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文章 linux常用技巧

...   # Wait for 10 minutes    sleep 600done 可以把该脚本用&挂在后台，该脚本可以让系统资源异常占用或磁盘快满的时候通知你

文章 图片去除大块黑色区域

在使用MEGAN软件绘制分类学树状图时，如果物种较少，生成的图片会有大片的黑色区域，很不美观。那怎样去除呢，请看下面脚本： 脚本运行命令： python /share/work/wangq/script/work/png_black.py -i /share/nas1/fanyc/project/zx-20171030-47_21_ITS/2...

文章 安捷伦Agilent 外显子捕获试剂盒捕获区域bed文件下载

...安捷伦的SureSelect 系列试剂盒，那么他们的捕获区域可以在其官网下载：https://earray.chem.agilent.com/suredesign/index.htm 登录之后点击："Find designs->SureSelect DNA->Agilent Catalog： 然后就得到了，各种试剂盒捕获区域文件，可以下载；...

问题 成功安装WGCNA包后，调用时报错

...的bioconductor方式下载了WGCNA包，然后进行了GO.db包的下载和一些更新，之后再次加载就报错了，似乎是解压出了问题？该如何解决，谢谢 > BiocManager::install("WGCNA") Bioconductor version 3.8 (BiocManager 1.30.4), R 3.5.2 (2018-12-20) Installing packag...

问题 运行GDCprepare(query, save=FALSE)时错误

...NT_short)) > GDCdownload(query = queryDownSd, files.per.chunk = 10) 在运行下面这一步时提示error，是不是因为最早sampleDown时只取了case？ > dataPrep1 <- GDCprepare(query = queryDownSd, save = FALSE) Error in `vectbl_as_col_location()`: ! Can't subset columns pas...

文章 MCscan报错——kpsewhich命令缺失

最近在linux系统下安装jcvi用来做共线性分析，安装时都很顺利，但是运行时总会报错。 MCscan报错信息：    File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 357, in dotplot_main    title=opts.title, std...

文章 Windows Terminal 安装与配置指南

...ws Terminal 要求 Windows 10 1903 (build 18362) 及以上版本。 WT 现在已经上架 Microsoft Store，所以直接在商店里搜索安装即可。 2.配置 安装完成之后，WT 默认是长这样的： 修改配置： 可以复制以下内容直接配置文件profiles.json： // ...

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

...ailable, Unimplemented function call Execution halted 解决办法： 在使用igraph的测试用例时，发生GLPK相关的报错：> g <- make_graph("Zachary") > oc <- cluster_optimal(g) Error in cluster_optimal(g) : At optimal_modularity.c:85 : GLPK is not available, Unimplem...

问题 GATK报错Caused by: java.io.IOException: Input/Output error

老师您好！我在使用gatks生成gvcf文件时，报错，想麻烦老师帮忙看看是什么原因导致的呢？命令：/opt/biosoft/gatk-4.4.0.0/gatk HaplotypeCaller -R genome.fasta -I LSL1.MD.bam -ERC GVCF -O LSL1_test.g.vcf --pcr-indel-model CONSERVATIVE --sample-ploidy 2 --min-base-qual...

文章 三代纠错软件LoRDEC安装

...ined-reference-to-clock-gettime-adding-librtdef-lrt-to-makefile-does-n： 在 lordec-src_0.9/Makefile 文件中，找到LDFLAGS 末尾添加 -lrt 保存重新 make clean all -j8： 问题解决

文章 pennCNV软件linux系统安装

...ollect2: ld returned 1 exit statusmake: *** [khmm.so] Error 1 本人谷歌和查找说明文档，说GCC必须是4版本，而且perl版本要低于5.14.2:，于是安装低版本perl： wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.14.2.tar.gz tar xvfz perl-5.14.2.tar.gzcd perl-5.14.2./Configure -de...

文章 去除fasta或fastq文件中ID重复的序列

fastq和fasta 文件中序列ID都是唯一的，如果出现不唯一的情况，就需要给他去重复。这有一脚本可 实现此功能。 脚本帮助： UsageForced parameter:-fa        fasta file           <infile>-fq fastq file   <infile>-fq1 fas...

问题 perl脚本去除fa文件中ID重复的序列

老师，晚上好！我在网站中看到您的文章《去除fasta或fastq文件中ID重复的序列》，我之前还没有接触过perl语言。在我直接复制运行脚本的时候，出现了^Two-argument "open" used的报错。希望得到老师的帮助！下面是我复制运行的脚本...

文章 根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

....py [-h] input_fastq_gz output_file2，使用perl脚本根据这个id文件和原始数据生成所需的cleandatause Bio::SeqIO; use Bio::Seq; use Term::ProgressBar; if (@ARGV == 3) { my ($id_file, $fq1_file, $out1_file) = @ARGV; filter_fastq($id_file, $fq1_file, $out1_file); } elsif (@A...

问题 误: 无法分配大小为7.4 Mb的矢量 Killed after 9 m

...，不仅不能解决而且，R软件直接退出去了，请问老师该怎么解决，如果优化代码，该如何优化，希望老师解惑，这个问题一直困扰无法进行下一步。 > # 加载R包 > library(TCGAbiolinks) > library(SummarizedExperiment) 载入需要的程...