文章 从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息-AWK

... $ grep -v '#' Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3|awk -F "[\t=:;]" 'BEGIN{OFS="\t"}$3=="gene"{print $1,$4,$5,$10}' |head1       3631    5899    AT1G010101       6788    9130    AT1G010201       11649   13714   AT1G010301       23121   31227   AT1G010401       311...

文章 转录组分析基因注释常用的数据库

...注释的蛋白数量不多。4、TrEMBL：数据库全称“Translation of EMBL”，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的，其中TrEMBL收录的是未经人工注释的编码DNA序列翻译数据。(unreviewed, automatically annotated)，不难看出，相比之下，sp数据库更可靠。 ...

问题 请问下jupyter notebook运行一个不到5M(20万行左右)的文件，内存持续飙升，随后浏览器闪退该怎么解决？

...好，内存16G, amd，i7处理器，win11系统，联想笔记本R9000X 2021R。

文章 TCGA 数据的多组学WGCNA联合分析

...lncRNA, mRNA， miRNA 等，而文章《identifying mirna and gene modules of colon cancer associated with pathological stage by weighted gene co-expression network analysis》则结合Gene,miRNA 分别进行WGCNA的分析，获得性状相关的Hub Gene和 Hub miRNA, 再基于miRNA能调控Gene 的...

文章 外源插入位置查找好方法

...言。 参考文献： Esher SK, Granek JA, Alspaugh JA. Rapid mapping of insertional mutations to probe cell wall regulation in Cryptococcus neoformans. Fungal genetics and biology : FG & B. 2015;82:9-21. doi:10.1016/j.fgb.2015.06.003.

文章 必须收藏！比较基因组学分析必备神器-OrthoVenn2

...d annotation oforthologous clusters across multiple species, Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue W1, 02 July 2019, Pages W52–W58, https://doi.org/10.1093/nar/gkz333. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性...

文章 实验室linux生物信息服务器搭建CentOS7

...a Cloud Computing http://mirrors.aliyun.com/centos/ Beijing Institute of Technology http://mirror.bit.edu.cn/centos/ ChongQing University http://mirrors.cqu.edu.cn/CentOS/ CN99 Corp. http://mirrors.cn99.com/centos/ Dalian Neusoft University of Information http://mirrors.neusoft.edu.c...

问题 Picard sortsam排序

...-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax:

问题 GeMoMa报错

...报错java.lang.IllegalArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CDS part.Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Did not finish as intended. java.lang.IllegalArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CD...

文章 批次效应移除算法

...http://genomicsclass.github.io/book/pages/intro_to_batch_effects.html One often overlooked complication with high-throughput studies is batch effects, which occur because measurements are affected by laboratory conditions, reagent lots, and personnel differences. This becomes a major problem when b...

文章 生存分析的一些基本概念

...时间段期初观察例数。条件生存概率(conditional probability of survival)：某时段开始时存活的个体，到该时段结束时让然存活的可能性p=某年存活满一年的人数/某年年初人口数=1-q，如果年内存在删失数据，需要对分母进行校正，校正...

问题 docker无法连接了

...ibowen/gwas:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2 docker: Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?. See 'docker run --help'. (base) [libowen@manage gwas]$ 

问题 老师好，我想问一下，RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢？reads count又有怎样的用途，与前面三个有关系吗？有一篇paper中说，The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要用RSEM标准化处理后才能进行吗？

文章 linux命令详解之ls

... root root 4096 Jun 12 04:03 bin drwxr-xr-x 4 root root 1024 Jun 15 14:45 boot drwxr-xr-x 6 root root 4096 Jun 12 10:26 data drwxr-xr-x 10 root root 3520 Sep 26 15:38 dev drwxr-xr-x 75 root root 4096 Oct 16 04:02 etc drwxr-xr-x 4 root root 4096 Jun 12 10:26 home drwxr-xr-x 14 root roo...

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...也没法完成基因与mRNA的对应关系分析。分析时显示 Use of uninitialized value $pid in concatenation (.) or string at mRNAid_to_geneid.pl line 38, <IN> line 3.等错误信息。生成的文件将gene ID或mRNA ID显示在一行内。 于是我尝试将gtf文件中的内容...