问题 【求助，可有偿】下图是如何做出的？如何获得图中的生物学功能项目?

...GSVA吗？如果是，那么图中的生物学功能项目（如EMT1、EMT2、pan-F-TBRS等）是如何获得的？ 图1、2来自：m6A regulator-mediated methylation modification patterns and tumor microenvironment infiltration characterization in gastric cancer（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/p...

问题 Error, no sequence for chr1 at /wcr/TransDecoder/util/gff3_file_to_proteins.pl line 82.

你好，你运行脚本的时候遇到问题了吗？Error, no sequence for chr1 at xxxxxxxxxxxxxxxx/util/gff3_file_to_proteins.pl line 82.

问题 单细胞拎亚群后重新聚类分析，需要重新整合吗

...代码，重新分析和03. seurat_cluster的代码很不一样，不用选integration的方法，也不用设置resolution和dimension。是因为rds文件已经包含了嘛？看运行过程，在reanalysis的时候，runpca前还是用log-transformation标准化了一下，这又是为什么呢...

问题 请教：基因结构分析时，输出的gene_exon_info.gff文件为空。该如何解决？

...不知道怎么解决。 用的命令是：perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 Carb_anhydrase_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt -in2 ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.47.gff3 -out gene_exon_info.gff 图1 图2

问题 如果提取基因一条代表CDS序列不成功，mRNA与CDS，GENE的ID都不一致（马铃薯数据库）

...ID,但提取的是mRNA的ID 所以我想修改perl脚本（geneid_to_mRNAid.pl） 当我把if($tmp[2] =~/mRNA中的mRNA改为cds时， 显示 当我把里面的全部mRNA全都改为cds时 显示   请问该如何修改脚本，可以得到基因对应cds的 ID呢 ...

问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device

采用/mummer-4.0.0rc1/mummerplot进行共线性分析画图时，出现报错，如何解决？

问题 docker vitualbox安装报错：Unable to start the VM: C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage.exe startvm default

docker vitualbox安装时报错：Unable to start the VM: C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage.exe startvm default --type headless failed: VBoxManage.exe: error: The virtual machine 'default' has terminated unexpectedly during startup with exit code -1073741819 (0xc0000005) VBoxManage.exe: ...

问题 Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘bg.correct’ for signature ‘"HTAFeatureSet", "character"’

对GEO数据进行mas5处理时报错。。不知道如何处理？？ Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘bg.correct’ for signature ‘"HTAFeatureSet", "character"’

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

... 参考文献： Du Juan,Wang Shoudong,He Cunman et al. Identification of regulatory networks and hub genes controlling soybean seed set and size using RNA sequencing analysis.[J] .J. Exp. Bot., 2017, 68(8): 1955-1972.

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

... 参考文献： Du Juan,Wang Shoudong,He Cunman et al. Identification of regulatory networks and hub genes controlling soybean seed set and size using RNA sequencing analysis.[J] .J. Exp. Bot., 2017, 68(8): 1955-1972.

问题 用R可视化snp分布的时候出现错误：WARNING: ignoring environment value of R_HOME Fatal error: cannot create 'R_TempDir'

# Rscript $scriptdir/var_density.R -i snp.unknown_multianno.vcf  -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" WARNING: ignoring environment value of R_HOME Fatal error: cannot create 'R_TempDir'

文章 tcga_gene_exp_download.r TCGA数据下载脚本使用说明。

...ect, --project project                        input project ID of TCGA, for example TCGA-STAD,more                        project ID:https://www.omicsclass.com/article/1061                        [required]  -f files.per.chunk, --files.per.chunk files.per.chunk ...

问题 有关MeV软件分析K-Mean clustering的问题

...没有我需要的，因此需要自己准备annotation文件，选择load from local file（下图）。那么这个annotation文件应该怎么下载或准备，需要的文件格式是什么样的，有没有模板或截图可以发我一份？我自己需要的物种也是一种模式植物。 ...

问题 利用geneid_to_mRNAid提取GFF3文件中的信息时候，发现存在很多假基因导致提取失败，想知道这种情况应该如何解决？？

问题 老师您好，我在做物种间基因组共线性分析时没有得到.anchors文件并且出现list index out of range报错,请问一下是什么原因？

所选的基因组是线粒体基因组测序的结果。