老师您好，我在fasttree建树时遇到了这样的问题，一共是566个个体，之前用其中的328个个体建树时是成功的，增加后就不可以了，用我们的服务器试过了，报了同样的错 请问是什么原因呀？
...进行了4种测序，将ul ONT、HiFi、和Hi-C数据投入到hifiasm这个软件中进行初步的组装。删除细胞器基因组和一些可能存在的污染情况。用3D-DNA和 JUICER借助hi-c数据将基因组挂载到染色体水平，之后发现两个单倍型分别存在14个gaps，然...
...进行基因加倍与串联重复分析时，输入该命令：blastall -i pep.fa -d pep.fa -e 1e-10 -p blastp -b 5 -v 5 -m 8 -o mcscan/AT.blast，运行结束后，MCScanX出现如下问题： 打开pep.fa查看序列为： 在AT.blast文件中没有查找到K5AEM0的结果，应该是报...
...起因果作用。 01 — 实验设计和结果 该研究从中国18个省份收集了688个公开的肠道微生物组数据集，包含了参与者的基本信息、疾病状态、饮食习惯和生活方式等。在这些样本中，有263个低海拔汉族样本（LH）、105个高海拔...
library(dplyr)library(ggplot2)library(RColorBrewer)#library(GWAScFDR) #library(condFDR)library(cfdr)mycol=c(brewer.pal(7,"Set2"),rev(brewer.pal(8,"Set1")),brewer.pal(8,"Set3"),brewer.pal(12,"Paired"),brewer.pal(8,"Dark2"),brewer.pal(7,"Accent"))stratifiedQQplot = function(p1,p2, ...
...的mysql备份mysql_user="root"#数据库密码，注意自行修改mysql_password="JZTeya0!"mysql_host="192.168.1.43"mysql_port="3306"mysql_charset="utf8mb4"#备份文件存放的目录，自己创建位置mkdir -p /home/backup/mysql/backup_location=/home/backup/mysql/expire_backup_delete="ON"#备...
老师您好，我的snp数据有两个性状差异比较大的群体，每个群体有30个个体，现在我想算snp-index，问题是测序的时候是单个测序的，也就是说一共测了60个个体的重测序，我想使用BSA类似的方法可是BSA都是要求混池测序，请问怎...
... -k $k ## Extract CLM file and counts of restriction sites #(HindIII: AAGCTT; MboI: GATC) allhic extract sample.clean.bam draft.asm.fasta --RE GATC ## 排序和方向优化 for K in `seq 1 $k`; do allhic optimize sample.clean.counts_GATC.${k}g${K}.txt sample.clean.clm done 报错...
老师您好，想请问一个问题。我根据HMM和blast方法鉴定出基因，也经过NCBI CDD，interpro证明含有所需要的结构域。根据文献，该基因家族基本都有保守序列 HDEIDFEFLG，但是在多序列比对和motif分析时，发现几个基因并没有文献提到...
...ylip NJ法构建进化树 Phylip 格式对样品ID字符要求不超过10个，不然会截断cp supergene.phy infileecho -e "Y\n" |dnadistcp infile.dist infileecho -e "Y\n" |neighbormv outtree outtree.nwk#进化树美化：https://www.omicsclass.com/article/671 视频课程推荐： 重...
...对结果进行聚类，得到 直系同源组（orthogroup）。其中每个 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Orthogroup_Sequences 文件夹中，单拷贝 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Single_Copy_Orthologue_Sequences 文件夹中，orthogroup 的统计信息存放在 Co...
我现在有600多条序列同时含有3个基因 我想利用这三个基因先聚类 然后建进化树分析 怎么同时进行这三个基因的联合聚类呢 cd-hit应该是用于单独一个基因的聚类把（ps: cd-hit聚类后我们通常是采用代表序列分析把 那3个基因分...
...了解一下会不会这条语句blastall -i fuck.fa -d fuck.fa -e 1e-10 -p blastp -b 5 -v 5 -m 8 -o fuck.blast影响了结果。请老师解答一下这个问题，不胜感激！！！
...）基因家族吗，如果是的话，我的基因组里为什么只有7个，而在plantTFDB（如下图）中拟南芥里这个MIKC——MADS都有76个，我看其他物种这个家族的基因也很多，为什么我晒出来的这么少呢？？？