...生存率低于5%，是目前主要致死的癌症之一。如何结合多个公开数据库数据分析和挖掘此类癌症临床诊断和预后的关键基因呢？这里就给大家介绍一篇文献：基于共表达分析鉴定胰腺导管腺癌进展与预后的10个关键基因。 数据来...
数据下载 wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE145370&format=file" -O GSE145370_RAW.tar#解压tar xvf GSE145370_RAW.tar 准备map.txt 文件： #accession SampleID gender age pathological_stage tissue_type patient GSM4317409 S133A Male 60 IIIB T S133 GSM4317410 S13...
...C D1 a b a c2 c k b d3 c k c c4 d e q k5 e f g l6 h g h q7 j f q k8 a b a c9 e f g l10 o o l m duplicated(dat) [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE dat是一个十行的数据框，其中第8行和第...
...功能提供数据支持。针对单细胞数据的挖掘也使我们从一个全新的角度来解析我们的数据。近年来，关于单细胞数据挖掘的文章相对新颖也容易发高分，这里小编介绍一篇单细胞数据挖掘的SCI文章（影响因子6.68）。同时，我们...
...q -S out.sam常用的参数进行比对，可以更改其中的参数获得更好的结果bowtie2 -q --phred33 --sensitive--end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned --un-conc unconc --al-concalconc -p 6 --reorder -x <bt2-idx> {-1 <m1gt; -2 <m2> | -U<r>} -S [<hit...
... 分区编号：主分区1-4 ，逻辑分区5…… 。主分区最多 4个 LINUX规定：逻辑分区必须建立在扩展分区之上，而不是建立在主分区上 分区作用： 主分区：主要是用来启动操作系统的，它主要放的是操作系统的启动或引导...
...必须增加新的分析内容才能有所突破。今天给大家介绍一个能给文章增色的分析内容--基因共表达网络分析（WGCNA），该分析对样品数有一定要求，建议不少于15个，不过现在测序便宜了，达到这个数量已经不是难事了。下面就给...
转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合。其Protocol 发表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 其中StringTie 在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的...
运行下面命令报错：psmc_plot.pl -u 2.5e-8 -g 1 -p /work/05.PSMC/psmc/Fig/B176 B176.psmc 什么原因啊？？谢谢
...高方差基因上运行，则分解速度要快得多，并且可以找到更好的模式。还可以提供每个细胞归一化的输入文件，以便可以根据该归一化来计算最终的基因表达程序。 此外，此命令还将要运行的特定分解作业分配给不同的workers（...
...验结果的概率称为p值。假阳性：得到了阳性结果，但这个阳性结果是假的。假阴性：得到了阴性结果，但这个阴性结果是假的。 单次检验： 针对单个基因（蛋白），采用统计检验，假设采用的p值为小于0.05，我们通常认为这...
使用方法 $ Rscript $scriptdir/immune_box_plot.r -husage: immune_box_plot.r [-h] -i filepath -m filepath -g group [-b groupby] ...
...分。 本篇文章讲解一篇文献：利用外显子测序技术在一个近亲结婚家庭中发现基因MCM8第5个外显子上c.446C>G隐性突变，导致该基因失活，从而导致卵巢早衰；并通过Sanger测序验证该家系其他成员有卵巢早衰症的亲属都带有此突...
...肉瘤，是一种恶性骨肿瘤，多出现早期转移和高死亡率。更好的研究和探索骨肉瘤早期转移的分子机制将有利于进行癌症的治疗，刚好这里就给大家介绍一篇利用公共数据分析的文献：基于共表达分析鉴定骨肉瘤转移相关基因。...
...控制搜索的灵敏度 -b：设定输出文件中，最多显示多少个query-subject两两比对文本描述，默认值 为250 -v：设定输出文件中，匹配列表最多显示多少个subject，默认值为500 -m：设定搜索结果的显示格式，m参数的选项有12个(通常用-m...