问题 请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。只有一部对比上的，到底如何取舍呢？这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

文章 从gff文件当中提取对应转录本ID的基因结构信息用于GSDS绘制结构图脚本更新

... 脚本下载地址：get_gene_exon_from_gff.pl  可下载替换以前的版本。

问题 老师请问我想做4个物种间的共线性分析，思路是和3个物种间的一样吗？我不知道该怎样排布这4个物种

问题 老师，您好，我在用PSMC分析有效群体大小（Ne）时，跑出来的psmc.fa文件总是空的，不知道是什么原因，是因为测序深度不够吗？

文章 泛基因组视频课程介绍

...ceTubeMap，是一个专门用于可视化泛基因组的工具，为网页版本，也提供一个示例网站：https://vgteam.github.io/sequenceTubeMap/。这个工具绘图最炫酷，还支持read比对结果可视化，方便后续特定基因不同单倍型分析，我们在课程里进行了...

问题 基因家族鉴定

老师你好，我所鉴定的基因对应的物种的基因注释文件有1.2和2.0版本的，我用2.0版本的进行鉴定可以得到八十多条基因，但是用1.2版本的去鉴定用同样的方法却得到几百条基因，这是什么原因呢？

文章 biolinux操作系统简介

...code2.3.3-2Biocode plugin for Geneious workbenchGeneious workbech的Biocode插件biojava1.7.1-3Open-source Java framework for processing biological data.Java生物信息相关包blast1:1bl-7Rapid searching of nucleotide and protein databases.最著名的序列比对软件blast+1:1bl1Blast+ contains ...

文章 详细介绍如何利用iTOL在进化树中用颜色体现样品分组信息

...简单，小编就来讲讲怎样实现吧。 使用的工具是iTOL这款在线软件，可点这里 绘一棵超酷炫的系统发育树 了解iTOL的使用方法。基础的使用方法就不再讲述了，只对配置文件进行说明。 方法一：标签颜色区分样品分组 利用标...

问题 老师好，请问在做McscanX分析时，从gff提取的geneID与pep.fa文件的ID不一样，无法提取出蛋白序列，那怎么办？

问题 群体结构分析

请问老师，家系和野生的群体核酸多样性总pi值没有差异，但是LD衰减分析看是野生的衰减速度更快，这两个结果不相符合唉？这是什么原因呢？不应该是衰减速率快的种群可能拥有更高的核酸多样性吗？

问题 老师，在做共线性分析的时候，在gff文件中提取出来的基因位置信息和ID号，与蛋白质文件中的ID号不一致，一个为基因号，一个貌似为转录本的号，所以提不出来蛋白序列，这种情况应该怎么办呢？并且有些基因在哪条染色体上也没有研究清楚好像，所以提出来的有些基因的染色体号为0，那如果这样的话还可以往下做共线性分析吗

问题 基因家族分析：要是GFF文件中没有mRNA这一项的话，应该怎么处理加上这一行？我看有加gene这一行的，不知道怎么加mRNA这一项

问题 老师您好，我正在做泛基因家族分析中，家族成员存在缺失分析，需要准备泛基因组列表，前面通过学习咱们得泛基因集构建课程，生成了 final.last.gene.pair.txt 文件，整理格式之后不正确

老师您好，我正在做泛基因家族分析中，家族成员存在缺失分析，需要准备泛基因组列表，前面通过学习咱们得泛基因集构建课程，生成了 final.last.gene.pair.txt 文件，我的文件为: 现在需要整理成需要的格式，参考教程awk -F"\t|-|...

文章 Cox与KM生存分析及结果解读

...据挖掘生物信息文章（宫颈癌）GEO数据挖掘直肠KM-plotter在线做生存分析GEO数据如何挖掘？案例解析！免费领取生信课程（适合小白自学生信）《Linux生信分析环境搭建Bio-linux》细述ceRNA网络研究思路TCGA数据挖掘文章-分析ceRNA的“...

问题 老师，您好，昨天我跟着您的视频在docker上做blast分析，但我不知道怎么从第一个界面退回第二个界面，请问是需要按哪个按键？