找到约 15 条结果

文章 外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

...上：FERMT1 (MIM 607900) and MCM8 (MIM 608187),其中  FERMT1 突变(NM_017671:c.293G>A, p.R98H) 先前报道过为有益突变(rs137862671)，最终，只有MCM8 (NM_032485) c.446C>G这个新生突变（不存在与1000G和ESP数据库当中）与POF相关。MCM8变异信息如下： 一...

问题 老师，麻烦问一下制作基因结构图时，gene_exon_info.gff文件始终为空的，

图1为GFF文件，图2 为_domain_new_out_removed_redundant,txt文件

问题 Use of uninitialized value $l in numeric lt (

bcftools mpileup -Ou -f 02428.genome.fa I662_sorted_dedup_reads_realigned.bam.recal.bam| bcftools call -c| vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 100 | gzip > 3dilpoid.fq.gz 做PSMC的准备文件vcfutils.pl vcf2fq总是报错Use of uninitialized value $l in numeric lt (<) at vcfutils.pl line 566. 

问题 用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0

...rasick-0.2.4.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/gs-core-1.3.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/scala-library-2.10.1.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/jfreechart-1.0.19.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/t...

问题 braker报错

# Tue Jan 16 17:02:31 2024: Did not find environment variable $AUGUSTUS_BIN_PATH (either variable does not exist, or the path given in variable does not exist). Will try to set this variable in a different way, later. # Tue Jan 16 17:02:31 2024: Trying to guess $AUGUSTUS_BIN_PATH from $AUGUSTUS_CON...

文章 NCBI批量下载数据,省时又省力

...mentParser(description='This script is used to fasta from ncbi ')parser.add_argument('-t','--term',help='input search  term : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3837/#_EntrezHelp_Entrez_Searching_Options_',required=True)parser.add_argument('-d','--database',help='Please input database to search ...

问题 老师您好！物种里面只能在ncbi找到全基因组数据，只有fna和gbff文件，缺乏数据应该怎么解决呢？

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_007927625.1

文章 蛋白质比对结果快速分类taxid

... <unistd.h> #include <pthread.h> #include "uthash.h" struct my_struct { char accession[50]; int taxid; UT_hash_handle hh; }; struct thread_arg { char input_filename[256]; char output_filename[256]; }; void add_accession(struct my_struct **s, char *accession, int ta...

文章 OrthoFinder 输出结果文件说明

...p）。其中每个 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Orthogroup_Sequences 文件夹中，单拷贝 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Single_Copy_Orthologue_Sequences 文件夹中，orthogroup 的统计信息存放在 Comparative_Genomics_Statistics、Orthogroups 文件夹中...

文章 VG 泛基因组call 变异

...more than 256 bp and index the graphvg mod -t 32 -X 256 graph.vg > graph_mod_chopped.vgvg index -t 32 -x graph_mod_chopped.xg graph_mod_chopped.vg#2. Prune the graph with kmer size 45 and index the graphvg prune -t 32 -k 45 graph_mod_chopped.vg > graph_mod_chopped_pruned.vgvg index  -b ./tmp ...

文章 HiC-Pro 报错检索解决

...面去查看Makefile这个文件，看一下第一步是什么： HiC-Pro_3.1.0/scripts/Makefile 发现第一步运行的是这个脚本： 到这个sh文件里面去查看，发现报错是由于config文件里面的BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS变量缺失： 我们去检查config-hicpro.txt里...

文章 Perl语言里面$.代表什么意思

...有很多的系统变量，起着重要的作用，例如经常用到的 $_ ， $@ 变量。还有一些不常用到的，例如这里说的 $. 。 $.  代表前一次读的文件句柄的当前行号，在读文件时可以用到。 open (IN,"$in") or die $!;while (<IN>) {chomp;next if ...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

...yte.Smart%2Dseq2.TPM.txt.gz #空格改成tab，引号去掉 zcat GSE146771_CRC.Leukocyte.Smart-seq2.TPM.txt.gz |sed -e 's/ /\t/g' -e 's/"//g' |gzip - > Smart-seq2.tpm.tsv.gz #CellName 放在第一列作为细胞ID和TPM矩阵保持一致 zcat GSE146771_CRC.Leukocyte.Smart-seq2.Metadata.txt.gz |...

问题 请问老师，有没有脚本可以批量删除一个fasta文件中，序列ID中包含g2和orf2的序列

比如上图中，想删掉>c113288_g2序列，请问老师有可以批量进行删除的脚本么？谢谢！

问题 index.sh构建索引时，其他文件都正常，但是这个unknown_refGeneMrna.fa文件是空的

WARNING: Cannot identify sequence for PH02Gene38415.t1 (starting from hic_scaffold_16:44053792) NOTICE: Finished writting FASTA for 0 genomic regions to unknown_refGeneMrna.fa