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问题 老师你好,在家族分析中,用get_gene_weizhi.pl脚本提取序列位置时,每次提取的都是空文件,后来发现蛋白的ID和基因的ID同,知道怎样解决希望老师指点一下,胜感激!!

这是我提取的蛋白ID 这是GFF3文件

问题 在基因家族分析时,保留编码蛋白基因命令时出现 “bash: agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl: command not found”

镜像版本是omicsclass/gene-family:latest

问题 在WGCNA分析中,利用动态剪枝法划分模块后,通过剪枝高度合并模块,发现某一模块基因大量增多,这可能是这一些模块相似性太高了,我想可可以进行模块合并,直接进行后面与模块进行关联

问题 老师,您好,微生物多样性分析课程里质控数据统计分汇总中的$scriptdir/qc_stat.qc脚本是样本名称吗,下了公众号的文件,没找到scripts文件,这一步知道怎么运行了

文章 会用管理工具,怎么做项目经理?

... 好用的项目管理软件需要满足哪些条件? 1、功能匹配度高 任何软件工具都会有自己独特的功能,无论是个人还是团队在选择一款软件时,需要看清软件的功能有哪些,哪些功能是项目管理必须要使用的,哪些功能是...

文章 colorRamPalette函数生成调色板

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 perl程序文件中的第一行:#!/usr/bin/perl

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文章 为什么华为、百度纷纷选择OKR,放弃KPI?

...关键成果) 有了明确的目标之后,接下来就需要与之匹配设定好KR,也就是关键成果。 一个好的KR需具备以下特点: 1、必须是按这个方向及正确途径做,就能实现目标的; 2、必须具有进取心、敢创新的,多数情况下...

问题 MCScanX共线性图与拟南芥示例有些一样

老师您好!我按照课程先做了小麦基因组的共线性分析 然后又进行了基因家族的共线性分析,基因家族成员大约有400多个,运行过程没有问题,但是最后得到的图片如下,基本看到灰色的线,整个圈内都成了灰色的,family.ctl ...

问题 结构变异与保守结构域分析

老师,我在MEME网站上下保守结构域图,发现点下PDF下下来的是前26行,没有后面80行,该怎么全部基因组的图呢?另外,我发现我的大多数基因组都相似,但和参考基因组(图上Yugu1_T2T.genome)一样,是怎么回事呢, 在...

文章 运行命令makeblastdb建库时报错,生成pdb-lock 空文件。

运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错,生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决:makeblastdb 工具版本问题,从2.13.0版本改成2.6.0版本,就可以正常运行

文章 群体结构分析structure原理

1 为什么要分析群体结构structure? Structure图在开发之初,就使用了与进化树或PCA截然同的算法,所以能够解决后两者能解决的问题。具体的算法思路我在下文会解释,我们先直接解读structure图形的意义。当然,我们也能...

文章 泌尿感染(UTIs)宏基因组分析

...统微生物动态变化进行2次额外采样 微生物组成及多样性分析 (1)物种组成聚类结果显示(结果1图a),泌尿系统微生物组被分为16个同的簇(称为“尿型”),通常由单一的细菌为优势群体,尿型与诊断类别有显著关联(...

问题 请问root会影响环境变量吗?

...师的要求把新装的python路径放到环境变量中,放在上一个版本之前。 source 后 which python显示路径已经更新,一切ok。 但是切换root后再次查看路径确显示之前老版本了。 即使再次切换成普通用户还是显示老版本 我查看了下profi...

问题 老师;我这儿GFF3文件格式和教学视一样;蛋白序列上显示gene_id有三个;我知道如何选取哪一个进行接下来的GFF3基因位置分析;GFF3文件上没有染色体位置信息,和教学视的格式同-gene出现在第3列;gene_id出现在第9列我该如何选取有效的ID呢?如何修改Perl脚本?如何能成功提取基因位置信息呢?望老师指点!谢谢呢

...个;我知道如何选取哪一个进行接下来的GFF3基因位置分析;GFF3文件上没有染色体位置信息,和教学视的格式同-gene出现在第3列;gene_id出现在第9列我该如何选取有效的ID呢?如何修改Perl脚本?如何能成功提取基因位置信...