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文章 read.xlsx读取Excel文件

...l.packages("xlsx")library('xlsx')library('xlsxjars')library('rJava') 准备的数据文件read.xls涉及两个sheet > sheet1 = read.xlsx("read.xls",1) ##sheet对应第一个> sheet1 Samples Num1 A 12 B 23 C 3 > sheet2 = read.xlsx("read.xls",2) ##sheet对应第二...

问题 duplicate_gene_classifier没有生成gene_type文件

老师您好：    我跑完duplicate_gene_classifier只显示了每个复制类型的统计信息，没有生成gene_type文件。请问要怎么解决。   

文章 在eclipse连接putty的家目录下创建路径连接

...置工作路径链接。这样就可以在Eclipse中快速找到所需要的工作文件。如下图的20210908.KEGG.GO文件夹： 设置步骤： 在putty的家目录下，设置$ln -s /share/work/renzx/20210908.KEGG.GO（工作路径），得到如图： 接下来就可以在Eclipse中进...

文章 ROC 曲线绘制，多个和x轴空白

...;-roc(testset$group,     pred1[,1],  #提取随机森林模型中对应的预测指标    plot=TRUE,     legacy.axes=TRUE,     percent=TRUE,     xlab="False positive percentage",     ylab="True postive percentage",    col="#4daf4a",    lwd=4,     print.auc=TRUE)plot.roc(obes...

问题 您好老师，我想咨询一下plink 软件core dumped报错

我看您在组学大讲堂中回复的“他的plink命令是 /biosoft/miniconda/bin/plink，我试了一下在 /biosoft/miniconda 目录下下载了v1.9版本plink，使用 /biosoft/miniconda/plink 就能够运行了”，这个具体怎么运行呢？老师您可以教一下我吗？

问题 您好老师，我想咨询一下plink 软件core dumped报错

我看您在组学大讲堂中回复的“他的plink命令是 /biosoft/miniconda/bin/plink，我试了一下在 /biosoft/miniconda 目录下下载了v1.9版本plink，使用 /biosoft/miniconda/plink 就能够运行了”，这个具体怎么运行呢？老师您可以教一下我吗？

问题 老师请问这个没有共线性结果是哪里出问题了

下面是ST_AT.collinearity 的结果 ############### Parameters ############### # MATCH_SCORE: 50 # MATCH_SIZE: 5 # GAP_PENALTY: -1 # OVERLAP_WINDOW: 5 # E_VALUE: 1e-05 # MAX GAPS: 25 ############### Statistics ############### # Number of collinear genes: 0, Percentage: 0.00 # Number of a...

问题 检查数据是否正确时 出现以下错误：> exprSize = checkSets(multiExpr) Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when calling this function.

...时 出现以下错误> exprSize = checkSets(multiExpr)，我看过您的回答：checkSets设置一下参数（checkStructure=T），能否详细点，在哪里设置参数呢？> multiExpr[[1]]$data[1:5,1:5]这个问题该怎么样解决？谢谢您，可以的话可否加个微信 182898168...

问题 老师你好。提取cds与pep序列报错显示 no sequence

提取cds与pep序列报错显示 no sequence，我检查了下数据文件，我看好像是gff3中有chr1这个的，请问是啥原因呀

问题 NCBI中下载SRA数据不成功

看了组学大讲堂里面的几篇贴子，用了2种方法都没有成功下载数据 第一种，按照操作方法获得了SRR List文件： 按照规律生成ftp下载地址： 粘到迅雷中发现都是空的。   第二种方法是获得了SraRunInfo.csv文件，如下： 在bi...

问题 求助大佬，circos图chr.info文件怎么整理？

...l formed? chr.info文件如图所示，全在Linux环境下用脚本整理的，是我哪里搞错了？还是数目太多？（用的scaffold，MCScanX也是，全部600个scaffold放到配置文件就报错，只放基因家族所在200个scaffold就能正常运行）

问题 重测序var_density.R脚本报错

...density.R脚本时候出现下面报错怎么办，只生成了没有图例的PDF，没有图片。 Error in seq.default(0, chorm.maxlen/bp, round(xticks[2])) :   invalid '(to - from)/by' Calls: CMplot -> DensityPlot -> seq -> seq.default Execution halted

问题 重测序var_density.R脚本报错

...density.R脚本时候出现下面报错怎么办，只生成了没有图例的PDF，没有图片。 Error in seq.default(0, chorm.maxlen/bp, round(xticks[2])) :   invalid '(to - from)/by' Calls: CMplot -> DensityPlot -> seq -> seq.default Execution halted

问题 ALLHIC1挂载出现问题

在用ALLHIC软件挂载的时候，用如下命令：PreprocessSAMs.pl   sample.bwa_aln.sam draft.asm.fasta DPNII。但是运行的时候，出现报错。报错如下：  Wed Jul 23 15:32:05 2025: PreprocessSAMs.pl: samtools view -bS sample.bwa_aln.sam -o sample.bwa_aln.bam       2 /share/...

问题 老师你们好，想问一下如何在自己服务器上下载docker

现在一直在跟随组学大讲堂学习家族文章和BSA，但是都需要docker，看docker安装的课程，也没看到在服务器上具体安装，例如BSA中，mutplot这是一个软件吗？还是脚本？