找到约 15 条结果

问题 TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

...unction (classes, fdef, mtable)  :   unable to find an inherited method for function ‘assay’ for signature ‘"spec_tbl_df", "missing"’

文章 人类癌症数据库突变注释

...ions from cancer and the frequency of occurence in each subtype of cancer. For more updated cosmic, see instructions below on how to make them.icgc21: International Cancer Genome Consortium version 21 mutations.nci60: NCI-60 human tumor cell line panel exome sequencing allele frequency data

文章 Python学习-利用Python对植物基因组注释文件（gff3格式）进行处理

...字 list_two = [] chr_name = [] de_list = ('#','M','P','s') # 需要修改 for line in input_file: if line.startswith(de_list): continue list_one = line.strip().split() if list_one[2] == 'mRNA': # gene_id = list_one[8].split(';')[2] # 需要修改 gene_id = list_o...

文章 DEG_limma.R 差异基因分析limma

...nal,default:1] -X x.lab, --x.lab x.lab the label for x axis[optional,default:log2FC] -Y y.lab, --y.lab y.lab the label for y axis[optional,default:-log10(FDR)] -T title, --title title the label for main title[optional,defa...

文章 Perl语言里面$.代表什么意思

...句柄的当前行号，在读文件时可以用到。 open (IN,"$in") or die $!;while (<IN>) {chomp;next if ($.==1);        .....} 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，...

问题 使用悟空云平台进行代谢组数据矫正时报错

其余五种归一化方式均正常，只有QC-RLSC报错显示error in evaluating the argument X in selecting a method for function "t: NA NaNI nf in foreign function call (arg 5)

文章 二倍体杂合基因组组装策略

...anu策略 参考资料： Purge Haplotigs: allelic contig reassignment for third-gen diploid genome assemblies | BMC Bioinformatics | Full Text (biomedcentral.com) HapSolo: an optimization approach for removing secondary haplotigs during diploid genome assembly and scaffolding | BMC Bioinformat...

问题 getorganelle组装线粒体出现问题

老师您好，在组装线粒体基因组时出现了 For Ge1tOrganelle1_out/1-illumina_1.fq.gz.fastq, only top 31563574 reads are used in downstream analysis.这个问题，组装结果中只有一条8000bp左右的序列，请问怎么设置参数才能不 only top reads进行后续分析，而...

问题 基因组注释：10.PASA_update，根据fa和gff文件生成pep或者cdna

基因组注释：10.PASA_update，根据fa和gff文件生成pep或者cdna文件，一直显示： No such file or directory at /share/work/biosofTransDecoder/TransDecoder-v5.5.0/util/../PerlLib/GFF3_utils2.pm line 37, <$filehandle> line 112.

问题 关于图形泛基因组中的Minigraph-Cactus的问题。

...tus的脚本中提到了，所生成的三种文件，其中 clip graph: This is the default graph. Stretches of sequence >10kb that were not aligned to the underlying SV/minigraph are removed. "Dangling" nodes (ie that don't have an edge on each side) that aren't on the reference path are also r...

问题 老师您好！

...tory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unzip(basen...

问题 用R包TCGAbiolinks下载TCGA的miRNA数据报错

执行代码GDCdownload(query = query, method = 'client', directory = DataDirectory)，R会先从GDC官网下载gdc-client工具压缩包，接着就报错了： Error in unzip(basename(bin)) : zip名字参数不对 然后我把method换成api，也报错了： Error in GDCdownload.aux(server, ...

问题 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

...在前，处理在后）。 选中样品之后，点击分组（control or tumour），例如案例中control选中了三个样品，tumour选中三个样品，具体见下图。 我看有的时tumor组在前，所以我先问问 这个比较的是肿瘤组处理对照组吧，那这个分组是...

问题 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

...在前，处理在后）。 选中样品之后，点击分组（control or tumour），例如案例中control选中了三个样品，tumour选中三个样品，具体见下图。 我看有的时tumor组在前，所以我先问问 这个比较的是肿瘤组处理对照组吧，那这个分组是...

文章 如何按照影响因子筛选文章--PubMed文献搜索技巧

...范围内的期刊名称（注意：最好是简称），并新建一个word文档，然后右键选择性粘贴为文本（这里以影响因子大于30的为例）； 第三、Ctrl+H打开Word的替换功能，把^p（换行符）全部替换为" [journal] or "； 第四、在替换好的文...