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文章 gdal 报错dnf安装包错

Last metadata expiration check: 4:19:33 ago on Thu 20 Jun 2024 06:52:12 AM CST. Error:  Problem 1: package gdal-libs-3.4.3-2.el9.x86_64 from epel requires libarmadillo.so.12()(64bit), but none of the providers can be installed   - package gdal-3.4.3-2.el9.x86_64 from epel requires libgdal.so.30...

问题 重测序

我用的指令是nohup sh 2.data_qc.sh >2.data_qc.sh.o& ， 现在显示的错误是cat: /data/data.txt: No such file or directory 但是我把这个命令粘贴到屏幕上就可以运行，在sh里面怎么说找不到文件那。命令如下 for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do ec...

问题 flexbar2.2版本去接头的过程中format不正确，报错文件格式不正确【课程RNAseq有参转录组数据分析】

...r版本： 【课程RNAseq有参转录组数据分析】推荐的版本为2.5版本，参数如下： flexbar  --adapter-min-overlap 7  --adapter-trim-end RIGHT  --adapters /var/data/work/refs/illumina_multiplex.fa  --pre-trim-left 13  --max-uncalled 300  --min-read-length 25  --thre...

文章 兰花发育中器官发生的时空图谱数据下载示例

...下载： wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE198128&format=file" -O GSE198128_RAW.tar 样本信息 #series_sample_iddevelopmental_stagetissuecodeSRRslideGSM5939574bud1-6FlowerAM559-ST-010001SRR18292617slide1GSM5939575bud7FlowerAM559-ST-010003SRR18292616slide2GSM5939576...

文章 三个基因组共线性分析

...ao, bottom, cacao.bed # edges e, 0, 1, grape.peach.anchors.simple e, 1, 2, peach.cacao.anchors.simple 2,3,4行是三个基因组信息，其中前三列为基因组在图中的位置信息，第四列设置了基因组倾斜角度，最后一列是基因组bed文件。 最后两行为基因...

文章 使用 mygene.info 获取基因注释信息

...型的基因标识符。批量操作: 支持批量获取和注释，提高工作效率。多语言支持: 除了Python，还有R和其他语言的支持。安装使用 pip 安装：pip install mygene示例单个基因查询首先，导入MyGeneInfo类，并实例化。import mygene mg = mygene.MyGen...

问题 扩增子分析：qiime 聚类生成OTU-denovo方法分析报错

...志文件中出现assign_taxonomy过程的报错。 [root@f0190be56047  21:19:38 /work/my_16s/5.pick_otu_qiime]# pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo.txt Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pic...

文章 blast比对结果说明

...，但是结果文件中是没有表头的，这里来写一下。 GRMZM2G356204_P01       Zm00008a018958_P01      98.23   620     0       1       121     740     31      639     0.0     1176GRMZM2G356204_P01       Zm00008a000413_P01      99.15   355     3     ...

文章 数据框分割数据

...parate可以直接将一列数据按需要分成几列 library(tidyr) df_2<- separate(df_1, 'colname', c("new_colname_1","new_colname_2"), ",") #例为将df_1表的colname列分成new_colname_1，new_colname_2两列，里面的数据以逗号为分隔符分割 如果数据允许，分成...

文章 MCscan报错——kpsewhich命令缺失

...报错。 MCscan报错信息：    File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 357, in dotplot_main    title=opts.title, stdpf=(not opts.nostdpf))  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphic...

问题 老师麻烦您看看这是我在GEO数据库里找到的芯片数据，没有看懂样本后缀KE1,KE2,B1,B2代表的是什么意思，按道理来说后缀应该都是rep1,rep2,rep3这样子的重复才对啊，这里的没看懂是什么重复

GSM265218 Wounding_6h_vs_0h_KE1 GSM265219 Wounding_12h_vs_0h_KE1 GSM265220 Wounding_24h_vs_0h_KE1 GSM265221 Wounding_48h_vs_0h_KE1 GSM265222 Wounding_6h_vs_0h_KE2 GSM265223 Wounding_12h_vs_0h_KE2 GSM265224 Wounding_24h_vs_0h_KE2 GSM265225 Wounding_48h_vs_0h_KE2 GSM265226 Wounding_6h_vs_0h_B1...

问题 GWAS分析排序后出现sortPositions: false keepDepth: false的报错并且没有结果输出是什么原因

/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/ahocorasick-0.2.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-alignment-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-core-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-genome-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-phyl...

问题 flexbar2.2去接头的时候遇到的报错问题

...umina_multiplex.fa --phred-pre-trim 13 --max-uncalled 300 --min-readlength 25 --threads 1 --source /root/demo/data/HBR_Rep1_ERCC-Mix2_Build37-ErccTranscripts-chr22.read1.fastq.gz --source2 /root/demo/data/HBR_Rep1_ERCC-Mix2_Build37-ErccTranscripts-chr22.read2.fastq.gz --target /root/demo/data/work/2...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下： pic...

问题 有多个时期的转录组数据每个时期都有三个重复，如何进行基因注释

老师好，想问下有三个重复的转录组数据，是需要将三个重复都cat到一起吗？例如1_1.fq、2_1.fq和3_1.fq合并，1_2.fq、2_2.fq和3_2.fq合并再用hisat2比对后输入braker吗？还是直接将这六个fq文件cat到一起进行比对呀？