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文章 CentOS 7 yum安装报错

...ot retrieve mirrorlist http://mirrorlist.centos.org/?release=7&arch=x86_64&repo=extras&infra=stock error was14: curl#6 - "Could not resolve host: mirrorlist.centos.org; Unknown error" One of the configured repositories failed (Unknown), and yum doesn't have enough cached data to contin...

文章 fastq文件查看指定序列

...用到下面的命令来查看。 zcat /share/nas1/DATA/zx-20180122-15/XM8_H33TNDMXX_L1_2.clean.fq.gz |grep -E "A00164:71:H33TNDMXX:2:2438:30400:20353" -C 4 >xm8-2.txt & 其中zcat可以查看fastq压缩文件，grep 匹配序列ID，参数 -C 4 可以输出匹配行的前后四行。

问题 老师，请问sample type出现这种情况怎么解决，麻烦老师解惑一下，谢谢啦。

...R包> library(TCGAbiolinks)> library(SummarizedExperiment)> work_dir <-"D:/Rtcga/TCGA/share/lab/"> # 设置程序参数> tcga_project <- "TCGA-OV"> data_category <- "DNA Methylation"> platform <- "Illumina Human Methylation 27"> sample_type <- "Primary solid Tu...

文章 运行Linux版本ProteoWizard中的chainsaw工具时报错

...切结果 运行命令： chainsaw test.fasta 报错： locale::facet::_S_create_c_locale name not valid 解决： 在当前环境中运行命令 export LC_ALL=C; unset LANGUAGE 之后再操作chainsaw工具，屏幕输出： Reading database: test.fasta Finished reading database. Digesting...

问题 用4d位点跑mcmctree报错Error: strange calibration?.

老师好，我的工作文件是 12.time_tree_4d日志文件报错显示： ——————————————————输入文件如下 序列文件： 标记两个分化节点的树文件： （树文件来源 ln -s ../03.Phylo_Tree/raxml.4d.raxml.support species.tre） （分...

问题 运行mcmctree报错2.0

...别的什么结果运行cafe5吗 —————————— 11.time_tree_BV_2.sh.o 日志文件显示如下 ————————————  mcmctree mcmctree1.ctl >run1.o 日志文件显示如下： PAML 软件中的 MCMCTREE 工具， finetune 参数现在已经被废弃了。 ...

文章 用R语言快速合并大量表格文件

...面R代码实现： library(plyr)filenames=list.files(".",pattern = "*_counts.tsv")datalist = lapply(filenames, function(x){  read.table(file=x,header=T,sep = "\t",check.names = F)})dd=join_all(datalist,by="id", type="full")  #注意指定文件共同的列明by， type 也有left 以第一个...

文章 cactus-bin-v2.9.9 安装笔记

...ATH=$(pwd)/bin:\$PATH\nexport PYTHONPATH=$(pwd)/lib:\$PYTHONPATH\nexport LD_LIBRARY_PATH=$(pwd)/lib:\$LD_LIBRARY_PATH\n" >> venv-cactus-v2.9.9/bin/activatesource venv-cactus-v2.9.9/bin/activatepython3 -m pip install -U setuptools pip wheelpython3 -m pip install -U .python3 -m pip install -U -r...

文章 ANNOVAR琳琅满目的人类变异信息注释数据库

...n 0.3）。是0.3版外显子集合联合中报道过的variants。‘ljb26_all’ for various functional deleteriousness prediction scores from the dbNSFP database（version 2.6）。dbNSFP: A Lightweight Database of HumanNonsynonymousSNPs and TheirFunctionalPredictions on ResearchGate。‘cli...

文章 perl 多线程

...回所有已经创建的线程；             threads->is_joinable()，返回目标线程是否已经完成，等待join；             其他的在perldoc上了，字母文字好长。就不翻译了。-------------------------------------------------------- #beginuse...

问题 在eclipse中安装statET时出现问题

...alware.de/eclipse-4.5/mylyn/plugins/org.eclipse.mylyn.wikitext.textile.core_2.10.0.v20160630-1705.jarConnection refused: connect，求大神帮忙解决，谢谢！

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)

...t数据和metadata数据无需解压可直接读入 Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r \ --count GSE149614_HCC.scRNAseq.S71915.count.txt.gz \ --metadata GSE149614_HCC.metadata.updated.txt.gz \ --nUMI.min 500 \ --nUMI.max 75000 \ --nGene.min 250 \ --mito.gene.pattern "^MT.*-" \ --percent_...

问题 使用plink做pca分析时报错

...ith e.g. --chr-set.) 使用的命令如下： plink --vcf  $workdir/2022_clean.vcf.gz --pca 10 --out  plink_pca   \    --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#    --vcf-half-call missing 请问是什么原因？

文章 怎么做一张好看的分类学树状图

...n/:$PATH GraPhlAn 主程序 GraPhlAn有两个主要的脚本： graphlan_annotate.pygraphlan.py 其中第一个（graphlan_annotate.py）用于将注释文件绑定到输入树。 graphlan_annotate.py --annot annotation_file.txt input_file.txt new_input_file_name.xml 注释文件可以与树...

问题 老师你好，构建进化树16S分析一直出错

...建16S进化树时一直提示这个 Plugin error from phylogeny: work/my_amplicon/tmp/q2-AlignedDNAFASTAFormat-3r8bwdoj is not a(n) AlignedDNAFASTAFormat file:   The sequence starting on line 2 was length 404. All previous sequences were length 0. All sequences must be the same length for Ali...