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文章 组学大讲堂截图上传发图片时遇到:The content may not be greater than 65535 characters.

组学大讲堂提交图片时报错:The content may not be greater than 65535 characters. 这是因为网站贴图片需要上传,你会发现有两个图片在页面中,删除上面那个图片再提交,就不会有问题了如下 The content may not be greater than 65535 character...

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

...ession optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i data, --data data input data file path[required] -t time, --time time set suvival time column name [required] -e event, --event event set event column name must 0 or 1 code format ...

文章 scanpy 中 ScTransform分析:

...= adata.layers[layer] else: mat = adata.X # Set names for the input matrix cell_names = adata.obs_names gene_names = adata.var_names r.assign('mat', mat.T) r.assign('cell_names', cell_names) r.assign('gene_names', gene_names) r('colnames(mat) <- cell_names...

问题 gwas根据阈值筛选关联的SNP,并生成bed文件,排序时无法生成标准的bed文件

...们已按要求生成了pvalue.txt的软链接,接下来根据awk 'BEGIN{OFS="\t"}NR>1 && $3<1e-7{print $1,$2,$2,$3}' pvalue.txt |sort -k1,1 -k2,2n >pvalue.bed筛选关键的SNP时发现,生成的pvalue.bed文件不符合命令要求,我们是哦第一列、第二列、第二...

文章 这种机器学习算法已经在微生物分析中成功应用

...的投票多少而定。 随机森林应用 在R语言中,我们调用randomForest包中的randomForest()函数来实现随机森林算法。 首先安装这个R包 install.packages("randomForest")  安装成功后,导入randomForset包 library(randomForset) 之后需要读入准备好...

文章 25天破解“粮食杀手”草地贪夜蛾基因组

...文献: Liu H, Lan T, Fang D, et al. Chromosome level draft genomes of the fall armyworm, Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae), an alien invasive pest in China[J]. bioRxiv, 2019: 671560. 延伸阅读: 1. 充电课-转录组扫盲篇 2. 基因家族分析文献详解课程-免...

文章 免疫 侵润 分析 ESTIMATE分析

..." author: "Omicsgene" output:   html_document:     toc: true     theme: united date: '`r format(Sys.time(),"%d %B, %Y")`' --- ![image](https://note.youdao.com/yws/api/group/92990402/noteresource/D0C43D04435648A4A5A9B36556716345/version/421?method=get-resource&shareToken=76A1AE...

文章 nomogram_multi_cox.r 多因素cox分析构建模型并绘制列线图nomogram

...e [predict.time ...]                        Time point to draw the ROC curve [default 365 1095                        1825]  -c cut.score, --cut.score cut.score                        set cut score value to divide high and low risk groups                ...

问题 共享文件夹报错mounting failed with the error: Protocol error

问题 我用conda 根本安装不了软件,非常慢,比如UMI-tools

... DistributionNotFound(req, requirers) pkg_resources.DistributionNotFound: The 'umi-tools==0.2.3' distribution was not found and is required by the application

文章 两个诺贝尔奖强强联合--CRISPR基因编辑的ESC/iPSC应用于再生和个性化医学

..., January 14, 2020. Gene Correction of LGMD2A Patient-Specific iPSCs for the Development of Targeted Autologous Cell Therapy. Molecular Therapy, Vol. 27 (12) December 2019. 文章是源井生物原创,转载请注明!

文章 circos绘圈图时更改字体

...数。通过更改label_font参数来更改字体。 circos支持 True Type 和 Open Type 字体,这些字体定义在 <font> 块中,在 fonts.conf 文件中。 如果想更改字体,直接label_font=bold。即可将图中字体改为黑体。

文章 一些常见R代码的报错和解决办法

Error: cannot allocate vector of size X Gb 这种问题尤其在32位R版本中常见,因为它们对可用内存有限制。即使在64位版本中,当数据集非常大时也可能遇到内存问题。解决这个问题通常需要优化代码以减少内存使用,使用更高效的数据...

文章 cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

...括:DegreeEdge Percolated componentMaximum neighborhood componentDensity of Maximum Neighborhood ComponentMaximal Clique Centralitysix centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress) 2.插件下载与安装 在cytoscape App Store(链接:Cytoscape App Store)中...

文章 string数据库下载的文件

...种中距离非常接近,那么它们被认为是相邻的。 2,gene_fusion: 这个特征表示两个基因是否在同一个蛋白质中融合在一起。这种融合通常由基因重排或基因突变引起,可能会对蛋白质功能和相互作用产生影响。 3,phylogenetic_cooccur...