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问题 自己LDdelay时，绘制不出图且ld.bin.gz和ld.stat.gz文件大小只有1kb，请问问题出在哪里？

利用《群体遗传进化课程》提供的原始数据，步骤如PCA，structure等都能重复出结果，但LDdelay绘图时，出不了图。 教程中此步本应该输出更多文件，包括LD绘制图，但是实际只输出了以上3个文件。

问题 用hisat2软件建立index为什么要先制作splicesites.tsv和exons.tsv文件

老师给的命令 hisat2_extract_splice_sites.py chr22_with_ERCC92.gtf > splicesites.tsvhisat2_extract_exons.py chr22_with_ERCC92.gtf > exons.tsvhisat2-build -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv chr22_with_ERCC92.fa chr22_with_ERCC92 请问这样比直接 hisat2-build好在什么...

问题 磷酸转运蛋白家族（PHT1）在Pfam上关键字搜不到pfam 号，在文章中也没有提到，请问这个家族有隐马尔可夫模型么？

用NCBI搜索PHT1，有一个保守结构域，但是这个保守结构域其他基因家族也有，不是特异的

问题 R语言怎么写循环，对多个元素进行重复操作？

...ed.ID)例如上述命令行，怎么用“XXX”来代替需要重复运行的元素，循环运行XXX_id = data.frame(XXX$Mapped.ID)

问题 bioconductor常用包 安装

我装的R是3.6.1，安装bioconductor常用包一直出问题。 > install.packages("BiocManager")WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:https://cran.rstudio.com/bin/windows...

问题 ggplot，超过12种颜色，scale_color_brewer(type="seq",palette="Paired", direction=-1)+ 颜色不够用

...19个样本，但调用scale_color_brewer时只有12种颜色，导致我的点线图里有七个没有颜色，这种情况应该怎么办？ p_line_point = ggplot(dat, aes(x=dat[,2],y=dat[,3],shape=dat[,1],color=dat[,1]))+  geom_line(size=1)+  scale_color_brewer(type="seq",palette="Paired",...

问题 Get "https://theme-kit-access.shopifyapps.com/cli/meta.json": dial tcp 185.146.173.20:443: connectex: A connection attempt...

关于shopify与本地服务器之间的连接报错，求各位大佬指教指教！！

文章 R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败

...iled for package ‘hdf5r’ 解决办法： 1. 下载hdf5-1.8.13的源码 wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/hdf5-1.8.13/src/hdf5-1.8.13.tar.bz2 2. 编译安装 tar xjf hdf5-1.8.13.tar.bz2 cd hdf5-1.8.13 ./configure --prefix=$HOME/.local/bin/hdf5-1.8.13 make ...

问题 tophat2建立索引报错：Error: gtf_to_fasta returned an error.

tophat建立索引的时候出现报错； "/share/work/biosoft/tophat/tophat-2.1.1/bin/tophat2" -G Sspon.v20180123.gtf --transcriptome-index=transcriptome_data/known Sspon.HiC_chr_asm [2019-04-28 05:49:42] Building transcriptome files with TopHat v2.1.1--------------------------------------------...

文章 GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.

...法：https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤，就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除，一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods 这个参数。并运行命令...

问题 Error in UseMethod("groupOTU") : no applicable method for 'groupOTU' applied to an object of class "NULL" Calls: groupOTU Execution halted

各位老师，我在绘制进化树的过程中，使用命令ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree，运行后报错，出现下图报错，请问老师，我应该怎么处理呢？

问题 使用tassel软件对vcf文件排序时出现ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - java.lang.IllegalArgumentException: AlleleDepthUtil: depthIntToByte: Can not have negative depth values: -8448

在建树之前的这步对过滤后的vcf文件排序时出现这个报错，哪位大佬知道为啥吗

文章 biolinux安装matplotlib时报错

biolinux的Ubuntu系统上安装matplotlib时报错： sudo pip install matplotlib 遇到报错： Downloading tornado-5.0.2.tar.gz (506kB): 506kB downloaded   Running setup.py (path:/tmp/pip_build_root/tornado/setup.py) egg_info for package tornado     Traceback (most recent call last): ...

问题 我在文献中读到这么一段话，是关于某一基因家族在某植物各个组织器官中表达的，请老师帮我看看这是怎么做的

...ues were log2-transformed. 这是描述做植物各个组织器官各基因的表达量的，请问这是怎么做的？

问题 Linux中FOR循环做BWA比对报错[main_samview] fail to read the header from "-".

按照重测序课程中的命令 for i in CB2 CB3; do echo  "RUN CMD: bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}_2.fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam" nohup bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_...