文章 BIOM 微生物数据格式及文件转换

...onvert -i table.txt -o table.from_txt_json.biom --table-type="OTU table" --to-json biom convert -i table.txt -o table.from_txt_hdf5.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5 转换biom为经典格式 biom convert -i table.biom -o table.from_biom.txt --to-tsv 转换biom为经典格式，并在最后...

文章 2维韦恩图各部分基因上下调数量统计

...。 UsageForced parameter:     -in All_DEG_venn.xls <infile>   must be given-od         outdir                   <dir>     must be given-id1         left DEG.final.xls       <infile>     must be given-id2         right DEG.final.xls   ...

文章 Evolview绘制进化树时添加热图

...ends0 or 10 : hide legends; 1 : show legends!opacityfloat number between 0 to 1opacity of the datasetmodifiers shared with Bar Charts and Dot plotsmodifiers that apply to both Bar Charts, Dot Plots and Heatmap!gridlabel or !axis or !showHeatMapColumnLabelnone, or any integer; 0 : hide column labels;...

问题 Gemma做GWAS的时候，用Gemma自带的文件运行时， mv ./output/kin.sXX.txt . 这步出错了，提示mv: cannot stat ‘./output/kin.sXX.txt’: No such file or directory

问题 Gemma做GWAS的时候，用Gemma自带的文件运行时， mv ./output/kin.sXX.txt . 这步出错了，提示mv: cannot stat ‘./output/kin.sXX.txt’: No such file or directory

文章 Logistic回归模型介绍及使用（附脚本）

... -m metadata, --metadata metadata input metadata file path with suvival time[required] -g expset, --expset expset input gene expression set file[required] -B by, --by by input sample ID column name in metadata[default ...

文章 qiime2 vsearch OTU 以及 ASV流程整理

...lter-stats demux-joined-filter-stats.qza qiime metadata tabulate --m-input-file demux-joined-filter-stats.qza \ --o-visualization demux-joined-filter-stats.qzv #生产feature table 自带去除嵌合体 #deblur在denoising时需要输入整齐一样长度的序列，所以需要trim成相同的...

问题 Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": tls: failed to verify certificate: x509: certificate is valid for *.ouc.edu.cn, ouc.edu.cn, not registry-1.docker.io

docker下载出现这种问题要怎么处理呢？linux系统（Ubuntu），非常着急，感恩感谢

问题 你好 我看到你提出的问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device 我在使用mummerplot也遇到了相同的问题 如果你解决了遇到的问题 是否可以分享一下你的解决方法 感谢

问题 Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": dialing index.docker.io:443 container via direct connection because has no HTTPS proxy: connecting to index.dock这是

文章 ggplot中用字符窜传递变量名称列名等

参考文章； https://stackoverflow.com/questions/22309285/how-to-use-a-variable-to-specify-column-name-in-ggplot 用get  或者 !! 方法 方法： ggplot( rates.by.groups, aes(x=name, y=rate, colour= get(column), group=get(column) ) ) ggplot( ra...

文章 csvtk，A powerful software for handling CSV files

CSVTK，即CSV工具包，是一个用于处理逗号分隔值（CSV）文件的实用命令行程序。由于其简单性、灵活性和效率，对于经常处理CSV文件的人来说，特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的领域，CSVTK都是一种非常有...

问题 GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')下载TCGA数据时出现In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素 错误，数据下载不下来

文章 去除fasta或fastq文件中ID重复的序列

...此功能。 脚本帮助： UsageForced parameter:-fa        fasta file           <infile>-fq fastq file   <infile>-fq1 fastq read1 file  <infile>-fq2 fastq read2 file  <infile>-f input file type,"fa"or"fq"  <infile> must...

问题 安装ggpubr 报错

...ibs/timer.o .libs/stop.o .libs/redblack.o .libs/qsort_r.o .libs/rescale.o checking for ranlib... ERROR: no information for variable 'RANLIB'