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问题 运行MCScanX-transposed计算kaks是出现以下情况

rm: cannot remove 'temp7734.*': No such file or directory

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错

...are()`: ! Must group by variables found in `.data`. • Column `cluster` is not found. Backtrace:     ▆  1. ├─obj.markers %>% group_by(cluster) %>% ...  2. ├─dplyr::top_n(., n = opt$top_n, wt = avg_log2FC)  3. │ └─dplyr::filter(...)  4. ├─dplyr::group_by(., cl...

问题 关于ka/ks报错

...，在进行ka/ks计算的时候，发现输入指令/biosoft/KaKs_Calculator2.0/src/AXTConvertor dup_gene_paired1.phy dup_gene_paired1.axt，总是出现错误，zsh: no such file or directory: /biosoft/KaKs_Calculator2.0/src/AXTConvertor，应该怎么处理？我用的是咱们网站上下载的...

问题 bio-linux中用hmmsearch遇到问题

用NB-ARC.hmm搜索拟南芥的蛋白质保守结构域时，运行显示fatal exception(source file fwdback.c, line 459)；foeward score is NaN。再次运行显示segmentation fault

问题 docker无法连接了

...ocker: Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?. See 'docker run --help'. (base) [libowen@manage gwas]$ 

文章 perl中读取和写出Excel的包，xls，和xlsx

..._range();printf "%15s %15s %15s",'first_row','second_row','third_row'."\n";for my $row ( $row_min .. $row_max ) {    for my $col ( $col_min .. $col_max ) {        my $cell = $worksheet->get_cell( $row, $col );        next unless $cell;        my $va=$cell->value();        pri...

问题 在callsnp过程中形成db文件时出错，但是可以形成db文件夹，我继续往下做，gvcf转化成vcf得到的结果文件没有SNP行，只有上边的注释行和表头

...GenomicsDBImport - GenomicsDBImport cannot use multiple VCF reader threads for initialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization. 15:54:41.529 WARN  IntelInflater - Zero Bytes Written : 0 15:54:41.529 WARN  IntelInflater - Zero Bytes ...

问题 这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

for species in Anser_brachyrhynchus Equus_caballus Homo_sapiens Mus_musculus Oryctolagus_cuniculus Ovis_aries_rambouillet Sus_scrofa.Sscrofa;do      genome=$datadir/$species.genome.fa.gz   gff=$datadir/$species.gff.gz   #保留蛋白编码基因   agat_sp_filter_feature_by_attribute_value...

问题 加载镜像出问题

...c1eb35b2f2eec9aa6465adce7b47edfc598/.tmp-committed1222550407: no such file or directory 加载镜像出问题

问题 利用MeV绘制基因热图时出现问题

...并没有默认第一列为基因ID，不显示紫色背景，显示There is no spot data available，请问这个问题怎样解决？

问题 关于课程中TCGA差异基因表达代码-问题

...达量大于2quant <- apply(rawdata,1,quantile,0.75)    keep <- which((quant >= 2) == 1)rawdata <- rawdata[keep,]dim(rawdata)#基于样本的编号，判定是癌症还是正常样本，第14位1为癌症，0为正常组织。group <- factor(substr(colnames(rawdata),14,14))    s...

问题 R语言源码安装包报错！

...关键语句：D:/Program Files/R/R-3.6.3/include/glib.h:30:26: fatal error: glib/galloca.h: No such file or directory

文章 文献-子宫内膜癌-单细胞与空间转录组联合分享

...MC10110842. 数据： 单细胞：Single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data for 5 patients with EAC (GSE173682) 空间转录组：spatial transcriptomic data for one patient with EC (GSM6177623 in GSE203612) were downloaded from Gene Expression Omnibus (GEO). TCGA数据：TCGA-UCEC project from TC...

问题 bio-linux中用hmmsearch遇到问题

用NB-ARC.hmm搜索拟南芥的蛋白质保守结构域时，运行显示fatal exception(source file fwdback.c, line 459)；foeward score is NaN。再次运行显示segmentation fault。麻烦老师看看是什么问题，非常感谢！！

问题 注释完绘图出现报错信息

...器，没有用docker镜像。出现 Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’ Execution halted 检查R里已经安装了getopt，调用这个R包也是正常的，但是perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp就会报错。