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文章 非小细胞肺癌 （GSE139555）

...t/*.afterQC.rds` \    -o $project/01.qc -p lung 单细胞转录组分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/4i88K6

问题 TCGA下载数据报错“I could not find the file”

我按照教程执行命令，想借此下载自己感兴趣的数据 在执行到GDC下载这一步，突然出现下载数据找不到，而出现下载中断，无法继 还有个问题，查询到的样品数目为何和癌症和癌旁样本加起来不一样。。。。少的去哪里了

问题 比较基因组绘图时报错

我的配置文件： seqid 1,2,3,4,5A01,A02,A03,A04,A05,A06,A07,A08,A09,A10,A11,A12,A13,D01,D02,D03,D04,D05,D06,D07,D08,D09,D10,D11,D12,D13 layout # y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed.8,     .2,    .75,       0,      red, Gbar, top, gbar.bed.2,     .2, ...

文章 植物嫁接砧木影响接穗代谢通路，激素等等总结

... receptors/targets can alter gene expression and shoot growth 砧木当中的一些活性物质，蛋白质，RNA，等等会通过韧皮部从砧木运输到接穗从而影响接穗的生理生化等代谢活动，具体主要影响的方面如下： Primary metabolites Amino acids  Sugars...

问题 在运行table_annovar.pl脚本的时候报错

table_annovar.pl ./ -buildver all_sample_INS_DEL.vcf.gz -out all_sample_INS_DEL -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfinput ##报错如下，all_sample_INS_DEL.vcf.gz和unknow相关文件见附件 归档.zip NOTICE: the --polish argument is set ON automatically (use --nopolish ...

问题 基因组注释 genome.chain 文件生成问题

老师您好，请问我在用 omic 的镜像生成 genome.chain 文件时，出现如下错误，老师该如何解决 下面是我 genome.agp 文件中出现 fragment 的内容： Chr15   29259691        30651746        15      W       ptg000397l      1       1392056 ...

问题 运行eggnog_stat.r报错

在运行eggnog_stat.r的时候，Rscript  $scriptsdir/eggNOG/eggnog_stat.r  --emapper_anno eggnog.emapper.annotations -f genome.pep.fa -e "Human Diseases" "Drug Development" 出现了这样的报错 end`summarise()` has grouped output by 'Pathway_Class'. You can override using the `.groups` ar...

问题 报错Error in plot.new() : figure margins too large怎么解决

跟老师的直播课上的做柱状图的视频中，转化完矩阵后，运行barplot时， 出现报错，不知道怎么解决。 > barplot(t,col=mycol[1:nrow(t)],ylab="Relative abundance ") Error in plot.new() : figure margins too large

问题 比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致kill

您好，我在进行进化树构建，运行seqkit concat aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta这条命令是被killed，原因是跑满了我的512GB的运行内存导致的，我想问下这到底是什么问题？

文章 USB挂载到KVM虚拟机

通过 PCI/USB 直通（USB passthrough） 这是最直接的方法，把整个 USB 硬盘当作物理设备挂给虚拟机。 确认 USB 设备信息 lsusb 输出类似： Bus 002 Device 004: ID 1234:5678 SanDisk Corp.记下 Bus 和 Device，或者用 /dev/disk/by-id/ 也可以定位。 ...

问题 No file mirdeep_runs/ tmp/precursors.fa_stack found

老师 你好 我在mirdeep2中也遇到了这个问题 在github中详细看了问题 重新把基因组bowtie后 运行 依然出现了上述的问题 请问你有什么好的解决办法吗 谢谢

问题 MEGA构建系统发育树时总是报错 No common sites found

...发育树时总是报错 老师您好，我想问下我通过hummer得到的蛋白序列用mega构建进化树，出现报错No common sites found，报错之后让我进行Pairwise Distances计算，随后删除带有n/c的序列，随后才能构建进化树，请问下这种情况为什么...

文章 【Linux】查看文件中的某几行（中间几行）

...显示最后100行tail -n +100：从100行开始显示，显示100行以后的head -n 100：显示前面100行 2、sed命令 sed -n '5,10p' filename   # 只查看文件的第5行到第10行。 3、grep命令 grep -C 5 Error filename  # 显示file文件中匹配Error字符串那行...

问题 ALLHIC显示找不到sample.bwa_mem.bam

老师你好，在用ALLHIC1或者2的时候都报错，均有显示[E::idx_find_and_load] Could not retrieve index file for '/work/genome/assembly/output/docker/GM/30.ALLHiC2/sample.bwa_mem.bam'。但该地址下是有该文件的。 第二个问题是ALLHIC1时形成了sample.clean.counts_GATC.13...

问题 老师 下面这个问题需要怎么解决呀 希望老师能给我解决这个问题 谢谢

...oI 和dnpⅱ两种酶都是GATC  我用mbol 这种酶能正常完成三步的过滤，但是我用第二种酶就只能完成上面的第一步，不能生成sample.bwa_aln.REduced.paired_only.bam这个文件，但是我问公司  ，公司说用的是第二种酶，然后用第一种酶做到 ...