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文章 linux常用技巧

...mp;挂在后台，该脚本可以让系统资源异常占用或磁盘快满的时候通知你

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

...###############################################################加载需要的包 ，包不存在就安装#############################################################package_list <- c("TCGAbiolinks","tidyverse","maftools")for(p in package_list){  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p,...

问题 得到INDEL,在做注释的时候报错。

NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//5.var_ann/indel.refGene.exonic_variant_function.orig /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unknown_refGene.txt /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unkn...

文章 Windows Terminal 安装与配置指南

...索安装即可。 2.配置 安装完成之后，WT 默认是长这样的： 修改配置： 可以复制以下内容直接配置文件profiles.json： // To view the default settings, hold "alt" while clicking on the "Settings" button. // For documentation on these settings, see: https://ak...

问题 变异结果质控过滤，去掉低质量变异结果时报错i

这是我运行的命令 vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \     --maf 0.05  --max-missing 0.7  --minDP 4  --maxDP 1000  \     --minQ 30 --minGQ 80 --min-alleles 2  --max-alleles 2 |gzip - > all.clean.vcf.gz 这是我的报错 sing zlib versio...

文章 Metadata CRC error detected at xfs _ bmbt _ read _ verify+0x12/0xb0 [xfs], xfs _ bmbt block 0xc9132f8 [ 4.863216] XFS(dm-0): Unmount and run xfs _ repair

...micsclass--a06-root //需要看出错log周围，确定是哪个挂载点的问题。 -L选项指定强制日志清零。 https://blog.csdn.net/weixin_40721891/article/details/141179065 https://blog.csdn.net/weixin_30875157/article/details/95073408

文章 蛋白质比对结果快速分类taxid

nr数据库在分类的时候有一个文件,即accession2taxid用来把accession number分类到taxid 但是由于和这个文件极大,直接比对速度相当慢,就写了以下两个脚本 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> #include <unistd.h> #i...

文章 data.frame参数check.names

...据 例如read.table 添加check.names=F 参数可以保证数据种特殊的字符正常读取： 如数据表头 “-”被认为是“."  > A=read.table("F:/test/WGCNA/data/fpkm/All.DEG_final_3000.xls",sep="\t",check.names=T,header=T)> head(A,2)         ID CK.WT.1 CK.WT.2 C...