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文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

...event event set event column name must 0 or 1 code format [required] -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...] variate for cox analysis [required] -b blocksize, --blocksize blocksize N...

文章 Perl读写Excel

...rseExcel::FmtUnicode;my $parser   = Spreadsheet::ParseExcel->new();my $formatter = Spreadsheet::ParseExcel::FmtUnicode->new(Unicode_Map=>"CP936");  #修正中文乱码问题my $workbook = $parser->parse($ARGV[0], $formatter);     if ( !defined $workbook ) {    die $parser->erro...

文章 合并不同sample的vcf文件，通过bcftools

...t write on standard output, keep original files unchanged -f, --force overwrite files without asking -@, --threads INT number of compression threads to use [1]   2. 对生成的vcf.gz进行index： bcftools index [options] <in.bcf>|<in.vcf.gz> -t, --tb...

问题 重复序列注释的问题

...请问老师该怎么解决： Reading liftover chains Couldn't open /work/data/genome.chain , No such file or directory 另：在一次全部运行 01.Repeat.sh时，如果中间出现报错，是要重新运行 01.Repeat.sh 吗？能不能续跑？比如我在运行中出现了上面

文章 TukeyHSD报错

...n TukeyHSD.aov(., ...) : no factors in the fitted model Calls: %>% ... is.data.frame -> <Anonymous> -> TukeyHSD -> TukeyHSD.aov In addition: Warning message: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: group1 Execution halted 数据框组代表的变...

问题 老师们好，在生成gvcf文件合并vcf文件时，出现这种警告信息，请问是什么原因，如何处理啊？

...ch as  PL, with length equal to the number of genotypes will NOT be added for this sample for this locatio

文章 文献-子宫内膜癌-单细胞与空间转录组联合分享

...MC10110842. 数据： 单细胞：Single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data for 5 patients with EAC (GSE173682) 空间转录组：spatial transcriptomic data for one patient with EC (GSM6177623 in GSE203612) were downloaded from Gene Expression Omnibus (GEO). TCGA数据：TCGA-UCEC project from TC...

问题 用TBtools绘制两个物种的进化树+motif+基因结构三连图时报错问题

... do       NOT present in gff/gtf file.      Examples of valid IDs is showed as bellowedGuess FileType is:GTFtranscript:AT1G03987.1transcript:AT1G01020.6transcript:AT1G01010.1transcript:AT1G01020.3transcript:AT1G01020.2transcript:AT1G01020.5transcript:AT1G01020.4transcript:AT1G01020.1transcr...

文章 docker在windows系统和mac系统中安装

...最下面 启用或关闭Windows功能 选中Hyper-V 2、Docker for Windows的安装 最新版 下载地址： https://www.docker.com/get-docker 点击 Download Desktop and Take a Tutorial，并下载 Windows 的版本： 根据不同的平台下载对应的版本： 下载stable版...

文章 跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析（PCA）

...                                     package="seqinr"), format = "mase") 查看mase.res数据集的格式，若不理解可使用?as.alignment查看该类的描述。 > mase.res$nb[1] 6$nam[1] "Langur" "Baboon" "Human"  "Rat"    "Cow"    "Horse" $seq$seq[[1]][1] "-kiferc...

问题 WGCNA安装以及运行问题？

1.WGCNA安装，安装后警告“package ‘GO.db‘ is not available”。GO.db包未安装成功对后期结果运行有影响么？ 2.运行代码“gsg = goodSamplesGenes(datExpr0, verbose = 3)”，显示“Error in gsg = goodSamplesGenes(datExpr0, verbose = 3) :could not find function "good...

问题 MutMap_framework1.4.4

http://genome-e.ibrc.or.jp/home/bioinformatics-team/mutmap 需要下载MutMap Pipeline（MutMap_framework1.4.4.tar.gz），但这个网站好像下载不下来了，请问哪位有没有保存的给我发一份，万分感谢。

文章 R语言-文件行名重复，对行名重命名

....names = F) > uniname <- unique(d[,1]) > rowname <- d[,1] > for (i in 1:length(uniname)) { + count = -1 + for (j in 1:length(rowname)) { + if (rowname[j] == uniname[i]) { + count = count + 1 + if (count > 0) { + rowname[j] = p...

问题 meme问题

...000 -mod anr -n motifs 10 -minw 6 maxw 50时，出现 zsh: no such file or directory: /biosoft/meme-v4.12.0/bin/meme 敬请老师解答，不胜感激！

文章 linux 重定向

...y", line 4, in <module> int('Hello') ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'Hello' $cat txt Hello 可以看到正确的输出保存到result.txt文件，而错误信息输出到了屏幕。 执行下面的操作： python test.py 1> right.txt 2>wrong.txt $cat right....