix Assisted Laser Desorption /Ionization-Time of Flight， MALDI-TOF)，该技术完美地整合了PCR技术的高灵敏度、芯片技术的高通量和质谱技术的高精确度，是目前唯一应用质谱直接检测SNP的技术平台。 massarray法的优势 ...

问题 R 更新后报错

Error in if (grepl("^\\{|^\\[", output)) { : the condition has length > 1 Calls: <Anonymous> -> parse_args_output Execution halted 包更新了，需要更新了，需要去掉 \"

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

...Positive-specific Interative Basic Local Alignment Search Tools)是基于profile搜索的方法，来寻找目标序列。PSI-BLAST先从query序列开始，获得一系列相似性序列，看作是同一蛋白家族，然后构建一个profile。这个profile的矩阵化形式，称之为position-...

问题 xpclr 软件不能运行

...     SIZElocalhost/omicsclass/pop-evol-gwas  v2.0        efcdf45e89d0  7 months ago   8.34 GBlocalhost/omicsclass/reseq          v2.0        1d6dd5e4e859  11 months ago  14 GBlocalhost/omicsclass/bsaseq         v1.0        d9592d14c885  3 years ago ...

问题 bam文件排序时出错

....2676215835069172723.tmp.  Try setting TMP_DIR to a file system with lots of space.         at htsjdk.samtools.util.SortingCollection.spillToDisk(SortingCollection.java:260)         at htsjdk.samtools.util.SortingCollection.add(SortingCollection.java:182)         at htsjdk.samtools.S...

文章 pheatmap绘制热图详解

pheatmap简介: Pretty Heatmaps——Implementation of heatmaps that offers more control over dimensions and appearance. 热图是对实验数据（尤其是基因的表达量）分布情况进行分析的直观可视化方法，可以用来进行实验数据的质量控制和差异数据的具...

问题 做PCA分析时报错

Error in `geom_point()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `get()`: ! object 'stagestage' not found 做PCA分析时报错