文章 maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用

...受并用于存储体细胞变异情况。由体细胞变异组成的结果数据以突变注释格式存储。只要数据为MAF格式，maftools包便可以高效的方式汇总、分析、注释和可视化。这次主要介绍使用maftools包绘制组学突变结果（MAF）的oncoplot（瀑布...

文章 aggregate对数据分组处理

aggregate这个函数的功能比较强大，它首先将数据进行分组（按行），然后对每一组数据进行函数统计，根据数据对象不同它有三种用法，分别应用于数据框（data.frame）、公式（formula）和时间序列（ts）： aggregate(x, by, FUN, ..., si...

文章 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式

我们下载好的SRA数据通常是下图这样的： 然后我们需要把当前文件夹下的所有sra都解压开来！ 使用的命令非常简单： $ fastq-dump SRR2090164.sra --split-3 -O ./  $ fastq-dump SRR2090164.sra --split-3 --gzip -O ./ 解压的同时它也会显示...

问题 原始数据标准化以后做的DEG跟原始数据直接做的DEG不一样，做标准化的意义是什么？

问题 GEO数据库下载问题：我想要的GSE数据对应的GPL里面没有Annotation SOFT table怎么办？

文章 Mapchart位置坐标小数点后数字调整

...www.omicsclass.com/article/397），图片中可以直接显示基因位置数据，此外还可以转换成标尺的形式显示位置： 设置初始图片后，选择Tools-->Chart options-->Loci -->Positions设置Absolute position时 注意下方的Decimals参数，修改默认的数字...

文章 如何处理矫正GEO数据批次效应（batch effect）

在GEO数据挖掘分析中经常会遇到会遇到样品数据不足，需要联合分析多个芯片数据进行分析，那么能将这些数据直接混合分析吗？如果贸然混合，会有什么问题？这个问题就是batch effect。 什么是batch effect？ 不同平台的数据，...

文章 关于基因家族成员构建进化树时报错如何处理！

...网站进一步鉴定自己搜索到的基因家族成员，从而进一步筛选鉴定结果。

问题 老师，在putty中如何操作；既可以做自己的数据，又不用删掉示例数据呢？我现在想上传自己的数据；是不是得把之前的demo和data都删掉；我怕内存不够；还是说内存足够，上传的时候传成data2呢

问题 老师您好！物种里面只能在ncbi找到全基因组数据，只有fna和gbff文件，缺乏数据应该怎么解决呢？

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_007927625.1

文章 GSDS基因promoter区绘制顺势作用原件出现异常

...图片最右边有，拖尾现象，下方红框框处： 经过查看数据发现，我们输入的gene.bed有重复的基因ID信息，所以会出现上述问题，例如： 解决办法，就是去除重复，将这个文件内容粘贴到，excel 文件去除重复，重新绘制就会...

文章 基因家族分析如何能发到cells？！

...基因组中，总共鉴定出35个TaPHT1，结合作者从Phytozome或NCBI数据库中收集了16种植物的109种PHT1蛋白质的序列，及一个酵母蛋白，共145个PHT1基因蛋白构建系统发育树；PHT1蛋白分为八个亚家族（I，II，III，IV，V，VI，VII和VIII组），小...

问题 TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时，Rstudio总是白屏死机，怎么办？是电脑配制不够吗？

问题 老师你好，问一下如果所做物种只有基因组数据，没有转录本，CDS等文件，该用什么软件分析得到别的数据

问题 基因组数据该下载那个呢

老师，您好！我在茄科数据库下载烟草基因组数据，有chr和scf两种，我该下载哪一个版本呢？