我现在只有一个叶绿体全基因组序列，想与同一科的已经发表叶绿体基因组的物种做对比分析，比如说序列差异分析，IR边界比较，进化分析等。这些应该如何做，尤其是软件的应用。
...量PCR 3. 分析这些内参基因的表达稳定性以及变异系数等 4. 确定最优内参基因进行后续实验
文献1 ： 20 个 Hu, G., Feng, J., Xiang, X. et al. Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars. Nat Genet 54, 73–83 (2022). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00971-3
老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 最后生成的图有9个染色体无法生成对比 但从这张图可以看出是有相关性的 请老师解答，谢谢~
...（https://www.omicsclass.com/article/376） 饼图由各扇形组成，如何将各扇形进行叠加绘制成 组合重叠的扇形图呢？可以借助plotrxi包中的fan.plot函数 以dat数据为例： > dat type Num1 A 902 B 343 C 564 D 995 E 15 ...
在分析基因家族时需要鉴定基因家族成员时，有两种鉴定方法: 第一种、利用蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型搜索。 第二种、利用BLAST序列比对搜索基因家族成员。 这两种情况的适用条件：如果要分析的基因家族有蛋白保守...
老师，您好，我的序列比较复杂，由于外群种序列与内类群差异比较大（外群种已经是内群物种亲缘关系最近的了，但由于分化时间久远，差异特别大，部分区域比对不上，如下图，最后2条是外群种序列），目前想找整个研究...
...) 2Deblur Amir等人在16年出的不聚类OUT分析方法，文中作者比较了Deblur与DADA2、UNOISE2的效果。结果表明，与DADA2相似，Deblur同样可以获得稳定的OTUs (图2A)。两种方法得到的序列与NCBI中的nr/nt数据库进行比对，DEblur方法的误配更少，...
...流行的统计和绘图软件，例如微软的Excel、SAS，IBM的SPSS、Stata、S-PLUS以及Matlab等。但这些软件大多是商业软件，需要支付高昂的费用才能使用，而R语言则是免费的。优秀的绘图功能数据在统计分析之后，最重要的就是要把结果可...