找到约 15 条结果

文章 R magick 包安装包错

做富集分析这里报错： In bitr(DEG_list, fromType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) :   26.02% of input gene IDs are fail to map... --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: --> return NULL... NULL Error in (function (classes, fdef, mta...

问题 相关系数矩阵

计算OTU间两两相关系数矩阵 ，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数（the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR)）矫正。具体如何实现呢，望大神赐教！！

问题 DANPOS3分析MNase-seq数据

...iple命令比较两组数据，出现下面的报错 ValueError: math domain error R[write to console]: Warning messages: R[write to console]: 1: R[write to console]: In ppois(q, avg, lower.tail = FALSE, log = TRUE) : R[write to console]:  NaNs produced R[write to console]: 2: R[write to...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：Segmentation fault

...f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/miniconda/envs/qiime1/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.   warnings.warn('Matplotlib is building the font cac...

文章 单细胞转录组测序简介

...ek AK, Villani AC, Regev A, Levin JZ. Systematic comparison of single-cell and single-nucleus RNA-sequencing methods. Nat Biotechnol. 2020 Jun;38(6):737-746. doi: 10.1038/s41587-020-0465-8. Epub 2020 Apr 6. Erratum in: Nat Biotechnol. 2020 Apr 27;: PMID: 32341560; PMCID: PMC7289686.延伸阅读 GEO...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...称LSU，即23S和28SrRNA）。目前其最新数据库版本为SILVA SSU andLSU databases 128，更新时间为2016年9月29日，最新版本数据库包含的数据信息见下表1所示。 表1 SILVA SSU andLSU databases 128数据库基本参数信息  SSU参考序列SSU非冗余参考序列...

文章 Dsuite软件安装时编译报错

在安装Dsuite软件时遇到make报如下错误： Dsuite_common.cpp: In function 'int assignNumLinesToAnalyse(int, int, const std::string&)':Dsuite_common.cpp:124:45: error: 'istream_iterator' is not a member of 'std'  124 |         VCFlineCount = (int)std::count(std::istream_iterator&...

文章 merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

...所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例： Chr00   Cufflinks       exon    37990   38333   .       +       .       gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000001"; exon_number "1"; gene_name "MD00G1000200"; oId "CUFF.2.1"; nearest_ref "mRNA:MD00G1000200"; class...

文章 Muscle 进行多序列比对

MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件，在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/...

文章 NCBI基因组数据格式修改

...      -gff        genoma gff file           <infile>      must be given        -fa         genoma fasta file         <infile>      must be given        -p          protein fasta file       ...

文章 如何计算蛋白序列的长度、分子量、等电点等信息

...度、分子量、等电点信息。 使用方法： perl  stat_protein_fa.pl  pep.fa  pep.stat.xls pep.fa ：是输入的蛋白质序列； pep.stat.xls ：为输出文件。 perl脚本代码如下： #北京组学生物科技有限公司#email: huangls@biomics.com.cndie "perl $0 ...

问题 devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")运行错误

我在采用TCGAbiolinks下载TCGA数据时，出现了“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的代码，然后按照社区里的解决方案运行了代码 结果一直报错，显示Error in utils::download.file(url, path, method = download_method()...

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

... Juan,Wang Shoudong,He Cunman et al. Identification of regulatory networks and hub genes controlling soybean seed set and size using RNA sequencing analysis.[J] .J. Exp. Bot., 2017, 68(8): 1955-1972.

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

... Juan,Wang Shoudong,He Cunman et al. Identification of regulatory networks and hub genes controlling soybean seed set and size using RNA sequencing analysis.[J] .J. Exp. Bot., 2017, 68(8): 1955-1972.

文章 基因家族分析--低成本SCI文章思路

...alysis of the potatoHsp20gene family: identification, genomic organization and expression profiles in response to heat stress:[J]. Bmc Genomics, 2018, 19(1):61. 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习...