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问题 TCGA转录组数据有3中类型，下载哪一种比较好？

GDC上的TCGA的转录组数据，目前支持3中类型下载，分别是Count, FPKM和FPKM-UQ， 下载哪一种比较好呢？

问题 docker安装 设置共享目录想查看文件显示operation not permitted

如图所示，按照“docker desktop安装与使用”课程所教，到这一步出现了问题。且没有像老师那里那样弹出“是否share it”的窗口。

问题 各位老师好，jcvi使用时报错如下，请问应该如何解决呢？非常感谢！

使用jcvi绘制共线性线图时报错如下： 网上搜索的说有空行或者是因为没有填颜色，但我的layout文件没有这些问题，请问应该如何解决呢？

问题 各位老师好，jcvi使用时报错如下，请问应该如何解决呢？非常感谢！

使用jcvi绘制共线性线图时报错如下： 网上搜索的说有空行或者是因为没有填颜色，但我的layout文件没有这些问题，请问应该如何解决呢？

问题 如果interproscan数据库只指定小部分，对注释结果影响大吗？

请教老师，-appl CDD,COILS,Gene3D,Pfam,SMART（运行ok，约4小时），是否还需要增加哪些必须的数据库？谢谢

文章 bioperl同时读取双端的fastq文件

bioperl可以读取fastq文件，对其进行处理，而且一般是双端的序列，可以同时读取两个文件，方法如下： while ( my $obj1=$fq1->next_seq() and my $obj2=$fq2->next_seq() ) {     my ($id1,$id2)=($obj1->id,$obj2->id);     .... } 这样就可以同...

问题 vennerable 三维及以上如何实现按数据大小比例并自定义配色方案

再利用vennerable包VennThemes函数时，我不知道怎么分face，因为三维及以上，其交集的个数很多，请教大家一下！

问题 TCGA中比如说我要下病例报告，slide，还有msi怎么下载?

这个临床数据下载挺全的，但是胃癌相关的：病例报告，slide，还有msi怎么下载? https://www.omicsclass.com/article/1125

问题 在JGI上下载gff文件和fa.gz文件有问题，感谢答疑

我下载的这两个文件对吗，如果是的话，我这条命令为啥有错误啊 感谢答疑

问题 去除文件中的xxxxx.1G026400.1中的.1用sed命令如何实现

文件中存在xxxxx.1G026400.1，目标是去除转录本中的.1。 用sed命令的时候 会成为xxxxxG026400如何实现 xxxxx.1G026400？

文章 read.xlsx读取Excel文件

...l.packages("xlsx")library('xlsx')library('xlsxjars')library('rJava') 准备的数据文件read.xls涉及两个sheet > sheet1 = read.xlsx("read.xls",1) ##sheet对应第一个> sheet1 Samples Num1 A 12 B 23 C 3 > sheet2 = read.xlsx("read.xls",2) ##sheet对应第二...

问题 duplicate_gene_classifier没有生成gene_type文件

老师您好：    我跑完duplicate_gene_classifier只显示了每个复制类型的统计信息，没有生成gene_type文件。请问要怎么解决。   

文章 在eclipse连接putty的家目录下创建路径连接

...置工作路径链接。这样就可以在Eclipse中快速找到所需要的工作文件。如下图的20210908.KEGG.GO文件夹： 设置步骤： 在putty的家目录下，设置$ln -s /share/work/renzx/20210908.KEGG.GO（工作路径），得到如图： 接下来就可以在Eclipse中进...

文章 ROC 曲线绘制，多个和x轴空白

...;-roc(testset$group,     pred1[,1],  #提取随机森林模型中对应的预测指标    plot=TRUE,     legacy.axes=TRUE,     percent=TRUE,     xlab="False positive percentage",     ylab="True postive percentage",    col="#4daf4a",    lwd=4,     print.auc=TRUE)plot.roc(obes...

问题 您好老师，我想咨询一下plink 软件core dumped报错

我看您在组学大讲堂中回复的“他的plink命令是 /biosoft/miniconda/bin/plink，我试了一下在 /biosoft/miniconda 目录下下载了v1.9版本plink，使用 /biosoft/miniconda/plink 就能够运行了”，这个具体怎么运行呢？老师您可以教一下我吗？