文章 Mapchart位置坐标小数点后数字调整

...www.omicsclass.com/article/397），图片中可以直接显示基因位置数据，此外还可以转换成标尺的形式显示位置： 设置初始图片后，选择Tools-->Chart options-->Loci -->Positions设置Absolute position时 注意下方的Decimals参数，修改默认的数字...

文章 在线绘制聚类热图（heatmapper）

...支持多种格式图片的下载。 绘图之前，需要准备相应的数据文件。在这里小编使用的是基因的表达量数据来绘制聚类热图。 数据文件准备好之后，需要把该文件上传，上传完成之后需要稍等片刻（在线工具有延时），右侧图...

文章 如何处理矫正GEO数据批次效应（batch effect）

在GEO数据挖掘分析中经常会遇到会遇到样品数据不足，需要联合分析多个芯片数据进行分析，那么能将这些数据直接混合分析吗？如果贸然混合，会有什么问题？这个问题就是batch effect。 什么是batch effect？ 不同平台的数据，...

问题 老师，在putty中如何操作；既可以做自己的数据，又不用删掉示例数据呢？我现在想上传自己的数据；是不是得把之前的demo和data都删掉；我怕内存不够；还是说内存足够，上传的时候传成data2呢

问题 老师您好！物种里面只能在ncbi找到全基因组数据，只有fna和gbff文件，缺乏数据应该怎么解决呢？

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_007927625.1

问题 基因组数据该下载那个呢

老师，您好！我在茄科数据库下载烟草基因组数据，有chr和scf两种，我该下载哪一个版本呢？

文章 GSDS基因promoter区绘制顺势作用原件出现异常

...图片最右边有，拖尾现象，下方红框框处： 经过查看数据发现，我们输入的gene.bed有重复的基因ID信息，所以会出现上述问题，例如： 解决办法，就是去除重复，将这个文件内容粘贴到，excel 文件去除重复，重新绘制就会...

问题 TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时，Rstudio总是白屏死机，怎么办？是电脑配制不够吗？

问题 老师你好，问一下如果所做物种只有基因组数据，没有转录本，CDS等文件，该用什么软件分析得到别的数据

问题 hgmd,omim,lovd数据库

老师 能分享一下最新的这几个数据库的下载数据吗，多谢多谢

问题 如何从TCGA下载长链非编码RNA的数据？

一些文章中说长链非编码RNA的表达数据是从TCGA数据库中下载的，请问如何下载lncRNA的数据？

文章 exprs.MA函数提取MAList芯片红绿强度（表达量）

limma包进行双通道芯片分析过程，基于原始数据可以通过校正标准化获得对象MAList，其中存放了M值和A值，可以利用exprs.MA将MAList转换成红绿荧光强度值（已经对数转化log2），每个芯片都将有两列数据，一列对应R(红）一列对应G(...

文章 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式

我们下载好的SRA数据通常是下图这样的： 然后我们需要把当前文件夹下的所有sra都解压开来！ 使用的命令非常简单： $ fastq-dump SRR2090164.sra --split-3 -O ./  $ fastq-dump SRR2090164.sra --split-3 --gzip -O ./ 解压的同时它也会显示...

文章 GDCRNATools一个TCGA数据分析的全能选手

GDCRNATools：软件是一个分析TCGA数据的全能选手，其功能覆盖了TCGA数据的下载，分析以及结果的可视化，具体的如下图所示 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析...

文章 R包更新网站

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...