找到约 15 条结果

问题 如何将基因组序列里的简并碱基变成N或者保留其中一种? 脚本是啥？

在进行批量indel标记设计的时候，出现如下错误，[ERRO] illegal DNA/RNA/Protein sequence: 248, you may switch on -d/--degenerate or -r/--use-regexp 原因好像是因为基因组序列里有简并碱基，所以怎么处理，使能够正常设计引物

文章 linux解压打包命令大全 tar gzip rar 等等

...jpg.tar.Z rar a jpg.rar *.jpg //rar格式的压缩，需要先下载rar for linux zip jpg.zip *.jpg //zip格式的压缩，需要先下载zip for linux 解压 tar -xvf file.tar //解压 tar包 tar -xzvf file.tar.gz //解压tar.gz tar -xjvf file.tar.bz2 //解压 tar.bz2 tar -xZvf file.tar.Z //...

问题 GATK 将VCF文件导入db出现问题

...ome Analysis Toolkit (GATK) v4.4.0.014:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/14:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - Executing as root@ed01a5f7cf62 on Linux v4.15.0-112-generic amd6414:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - Java ...

问题 在用tassel对vcf进行sort时报的错，有哪位大佬知道怎么操作吗

在用tassel对vcf进行sort时报的错，有哪位大佬知道怎么操作吗 ERROR net.maizegenetics.plugindef.ThreadedPluginListener - Out of Memory: SortGenotypeFilePlugin could not complete task: Current Max Heap Size: 29809 Mb Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.bat to increas...

问题 老师您好，下载镜像失败显示这个该怎么解决？

Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": net/http: request canceled while waiting for connection (Client.Timeout exceeded while awaiting headers)

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...er/clean.sorted.vcf.gz  \    -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter 1. FastTree 构建进化树 FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件，它最大的特点就是运行速度快，支持几百万条序列的建树任务。但是fasttree不支持bootstr...

问题 MCScanX报错

Reading control file error: For input string: "800     //plot width and height (in pixels)" Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Width (0) and height (0) cannot be <= 0 at java.awt.image.DirectColorModel.createCompatibleWritableRaster(DirectColorModel.java:1016) at...

文章 R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包

...meric matrix with at least 5 rows and at least 2 columns (if y is absent). For print, x is an object produced by rcorr. 另外的一个知识点：如果想要用某个包里的函数，有两种办法， 第一种办法是先使用library()函数加载这个包，然后直接输入函数名； ...

问题 运行DESeq2出错

各位老师，可以帮我看一下吗 Error in h(simpleError(msg, call)) :   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': could not find function "cpm"Calls: std_two_condition_comp_deseq2 -> new_DGE_list -> rowSums -> .handleSimpleError -> h

问题 fst_pi_select_sweep.r软件不可用

[root@eff2c0ebb6b8  08:44:02 /work/3.map/vcf]# fst_pi_select_sweep.r --fst F-G.fst  --pi1 FS_F.pi --pi2 FS_G.pi --zscore --log2 -A FS_F -B FS_G -c 0.05 -n fst-pi.F-vs-G  -f pdf bash: /work/3.map/scripts/fst_pi_select_sweep.r: /biosoft/miniconda/bin/Rscript: bad interpreter: No such file or direc...

文章 Perl语言里面$.代表什么意思

...句柄的当前行号，在读文件时可以用到。 open (IN,"$in") or die $!;while (<IN>) {chomp;next if ($.==1);        .....} 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，...

文章 awk统计某列中文本次数

统计下面文本中，第一列文本出现的次数（第2列没什么意义） gene    1cds    2gene    3gene    4rna    5cds    6 awk命令如下： awk  '{sum[$1]++}END{for(i in sum) print i "\t" sum[i]}' example.txt 结果如下： cds     2rna     1gene    3

文章 deg_heatmap.r 差异表达基因热图展示

使用说明： 参数说明： 使用举例： 结果展示： 参考文献： Kolde, R. Pheatmap: pretty heatmaps, R package v. 16 (R Foundation for Statistical Computing, 2012).

文章 进化树美化操作详解- iTOL

...签字号、颜色、加粗、倾斜。 Position：叶标签之间对齐or标签放在枝顶端与枝对齐。 Alignment：叶标签字母靠左对齐or靠右对齐。 Rotation：选择“On”使左侧标签旋转180°便于阅读。 Shift：标签与进化枝之间距离。 Line style：调...

文章 R语言绘制差异表达火山图

...vtools") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in package_list){ if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){ install.packages(p, warn.conflicts = FALSE) suppressWarnings(suppressMessa...