问题 想请教一下 cds.TEM 数据 ，然后也得到了cds里的名和KO0001表对应好的eggNOG里的表。想变成 KO0001-样本 的丰度数据表，应该怎么操作，合并KO0001的丰度？

因为.TEM数据大概319MB，高达300万行数据，excel不能完全打开，R不能读取全部。所以应该怎么实现？

问题 请问各位老师，在进行扩增子分析中的物种注释时，不论使用全长作为分类数据库或特定引物的分类数据库，都会报错，这是咋回事啊？？？？

问题 对宏基因组的分类和功能数据去除低丰度数据时，论文中经常采用0.1%,0.01%或者不说明，我可以采用其他取值不在文中说明吗

问题 多组GEO数据集合并

老师您好！请问，在数据集合并中，GSE1既有正常组样本，又有疾病组样本，而GSE2只有疾病组样本。这种情况能合并吗？

问题 TCGAcount数据处理

老师您好，我学习得知TCGA中count数据是需要标准化后才能使用，请问我能否使用edgeR的TMM方法标准化，不进行差异分析，用标准化后的文件进行GSEA以及基因相关性等分析？TMM标准化时是否一定需要设置过滤标准去除表达量很低的...

文章 选感兴趣的基因，非编程自行绘制KEGG代谢通路注释图-简单易上手！

KEGG数据库应该是我们最常见的、使用频率最高的数据库之一了，它是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一。 在K...

文章 植物 SSR引物数据库 NAR 发核酸研究

...Nucleic Acids Research）》发布了植物微卫星DNA及其标记开发数据库PMDBase。该数据库的创建和共享将为全球作物功能基因组学和分子育种研究提供全面的、便利的基础平台。    微卫星DNA，也称为SSR，是涉及许多重要生物功能的基因...

文章 ggplot2图片保存

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 pfam上不去 打开后搜索没有反应

pfam数据库一般是可以打开的，但是如果想搜索的话是不行的： Please note: this site relies heavily on the use of javascript. Without a javascript-enabled browser, this site will not function correctly. Please enable javascript and reload the page, or switch to a different b...

文章 常见的预后预测的模型介绍

...预测疾病进展、治疗反应和生存率等重要临床结果。根据数据类型、研究目标和所需的解释性，可以选择不同的统计和机器学习模型。以下是一些常见的预后预测模型    统计模型 Cox比例风险模型（Cox Proportional Hazards Model）...

问题 数据表达量一方为零，怎么计算FC

在获取原始数据的时候，打开发现有的gene表达量，在一个对照中，正常组高表达，而肿瘤组中无表达，这样的数据怎么进行FC的计算。能否采取给这些零值赋予极低的表达量，还是单纯的删除这些无法得出FC值，因为注意到有p...

问题 TCGA数据用您们的脚本下不下来，每个TCGA的project数据组织都不一样，我不知道为什么您们就可以用一个脚本自信的运行所有的project

我的就卡在了图下那个步骤，我那个Project根本没有FKPM数据，您们这个代码的通用性真的令人头大

问题 老师您好我用咱们线下课程的代码做WGCNA，和样品数据相比，我自己的数据在第一步输出的结果都不一样。麻烦老师帮忙解答一下

问题 大佬们，请问在R里如何将横向的数据转换成图中纵向的数据形式啊，这里面的变量名也改变了，拜托解答一下哦o(^o^)o

问题 你好，我这边从GEO数据集中下载下来相应的数据矩阵，发现他的所有Gene Symbol都为空值，想请问一下如何使symbol不为空，感谢大神指教。