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文章 NCBI基因组数据格式修改

...      -gff        genoma gff file           <infile>      must be given        -fa         genoma fasta file         <infile>      must be given        -p          protein fasta file       ...

文章 如何计算蛋白序列的长度、分子量、等电点等信息

...度、分子量、等电点信息。 使用方法: perl  stat_protein_fa.pl  pep.fa  pep.stat.xls pep.fa :是输入的蛋白质序列; pep.stat.xls :为输出文件。 perl脚本代码如下: #北京组学生物科技有限公司#email: huangls@biomics.com.cndie "perl $0 ...

问题 devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")运行错误

我在采用TCGAbiolinks下载TCGA数据时,出现了“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的代码,然后按照社区里的解决方案运行了代码 结果一直报错,显示Error in utils::download.file(url, path, method = download_method()...

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

... Juan,Wang Shoudong,He Cunman et al. Identification of regulatory networks and hub genes controlling soybean seed set and size using RNA sequencing analysis.[J] .J. Exp. Bot., 2017, 68(8): 1955-1972.

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

... Juan,Wang Shoudong,He Cunman et al. Identification of regulatory networks and hub genes controlling soybean seed set and size using RNA sequencing analysis.[J] .J. Exp. Bot., 2017, 68(8): 1955-1972.

文章 perl对文件夹处理

...ir()获取目录权柄;readdir()读取目录下文件 #!/usr/bin/perl -w $dirname = "/tmp";         #指定一个目录opendir ( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirnamen";while(($filename = readdir(DIR))){print("$filenamen");       #循环输出该目录下的文件...

文章 基因家族分析--低成本SCI文章思路

...alysis of the potatoHsp20gene family: identification, genomic organization and expression profiles in response to heat stress:[J]. Bmc Genomics, 2018, 19(1):61. 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习...

问题 在GDC数据库下载数据出错

...  directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unz...

问题 GEOquery 下载不了数据

...12093_eSet.Rdata')b = eSet[[1]]raw_exprSet=exprs(b) phe=pData(b)library(stringr)group_list= str_split(as.character(phe$title),' ',simplify = T)[,1]save(raw_exprSet,group_list,     file='GSE112093_raw_exprSet.Rdata') 这是生信大佬的代码 我只改了GSE数据集,但是就提示下载不...

文章 R语言基础入门—函数

...的 R 函数。 # Create a sequence of numbers from 32 to 44.print(seq(32,44))# Find mean of numbers from 25 to 82.print(mean(25:82))# Find sum of numbers from 41 to 68.print(sum(41:68)) 当我们执行上面的代码,它产生以下结果 : [1] 32 33 34 35 36 3...

文章 IF=4.3 | 秋茄树SOS1基因家族分析

...MC Plant Biology》发表了一篇题为“SOS1 gene family in mangrove (Kandelia obovata): Genome-wide identification, characterization, and expression analyses under salt and copper stress”的SOS1基因家族分析文章。” SOS(salt overly sensitive)是协调耐盐相关的信号通路...

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...arine Biology, 1995, 123(1):179-188. Saeb A T M, Grewal P S. Phylogenetic and Population Genetic Structure Of the Yellow Spotted Longicorn Beetle Psacothea Hilaris[J]. Advances in Life Sciences & Health, 2015:1-11. 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现...

问题 根据log文件判断进化树最佳模型

... 结果如下:  1 IQ-TREE multicore version 2.2.2.2 COVID-edition for Linux 64-bit built Nov 16 2022       2 Developed by Bui Quang Minh, James Barbetti, Nguyen Lam Tung,       3 Olga Chernomor, Heiko Schmidt, Dominik Schrempf, Michael Woodhams, Ly Trong Nhan.       4       5 Hos...

文章 cBioPortal数据库使用教程

...ional cancer genomics data.Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal. 大规模的癌症基因组计划,比如The cancer genome atlas(TCGA) and the International cancer genome consortium(ICGC),正在从多技术平台产生更多的癌症基因...

问题 老师,求助,转录组差异表达基因分析报错

.../4.expression/all_gene_fpkm.tsv -r S3 --fdr 0.01 --fc 2 -p S3_vs_S4 Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR Loading required package: limma [1] "abstract_factors is start" [1] "abstract_factors is over" [1] "read count data ..." Error in read.table(file = file, hea...