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文章 R 检测是否有-Inf/Inf NA NaN

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

文章 shuf 随机抽取txt文件的行到新文件 linux命令

如随机选取train.txt中的200行保存在新文件 test.txt中 shuf train.txt -n 200 -o test.txt  查看 shuf 命令帮助 “shuf --help” 用法： shuf [选项]... [文件]　或者:  shuf -e [选项]... [参数]...　或者:  shuf -i LO-HI [选项]...Write a random permutation of th...

文章 linux大文件分割 分开行数小文件 split命令

...出文件名] 　设置切割后文件的前置文件名，split会自动在前置文件名后再加上编号。　　使用例子： split -b 100m 1111.log (按照字节分隔) split -l 1000000 1111.log(按照行数分隔) split -b 10G database.tar.gz database.tar.gz. -a 1 -d //使用spl...

文章 分离NR NT库，快速blast本地比对同源注释基因

...数据库将数据库分开，可下载如下文件，然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库： wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gzwget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gzwget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/gi_taxid_n...

问题 MEME分析中，motif的E-value值太高，意味着不准确了。对吧。

...0.74，已经高于0.05了。这是不是意味着这些motif（6-15的）在我的基因家族里不存在？ 所以我需要调整参数，将motif设置成5才对。是吧。 我在分析时可以说：根据预测结果，结合E值，我的基因家族中，有5个motif。 ******************...

文章 R was not built as a library python 中 rpy2 报错

...百度+Bing+Google之后，参考上面两篇博文，终于发现问题所在：原来在R编译的过程中，必须选择--enable-R-shlib 选项，将R编译成lib模式！ 因此，我重新下载最新版本的R 3.4.2并编译安装：./configure --prefix=<YOUR_R_HOME> --enable-BLAS-shlib...

问题 Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": tls: failed to verify certificate: x509: certificate is valid for *.ouc.edu.cn, ouc.edu.cn, not registry-1.docker.io

docker下载出现这种问题要怎么处理呢？linux系统（Ubuntu），非常着急，感恩感谢

文章 采用traceback 进行R语言报错信息的调试

...错，一般不是很精确，很难查找到出错的具体原因。但是在R中可以采用traceback 进行初步的判断。 以下是一个示例：在运行gdcCEAnalysis 这个函数时，报错“names' attribute [11055] must be the same length as the vector [2777]” ，你根本不知道...

问题 老师好，请问共线性分析得到的collinearity文件里面的基因对是哪种基因对呢？segmental基因对还串联重复基因对或者其他的？

...基因对呢？segmental基因对还串联重复基因对或者其他的？在tendom文件里并没有我的基因家族，所以想利用mcscanx分析得到的文件进行kaks分析。kaks分析可以用segmental基因对或者同源基因吗

问题 Can't open perl script "script/get_fa_by_id.pl": No such file or directory 老师请问这是什么原因呢？

我不是很清楚，是直接在share文件夹里新建一个script目录，然后把脚本文件放进去就可以了吗？

文章 微生物互作网络构建教程网站--Microbial association network construction tutorial

...习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信...

问题 为什么我的WGCNA分析运行到这一步就卡住了，但是显示分析中，WGCNA分析如何筛选数据啊，恳请各位大佬帮帮忙

在Omicsclass中购买课程给的代码 运行到 # 计算邻接关系, 使用软阈值power adjacency <- adjacency(datExpr, power = softpower) # 将邻接转化为拓扑重叠 TOM <- TOMsimilarity(adjacency, verbose = 0) dissTOM <- 1 - TOM # 调用层次聚类函数 之后，R就...

文章 GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.

...x文件找到并删除，一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods 这个参数。并运行命令行

文章 木薯NBS基因家族分析文献下载

...：遗传图谱构建与QTL分析 6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析，学习链接：宏基因组分析 ；微生物16S/18s/ITS多样性分析 7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路，成本低，文...

文章 subset提取符合条件的数据

... control 6h> 多条件选择：选择control 且24h(按照treatment 和Time列） > con24h = subset(dat,treatment== "control" & Time == "24h")> con24h Samples group treatment Time7 GSM1626001 con24h control 24h8 GSM1626002 con24h control 24h9 GSM1626003 con24h control ...