文章 基因家族分析课程更新-批量进行kaks计算

...就可以快速批量的进行kaks计算，其中用到的重要工具为Para AT，文献如下： ParaAT工具介绍 ParaAT是中科院基因组所的张章教授课题组开发的工具，该工具可以批量并行的做基因对的比对，并把比对的结果转换成KaKs_Calculator需要...

问题 关于动植物基因组组装课程mysql_server.sh

...数如何更改？我能查到的是-v对应singularity中的-B，其它-p  --name  -e  -d 该如何修改？ mysql_server.sh脚本文件中： #启动镜像 docker run -p 3399:3306 --name mysql_pasa \ -v $PWD/log:/var/log/mysql \ -v $PWD/data:/var/lib/mysql \ -v $PWD/conf:/etc/mysql \ ...

文章 linux用户管理命令介绍

...4、给已有的用户增加工作组usermod -G groupname username  （这个会把用户从其他组中去掉） usermod -a groupname username 或者：gpasswd -a user group 如果添加了用户，添加了组，然后使这个组里的人都可以sudo 到公共账号下 可以/etc/sudoers.d ...

问题 老师您好，我最近在鉴定的一个基因家族，它没有专属的PF号，只有两个具有PF号的保守结构域，但是具有这两种保守结构域的不止这一类蛋白，hmm搜索筛查之后剩下了90多个基因，但是正常的家族成员应该只有20-40个，我可以用拟南芥里已知的成员做进化树来进一步筛选吗？

问题 基因数目较少，做wgcna是否有意义?

老师您好，我的表达量数据只有193个基因，且都属于同一基因家族，但有23个样本。请问用这样的数据做wgcna，能得到有生物学意义的模块么？

文章 R数据集合并

在进行数据集处理时，经常会合并两个数据集，这里说一下合并数据集常用的2个函数： 合并列：cbind 合并行：rbind 1.cbind cbind使用非常直观简单。当我们需要直接合并2个矩阵或数据框，不需要指定任何公共索引时，可以采用c...

文章 docker虚拟化技术及其在生物信息数据分析中的应用（linux）

...处。传统虚拟机技术是虚拟出一套硬件后，在其上运行一个完整操作系统，在该系统上再运行所需应用进程；而容器内的应用进程直接运行于宿主的内核，容器内没有自己的内核，而且也没有进行硬件虚拟。因此容器要比传统虚...

问题 老师我想请问一下有关基因家族成员鉴定出来命名的问题，麻烦老师指导一下

...自己研究的物种中的A基因家族成员命名为A1吗？那这样有个问题就是如果自己研究的物种中的A基因只有15个，那么有一个A基因和拟南芥中的A20基因同源性最高，那我不可能命名为20吧，因为自己所研究的物种中只有15个，或许我...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

...类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下： pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/min...

问题 筛选不到串联重复基因

...的长度大于长序列的75%长度，请问这合理吗？主要是第二个标准达不到要求，请问能否将第二个标准降低，比如50%长度，有没有什么金标准？ 望老师回复，感谢万分！ 祝好！

文章 100个接收基因家族分析类论文的期刊汇总！速领！

...的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图...

问题 老师，您好，最近做的bHLH转录因子的文章，我做序列比对的时候需要先知道它有几个亚家族吗是要从亚家族里边找出来几个氨基酸序列进行比对，怎么确认水稻和拟南芥属于这个亚家族，还是把物种的所有序列都比对，比如，拟南芥有二百多条，水稻有一百多条等，谢谢您

文章 绘制venn图，2-7维

library(ggVennDiagram)#&gt; Warning: package 'ggVennDiagram' was built under R version 4.2.3genes <- paste("gene",1:1000,sep="")set.seed(20210419)x <- list(A=sample(genes,300),          B=sample(genes,525),          C=sample(genes,440),          D=sample(genes,440),    ...

文章 还不知道，如何选择适合自己的项目管理软件?

...的功能。 8、安全性能因素 有些项目管理软件有相对更好的安全性。如果安全问题很重要，那么就要特别注意对项目管理软件、每个项目文件及每个文件数据资料的限制访问方式。        我们应该在实际应用的过程中...

文章 博士生存现状：被延期、被退学、抑郁自杀、Science“官方劝退”

...真的热爱的话，那还是去做些别的事情吧，未尝不是一个更好的选择。最后：好好读书，依然是通向美好未来的捷径即便各方都劝退，学霸姐姐还是想说，那些名校毕业的博士们薪资待遇还是会明显高于普通人，这是一条捷径，...