问题 基因 定位到染色体时，获取染色体的位置信息报错[fai_build_core] different line length in sequence 'Chr2'. zsh: segmentation fault samtools faidx all.fa

问题 我下载了vbox之后按照教程安装了biolinux，但是却卡在了共享文件夹的步骤，报错是/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such file or directory

问题 请问在重测序数据比对参考基因组时，参考基因组中除chr外还含有contig，是否需要对contig进行去除。之前在比对时将contig也一块比对了，对后续的变异检测有没有影响？

问题 关于如何确定segmental duplication events

...，我用虚拟机做出circos图，过程中需要比对出具有同源性的基因对然后再图中以连线的形式表达出来，那么请问老师在这些基因对中如何确定是不是segmental duplication events呢，是不是说在比对基因组过程中所有比对出来的同源基...

问题 chip-deg5 载入fData

我从EBI下载了一份单芯片表达数据，我照着NCBI下载的Annotation文件自己做了一份fData。 在chip-deg5的载入数据步骤显示如下问题： Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :    'row.names'里不能有重复的名字 ...

问题 基因组组装（T2T）端粒问题

老师，您好。我在利用hifi + ONT + Hi-C 数据进行基因组组装时，发现有3~4条染色体的一端并没有组装到端粒，想问一下，有什么类型软件可以利用测序数据进行一个端粒的延伸，让这几条染色体达到T2T的水平？

文章 conda一直卡在Solving environment

在使用conda安装CARD数据库自带软件rgi的时候，发现一直卡在Solving environment这一步，查了不少攻略也没能解决问题， 结果换了mamba后瞬间就安装上了，安装非常方便 conda install mamba -c conda-forge 上后续使用更加方便，只需要把开...

文章 给一个fastq ID列表，输出指定ID对应的双端fastq文件：

...><OUT1><OUT2> 给一个fastqID列表，输出指定ID对应的双端fastq文件： die "perl $0 <id><fq1><fq2><OUT1><OUT2>" unless(@ARGV==5);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;open my $FQ1 ,"zcat $ARGV[1] |" or die "$!";open my $FQ2 ,"zcat $ARGV[2]|" or die "$...

问题 您好，请问您paircoil2安装问题解决了吗，我安装也出现了和您类似的问题，我也按照那个文件要求把配置文件放在家目录下，但是仍然命令使用不了，网上实在搜索不到相关信息，只能请问您了，望回复

问题 dadi

我在看看文献的时候，发现文献里面计算出的基因流时间都有个置信区间，我想知道用这个软件计算出的值在哪能找到置信区间。（例如， 文献里面的内容如下：The asymmetric gene flow scenario M8 was best supported by the 14 tested models (Fig...

问题 我这种情况，做转录组应该选无参还是有参？

我做的物种有基因组，但是组装效果不太好，之前师兄做的转录组回比率才50%左右。 最近我也要做点转录组的实验，不知道应该选择按无参做还是有参做呢？

问题 在提取1500bp序列做顺式作用元件检测时，使用tiquxulie.pl这个脚本，开始时显示out of memory，我把虚拟内存提高到了4G，显示zsh：killed,得到的结果还是空的，请问老师这个问题怎么解决呢？

谢谢老师。

问题 FileZilla Client出错

您好！         我按照视频中的步骤进行FTP上传，可是我的FileZilla Client连接出错。是下面这种情况，请问怎么解决？ 状态:正在解析 ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov 的地址 状态:正在连接 130.14.29.30:21... 状态:连接建立，等待欢迎消息.....

问题 怎么在表达矩阵数据里一直保留探针ID？

在最终差异表达的数据里我不㤇Gene ID和GeneSymbol ID,我要的是探针ID,但是探针ID在这一步“"exptemp2 = aggregate(exptemp[,c(1:(ncol(exptemp)-2))], by = list(exptemp$GeneID),mean)”就去掉了，请问这一步怎么设置来保留探针ID，因为这里的探针ID实际上...

问题 想请教老师热图里的Row-z-score和Column-z-score分别是如何计算。我的数据热图用Row-z-score画完结果显示与实际数值不大对，选column好像才对。