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问题 mcscanx计算kaks问题

...kaks报错如下： manager@bl8vbox[downstream_analyses] sudo perl add_ka_and_ks_to_collinearity.pl -i /home/manager/Desktop/share/mcscanx_kaks_shili/at.collinearity -d /home/manager/Desktop/share/mcscanx_kaks_shili/at.cds -o at.collinearity.kaks [sudo] password for manager:  rm: cannot remove ...

文章 python 读取kegg绘图配置文件中的kgml文件内容

...需要我们读取里面的内容，分享python代码如下： # -*- coding: utf-8 -*-  ''''''import sys, os, argparse, glob, os.path,timereload(sys)sys.setdefaultencoding('utf8')from pyh import *import numpy as npimport mathimport reimport xml.dom.minidom from xml.dom.minidom import  parseStr...

问题 用Tassel转vcf为hapmap格式文件

...1B  Pos:711831      Name:S1B_711831 Variants:C/T    MAF:NaN Ref:C and Position      Chr:7A  Pos:736691630   Name:S7A_736691630  Variants:T/C     MAF:NaN Ref:T out of order.

文章 比较基因组单拷贝直系同源基因构建进化树基因数量

文献1 ： 20 个 Hu, G., Feng, J., Xiang, X. et al. Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars. Nat Genet 54, 73–83 (2022). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00971-3

文章 TCGA数据库介绍

...腺癌CHOLcholangiocarcinoma胆管癌CESCcervical squamous cell carcinoma and  endocervical adenocarcinoma宫颈鳞癌与宫颈腺癌LUADlung adenocarcinoma肺腺癌LIHCliver hepatocellular carcinoma肝细胞癌ACCadrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌只有01样本KICHkidney chromophobe肾嫌...

文章 kaks和dnds是什么？

...tics, 2002, 18(9): 486-487. Navarro A, Barton N H. Chromosomal speciation and molecular divergence--accelerated evolution in rearranged chromosomes[J]. Science, 2003, 300(5617): 321-324. 北大教授顾红雅老师的公开课：生物演化http://www.chinesemooc.org/live/611219 更多生物信...

问题 用GATK call 变异的时候，分染色体还是很慢，能不能增加线程或别的改进的方法。

我用了如下命令： for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do   echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \     -R $REF \     -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \     -O ${i}....

文章 dQTL.seq方法研究基因定位

...方式，可选择四种方式：F2, BC (backcross), DH (doubled haploid), and RIL (recombinant inbred line). Sampling-fraction (%) ：混池中极端个体所占比例 Smooth-method：平滑模式，可选择四种平滑模式：None，AIC，Window size，Block。默认为AIC。具体格式为...

问题 GEO下载报错

...L=TRUE,destdir=workdir) Found 1 file(s) GSE58919_series_matrix.txt.gz Using locally cached version: E:/MSC,ossu-9.1/GSE58919_series_matrix.txt.gz Parsed with column specification: cols(   .default = col_double(),   ID_REF = col_integer() ) See spec(...) for full column specifications. Fi...

问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错-只有pfd文件没有PNG文件，且PDF打不开

...ir/heatmap.r -i $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -l S10_vs_J10.DEG.final.tsv -p S10_vs_J10.deg_gene_heatmap -o ./ --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.co...

文章 怎样才能选到靠谱的抗体？挑选抗体的4大秘诀分享

...he arginine methyltransferase CARM1 represses p300•ACT•CREMτ activity and is required for spermiogenesis 期刊：Nucleic Acids Research IF：10.162产品名称：p300 Polyclonal Antibody 产品货号：E-AB-32456 相关文献还有很多，如果大家感兴趣的话，可以自行去查...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，其中一个转录组出现如下错误，看不太懂，想请教一下老师问题如何解决

...ed.19700000 SAM alignment record pairs processed.Error occured when processing SAM input (record #42564640 in file /bioData/run_data/lixp/work/SZ_yangtao1/2.alignment/hisat2/yangtaozhitiao1.bam):  Maximum alignment buffer size exceeded while pairing SAM alignments.  [Exception type: ValueError, ra...

文章 GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读（宫颈癌）

...与疾病显著相关的基因，最终发现SCNN1B, ANLN, APOC1, CNTLN, and TEX30 五个基因具有显著的预后相关性，并构建预后风险模型： 过风险模型可将病人分成高风险和低风险两组，生存分析发现两组具有明显的差异（下图a）。然后针对...

问题 在R中进行差异表达分析，运行GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')代码时，数据下载失败，并显示如下错误

Error in download.file(url, method = method, ...) :    无法打开URL'https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.5.0_Windows_x64_0.zip' 此外: Warning message: In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素，还请各位大神帮帮忙...

问题 请问老师，motif分析之后，html文件打不开，显示如下

not well-formed (invalid token) at line 177, column 44, byte 5589 at /biosoft/miniconda/envs/genefamilyenv/lib/meme-5.1.0/perl/CheckingSAX.pm line 46.Warning: meme_xml_to_html exited abnormally and may have failed to create HTML output.