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文章 为什么做生物信息分析需要学会linux

...么高深。 2.学 linux 绝对不是浪费时间。用过linux分析数据之后,才发现在linux系统上分析数据的效率是windows没法比的。虽然前期学习linux会花上一部分的时间和精力,但是,一但你学会和习惯了linux的工作方式,你会发现在后...

问题 GEO数据的下载(利用GEOquery包下载)

防止多平台数据,但是我输入这条命令显示出来的是如图的结果,该怎么解决呢?

问题 sqlite数据库 配置

老师好,如果使用sqlite数据库,一开始进入注释容器的时候,怎么配置呢?  需要 link 吗 docker run -it --rm --name annotation -v /home/super/Desktop/:/work --link "mysql_pasa:mysql" omicsclass/genome-annotation

文章 群体进化和GWAS文章没那么难发!

...。 03 为了进行准确的性状关联,作者统计了两季的性状数据(包括8个农艺性状),使用SUPER GWAS的方法进行性状关联,检测并统计分析MTAs(marker–trait associations)。 同时,作者对两季性状数据的关联结果进行了比较分析,并...

文章 R 删除重复数据

R 删除重复数据的方法,包括duplicated 和unique 针对duplicated, 对向量的元素或数据框的行进行操作的时候,返回逻辑值,以下面的数据框为例:  dat   A B C D1  a b a c2  c k b d3  c k c c4  d e q k5  e f g l6  h g h q7...

问题 juice box调整hic挂载数据

juice box调整hic挂载数据,hic数据用3d-DNA 进行了-r 2进行了两轮矫正,后面产生了很多小的scaf,不属于我的染色体(已经划分出20条了),这些小的片段怎么处理呢,3d-DNA中-m 是选单倍体好呢,还是二倍体模式,我的材料是自交的二...

文章 Graphpad Prism绘制简单的直方图

...体,可以帮助生物医学人员轻轻松松就可以制作出专业的数据表。 以直方图为例,Prism绘制非常简单。 1.首先,打开软件,选择绘图类型,如下所示: 2.输入直方图所需数据: 第一行为x轴Title,第二行为对应的数据。 3....

文章 下载TCGA临床信息

...床信息就非常的方便。 那么我们以下载胃癌病人的临床数据的为例,看看如何下载数据。 # 加载需要的包 library(SummarizedExperiment) library(TCGAbiolinks) ########################################################### # GDC: https://portal.gdc.cancer.gov/ ######...

问题 转录组数据分析(绘制KEGG通路)

水稻转录组数据绘制KEGG通路,显示 按照如下格式输入:(查找物种时,网页始终无法显示,水稻选osa不知道对不对,或者gene ID有问题)

文章 NCBI上传二代测序数据需要的作者信息

NCBI上传SRA数据库作者信息要求如下: 带星号的为必填选项,一定要提供,注意填写英文,不要写中文: first namelast nameemailsubmitting organizationdepartmentstreetcitystatecode

文章 Excel图表保存成高清图片

...上每一个科研狗都用它画过图。在Excel内,作为矢量图的数据图表可以随意放大缩小,但但是是……作为Excel数据图表没有办法直接保存,更不必说保存成高清大图方便科研论文投稿。今天就来教大家如何将Excel图表导出成高清大...

文章 R语言数据整理——tidyr包

tidyr主要提供了一个类似Excel中数据透视表(pivot table)的功能 tidyr包主要涉及: 1)长宽数据转换    gather-把宽度较大的数据转换成一个更长的形式,它类比于从reshape2包中融合函数的功能   spread-把长的数据转换成一个更...

问题 转录组数据无法下载

问题 数据质量查看出现问题

出现问题

问题 数据质控出现报错